More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1549 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1441  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  99.71 
 
 
344 aa  715    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.110495  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0341  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  100 
 
 
367 aa  716    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000954655  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1549  LacI family transcription regulator  100 
 
 
344 aa  716    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3547  transcriptional regulator, LacI family  53.87 
 
 
396 aa  396  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000770  transcriptional regulator  46.59 
 
 
342 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2058  transcriptional regulator of LacI family protein  44.64 
 
 
341 aa  315  9e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.241657 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2574  regulatory protein LacI  40.99 
 
 
339 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00791784  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2486  regulatory protein, LacI  40.99 
 
 
339 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764665  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2695  regulatory protein LacI  40.99 
 
 
339 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0362196  normal  0.839306 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2586  regulatory protein LacI  40.99 
 
 
339 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00126886  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2532  regulatory protein LacI  40.99 
 
 
339 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000782383  normal  0.6775 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2847  LacI family transcription regulator  40.68 
 
 
339 aa  246  4e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000654986  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  34.91 
 
 
335 aa  205  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  33.76 
 
 
364 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  33.87 
 
 
356 aa  189  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  34.42 
 
 
332 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.42 
 
 
332 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.09 
 
 
332 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.18 
 
 
339 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  34.09 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 
345 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 
345 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 
345 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  34.88 
 
 
335 aa  178  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  32.81 
 
 
348 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0872  transcriptional regulator, LacI family  31.01 
 
 
341 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  32.81 
 
 
336 aa  175  8e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4288  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 
334 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0105352  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  32.04 
 
 
335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  33.98 
 
 
331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  32.69 
 
 
331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  32.29 
 
 
332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.94 
 
 
331 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03289  DNA-binding transcriptional repressor  33.22 
 
 
331 aa  172  9e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58674  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03242  hypothetical protein  33.22 
 
 
331 aa  172  9e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.766873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  33.22 
 
 
331 aa  172  9e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  32.89 
 
 
331 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  32.89 
 
 
331 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  32.89 
 
 
331 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  32.89 
 
 
331 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.94 
 
 
331 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  32.89 
 
 
331 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  33.33 
 
 
331 aa  170  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  29.91 
 
 
341 aa  170  4e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 
341 aa  170  4e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  30.63 
 
 
337 aa  169  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  34.06 
 
 
388 aa  169  7e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  33.01 
 
 
353 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  33.01 
 
 
353 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  33.01 
 
 
353 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  33.01 
 
 
353 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  29.82 
 
 
364 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  33.01 
 
 
331 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  31.58 
 
 
375 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.94 
 
 
356 aa  168  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  31.16 
 
 
346 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  31.91 
 
 
332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  29.85 
 
 
343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  29.85 
 
 
350 aa  164  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4520  transcriptional regulator IdnR  29.41 
 
 
332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000192749  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04130  DNA-binding transcriptional repressor, 5-gluconate-binding  29.41 
 
 
332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.845114  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3733  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 
332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  29.46 
 
 
349 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4217  LacI family transcription regulator  32.17 
 
 
335 aa  162  6e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  30.35 
 
 
344 aa  162  6e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6417  transcriptional regulator, LacI family  29.67 
 
 
358 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.308696 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  29.55 
 
 
335 aa  162  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  33.99 
 
 
365 aa  161  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 
331 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  28.52 
 
 
333 aa  161  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  29.9 
 
 
356 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0764  transcriptional regulator, LacI family  29.57 
 
 
345 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518847  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  29.61 
 
 
335 aa  159  6e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  32.69 
 
 
339 aa  159  8e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 
343 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0134  LacI family transcription regulator  29.79 
 
 
312 aa  158  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4745  transcriptional regulator IdnR  29.1 
 
 
332 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.21306  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1317  transcriptional regulator, LacI family  29.07 
 
 
359 aa  157  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.914568 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 
357 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4866  HTH-type transcriptional regulator IdnR  28.48 
 
 
332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0303981  normal  0.118687 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0224  transcriptional regulator, LacI family  29.01 
 
 
332 aa  156  6e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1125  transcriptional repressor LacI family  31.75 
 
 
343 aa  156  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00370144  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  29.49 
 
 
332 aa  156  6e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  30.06 
 
 
343 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4885  HTH-type transcriptional regulator IdnR  28.48 
 
 
332 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4736  HTH-type transcriptional regulator IdnR  28.26 
 
 
332 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4766  HTH-type transcriptional regulator IdnR  28.26 
 
 
332 aa  155  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0280559  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4829  HTH-type transcriptional regulator IdnR  28.26 
 
 
332 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.284296  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0063  transcriptional regulator, LacI family  30.42 
 
 
343 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.15 
 
 
382 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  30.55 
 
 
337 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0436  LacI family transcription regulator  30.15 
 
 
343 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0321494  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  30.26 
 
 
354 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.84 
 
 
364 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  30.37 
 
 
347 aa  152  8e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5013  transcriptional regulator, LacI family  32.79 
 
 
332 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0771857  normal  0.165296 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4193  transcriptional regulator, LacI family  30.23 
 
 
338 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  28.57 
 
 
343 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  28.22 
 
 
341 aa  151  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4081  transcriptional regulator, LacI family  30.23 
 
 
338 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>