More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2909 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2909  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  100 
 
 
365 aa  743    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.420519 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4340  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.41 
 
 
366 aa  278  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02629  Transcriptional regulator  41.05 
 
 
341 aa  235  8e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3821  LacI family transcription regulator  40.37 
 
 
324 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.383217  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3991  transcriptional regulator, LacI family protein  37.46 
 
 
343 aa  209  9e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00173292  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0065  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 
342 aa  207  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000194735 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0063  LacI family transcription regulator  37.15 
 
 
342 aa  206  5e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000367552 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0061  LacI family transcription regulator  36.84 
 
 
342 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000329359 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.15 
 
 
343 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.15 
 
 
343 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0065  LacI family transcription regulator  37.15 
 
 
343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259026 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0064  transcriptional regulator, LacI family  37.15 
 
 
343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2243  LacI family transcription regulator  33.8 
 
 
339 aa  160  2e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.792989 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0346  transcriptional regulator, LacI family  29.95 
 
 
367 aa  157  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13608  LacI family transcriptional regulator  28.93 
 
 
404 aa  151  2e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.311872 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.65 
 
 
347 aa  150  4e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35310  transcriptional regulator, LacI family  29.11 
 
 
366 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.263381  normal  0.860746 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1526  LacI family transcription regulator  28.24 
 
 
346 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1737  LacI family transcription regulator  28.24 
 
 
346 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.486845  hitchhiker  0.000686199 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1633  LacI family transcription regulator  28.24 
 
 
346 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1119  transcriptional regulator, LacI family  29.55 
 
 
350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.158873  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4716  LacI family transcription regulator  28.91 
 
 
366 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.417684  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4802  LacI family transcription regulator  28.91 
 
 
366 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5101  LacI family transcription regulator  28.96 
 
 
366 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.181934 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1457  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.15 
 
 
365 aa  139  8.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.696084  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5317  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.83 
 
 
366 aa  136  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.188854 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1479  LacI family transcription regulator  26.63 
 
 
362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4919  transcriptional regulator, LacI family  28.45 
 
 
358 aa  129  9.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2982  transcriptional regulator, LacI family  27.78 
 
 
353 aa  124  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000384304  hitchhiker  0.00495072 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2718  transcriptional regulator, LacI family  28.17 
 
 
354 aa  123  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.204137 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  29.58 
 
 
358 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  29.1 
 
 
358 aa  119  9e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6966  LacI family transcription regulator  24.93 
 
 
365 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.205208  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1521  LacI family transcription regulator  24.66 
 
 
388 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6308  LacI family transcription regulator  24.66 
 
 
388 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  26.39 
 
 
375 aa  110  5e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  28.25 
 
 
357 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3181  transcriptional regulator, LacI family  26.25 
 
 
348 aa  106  8e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.029508 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07700  transcriptional regulator  24.73 
 
 
359 aa  102  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.241125  normal  0.0525574 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3807  LacI family transcription regulator  23.62 
 
 
350 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0659508  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  26.05 
 
 
379 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  25.98 
 
 
330 aa  98.6  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03100  transcriptional regulator, LacI family  26.64 
 
 
345 aa  98.6  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0219145  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  26.87 
 
 
342 aa  96.3  7e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  25.98 
 
 
333 aa  95.5  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3918  LacI family transcription regulator  25.56 
 
 
351 aa  95.1  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  24.17 
 
 
351 aa  94.4  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.89 
 
 
337 aa  94.4  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.44 
 
 
337 aa  94  4e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2691  transcriptional regulator, LacI family  24.18 
 
 
355 aa  94  4e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0564  transcriptional regulator, LacI family  24.01 
 
 
414 aa  92  1e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.432352  normal  0.0264238 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 
349 aa  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  26.05 
 
 
340 aa  90.5  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  23.65 
 
 
332 aa  90.5  4e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  27.09 
 
 
345 aa  90.1  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2545  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.7 
 
 
341 aa  89.7  6e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  25 
 
 
339 aa  90.1  6e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  23.65 
 
 
332 aa  89.7  7e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  23.71 
 
 
341 aa  89.4  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  25.21 
 
 
338 aa  89  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  24.79 
 
 
346 aa  89.4  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  24.93 
 
 
353 aa  87.8  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  25.97 
 
 
328 aa  88.2  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  25.08 
 
 
330 aa  88.2  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  25.14 
 
 
335 aa  88.2  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  27.03 
 
 
336 aa  87.8  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  25.98 
 
 
323 aa  87  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  24.62 
 
 
328 aa  86.7  5e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  25.98 
 
 
323 aa  86.7  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1312  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  27.13 
 
 
353 aa  86.7  6e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  25.52 
 
 
340 aa  86.7  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  25.98 
 
 
323 aa  86.3  8e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  25 
 
 
366 aa  86.3  8e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  25.98 
 
 
323 aa  85.9  9e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  24.58 
 
 
340 aa  86.3  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  23.8 
 
 
337 aa  85.9  9e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  25.08 
 
 
342 aa  85.9  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  23.53 
 
 
331 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  26.27 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  25.98 
 
 
323 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  22.79 
 
 
336 aa  85.1  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1266  transcriptional regulator, LacI family  23.98 
 
 
336 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210708  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1599  LacI family transcription regulator  26.52 
 
 
346 aa  84.7  0.000000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  25.29 
 
 
341 aa  84.7  0.000000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  25.68 
 
 
323 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  25.68 
 
 
323 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  25.68 
 
 
323 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  24.18 
 
 
342 aa  84.3  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  24.22 
 
 
345 aa  83.6  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  24.78 
 
 
335 aa  83.6  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  24.32 
 
 
340 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  26.22 
 
 
355 aa  83.6  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  25.38 
 
 
323 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  25.38 
 
 
323 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  25.51 
 
 
361 aa  83.6  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  24.23 
 
 
332 aa  83.2  0.000000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1687  LacI family transcription regulator  25.22 
 
 
360 aa  82.8  0.000000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.142395 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1521  transcriptional regulator, LacI family  26.91 
 
 
342 aa  82.8  0.000000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000124724  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.07 
 
 
336 aa  82.4  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.76 
 
 
323 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>