91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0216 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0216  transposase  100 
 
 		 684 aa  1420    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.687091  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2907  integrase catalytic subunit  42.25 
 
 		 736 aa  284  4.0000000000000003e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.341428  normal  0.384956 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4119  integrase catalytic subunit  41.98 
 
 		 736 aa  278  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000332444 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0713  Transposase-like Mu  30.24 
 
 		 732 aa  215  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2380  hypothetical protein  33.21 
 
 		 833 aa  214  5.999999999999999e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0411  Integrase catalytic region  27.62 
 
 		 551 aa  111  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00539616  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4214  Transposase-like Mu  27.35 
 
 		 665 aa  81.3  0.00000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.497688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1264  Transposase-like Mu  24.51 
 
 		 728 aa  79  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000119608 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3350  bacteriophage transposase A protein, putative  23.61 
 
 		 708 aa  70.9  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0787  transposase  22.5 
 
 		 667 aa  63.5  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000128606  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0650  transposase  22.5 
 
 		 667 aa  63.5  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0686157  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3389  integrase catalytic subunit  23.68 
 
 		 689 aa  62.4  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2654  transposase, putative  21.75 
 
 		 669 aa  59.7  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4525  Mu DNA binding I gamma subdomain  25.27 
 
 		 656 aa  59.3  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06969  hypothetical protein  27.91 
 
 		 487 aa  55.5  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  25.37 
 
 		 481 aa  55.1  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2853  integrase catalytic subunit  30.65 
 
 		 462 aa  55.1  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2273  integrase catalytic subunit  30.65 
 
 		 484 aa  55.1  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2125  integrase catalytic subunit  30.65 
 
 		 484 aa  55.1  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0458  integrase catalytic subunit  30.65 
 
 		 484 aa  55.1  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0942  integrase catalytic subunit  30.65 
 
 		 484 aa  55.1  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1322  integrase catalytic subunit  30.65 
 
 		 484 aa  55.1  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1330  integrase catalytic subunit  30.65 
 
 		 484 aa  55.1  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.052646  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  23.21 
 
 		 481 aa  53.9  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1028  Integrase catalytic region  24.74 
 
 		 276 aa  53.5  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  24.58 
 
 		 644 aa  52.4  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1122  putative transposase protein  30.46 
 
 		 478 aa  51.6  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0710  putative integrase  30.46 
 
 		 478 aa  51.6  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.112967 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4946  Integrase catalytic region  34.09 
 
 		 489 aa  50.4  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1285  Integrase catalytic region  32.95 
 
 		 493 aa  50.4  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.543739  normal  0.626135 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3744  Integrase catalytic region  34.09 
 
 		 495 aa  50.4  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0190412  normal  0.14129 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4520  Integrase catalytic region  32.95 
 
 		 493 aa  50.4  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1279  integrase catalytic subunit  23.82 
 
 		 705 aa  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2121  integrase catalytic subunit  23.82 
 
 		 705 aa  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0643  transposase, putative  22.42 
 
 		 715 aa  49.7  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0130  Integrase catalytic region  29.89 
 
 		 478 aa  49.3  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  25.65 
 
 		 497 aa  48.9  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  25.65 
 
 		 497 aa  48.9  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  25.65 
 
 		 497 aa  48.9  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0099  Integrase catalytic region  29.89 
 
 		 478 aa  49.3  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7260  Integrase catalytic region  29.89 
 
 		 478 aa  49.3  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5181  Integrase catalytic region  29.89 
 
 		 478 aa  49.3  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6466  Integrase catalytic region  29.89 
 
 		 478 aa  49.3  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000892643 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6582  Integrase catalytic region  29.89 
 
 		 478 aa  49.3  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0318996 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5480  transposase Tn6049  27.42 
 
 		 479 aa  48.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2008  integrase catalytic subunit  27.42 
 
 		 479 aa  48.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160475  normal  0.110252 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2405  integrase catalytic subunit  27.42 
 
 		 479 aa  48.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000242595  decreased coverage  0.0000044189 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2552  integrase catalytic subunit  27.42 
 
 		 479 aa  48.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.338431  normal  0.288762 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2837  integrase catalytic subunit  27.42 
 
 		 479 aa  48.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3142  integrase catalytic subunit  27.42 
 
 		 479 aa  48.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.943926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3931  transposase Tn6049  27.42 
 
 		 479 aa  48.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0145396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4424  transposase Tn6049  27.42 
 
 		 479 aa  48.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0079465  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2000  integrase catalytic subunit  27.42 
 
 		 479 aa  48.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0321  integrase catalytic subunit  27.42 
 
 		 479 aa  48.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.549324 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6335  transposase Tn6049  27.42 
 
 		 479 aa  48.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000710666  hitchhiker  0.00105142 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  25.5 
 
 		 555 aa  48.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6374  transposase Tn6049  27.42 
 
 		 479 aa  48.1  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.038009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3068  transposase protein  28.36 
 
 		 688 aa  47.8  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329621  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5446  integrase catalytic subunit  26.37 
 
 		 522 aa  47.4  0.0009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.517222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5572  integrase catalytic subunit  34.09 
 
 		 510 aa  47.4  0.0009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.588721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0205  putative insertion element protein  24.23 
 
 		 240 aa  47  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0571  integrase catalytic subunit  34.09 
 
 		 499 aa  46.6  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1688  integrase catalytic subunit  34.09 
 
 		 499 aa  46.6  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  26.97 
 
 		 468 aa  47  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2501  integrase catalytic subunit  34.09 
 
 		 499 aa  46.6  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616096 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2928  integrase catalytic subunit  34.09 
 
 		 499 aa  46.6  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.171579  normal  0.300711 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0142  putative insertion element protein  24.23 
 
 		 240 aa  47  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0210  putative insertion element protein  24.23 
 
 		 240 aa  47  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.401167 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12826  transposase  29.86 
 
 		 469 aa  46.6  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.44117e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1665  transposase A  23.56 
 
 		 671 aa  46.2  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3826  integrase catalytic subunit  29.13 
 
 		 326 aa  46.2  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2726  hypothetical protein  41.67 
 
 		 124 aa  46.6  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.316487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2603  putative cytoplasmic protein  41.67 
 
 		 124 aa  45.8  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.715844 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2615  hypothetical protein  41.67 
 
 		 124 aa  45.8  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121614 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2562  putative cytoplasmic protein  41.67 
 
 		 124 aa  46.6  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  22.66 
 
 		 581 aa  45.8  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2515  putative cytoplasmic protein  41.67 
 
 		 124 aa  45.8  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0100  putative transposase  27.43 
 
 		 627 aa  45.8  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.733769 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_90  transposase  29.92 
 
 		 267 aa  45.1  0.004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1310  transposase  29.92 
 
 		 267 aa  45.1  0.004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_776  transposase  29.92 
 
 		 271 aa  45.1  0.004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3035  transposase protein  25.07 
 
 		 690 aa  45.1  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277466  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  23.35 
 
 		 567 aa  45.4  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3365  Integrase catalytic region  24.04 
 
 		 718 aa  45.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.582921  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1333  transposase  29.92 
 
 		 209 aa  44.7  0.006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_65  transposase  29.92 
 
 		 209 aa  44.7  0.006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4138  integrase catalytic subunit  32.38 
 
 		 326 aa  44.7  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0782  integrase, catalytic region  28.16 
 
 		 237 aa  44.3  0.008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3381  Integrase catalytic region  25 
 
 		 278 aa  44.3  0.009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2282  integrase catalytic region  26.05 
 
 		 270 aa  43.9  0.01  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.201248  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4251  integrase catalytic region  26.05 
 
 		 270 aa  43.9  0.01  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271543 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>