More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4267 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009078  BURPS1106A_A0996  glycosyl transferase, group 2 family protein  52.94 
 
 
657 aa  645    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.231155  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1391  putative cellulose synthase  52.94 
 
 
655 aa  643    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0505  putative cellulose synthase  52.94 
 
 
657 aa  643    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2310  beta 1,3 glucan synthase catalytic subunit  52.94 
 
 
655 aa  645    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4267  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
1135 aa  2300    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0143  putative cellulose synthase  52.94 
 
 
655 aa  643    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1468  putative cellulose synthase  52.94 
 
 
655 aa  643    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244894  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1738  glycosyl transferase family protein  51.61 
 
 
658 aa  655    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0016739  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1082  glycosyl transferase, group 2 family protein  52.94 
 
 
657 aa  645    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299045  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5236  cellulose synthase (UDP-forming)  50.7 
 
 
659 aa  620  1e-176  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1164  cellulose synthase (UDP-forming)  47.74 
 
 
652 aa  576  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.614869 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1324  Cellulose synthase (UDP-forming)  47.76 
 
 
652 aa  572  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.531441  normal  0.84698 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0273  Cellulose synthase (UDP-forming)  52.77 
 
 
652 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.79882  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3605  glycosyltransferase  47.41 
 
 
658 aa  548  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0354405 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4219  glycosyl transferase family protein  46.2 
 
 
659 aa  546  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0374  cellulose synthase (UDP-forming)  38.17 
 
 
661 aa  366  1e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3509  cellulose synthase (UDP-forming)  37.12 
 
 
666 aa  364  6e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.901561  normal  0.396718 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4645  Cellulose synthase (UDP-forming)  37.81 
 
 
664 aa  354  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.998424 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3726  cellulose synthase (UDP-forming)  36.02 
 
 
664 aa  348  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1279  Cellulose synthase (UDP-forming)  37.06 
 
 
672 aa  347  5e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.14202  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1133  cellulose synthase (UDP-forming)  37.3 
 
 
672 aa  342  2e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0362124  normal  0.973174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1245  Cellulose synthase (UDP-forming)  36.67 
 
 
672 aa  340  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.731886  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3398  Cellulose synthase (UDP-forming)  33 
 
 
768 aa  297  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.874799  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.87 
 
 
500 aa  291  5.0000000000000004e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1339  Cellulose synthase (UDP-forming)  32.37 
 
 
718 aa  286  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.78 
 
 
470 aa  284  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.58 
 
 
492 aa  282  3e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.68 
 
 
516 aa  281  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.51 
 
 
501 aa  278  4e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.83 
 
 
475 aa  276  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  38.72 
 
 
485 aa  273  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  38.51 
 
 
485 aa  271  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.31 
 
 
472 aa  269  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.05 
 
 
489 aa  268  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2151  cellulose synthase (UDP-forming)  30.53 
 
 
737 aa  267  8e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.242321 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.67 
 
 
484 aa  265  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1416  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  38.12 
 
 
469 aa  265  4e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.82 
 
 
484 aa  265  4e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.25 
 
 
499 aa  263  8.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.46 
 
 
484 aa  264  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.44 
 
 
478 aa  263  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.46 
 
 
484 aa  263  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.56 
 
 
474 aa  263  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.07 
 
 
477 aa  261  8e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2963  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  40.69 
 
 
487 aa  260  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.09 
 
 
486 aa  260  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.79 
 
 
486 aa  259  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1081  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.51 
 
 
619 aa  258  5e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.566614  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0995  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.51 
 
 
619 aa  258  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2309  outer membrane efflux protein  40.51 
 
 
619 aa  257  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.650756  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0506  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.51 
 
 
619 aa  257  7e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.824568  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1392  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.51 
 
 
619 aa  257  8e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0383  outer membrane protein OprM  35.73 
 
 
485 aa  256  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.82 
 
 
469 aa  255  4.0000000000000004e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1737  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.34 
 
 
497 aa  254  5.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00746142  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0389  outer membrane protein OprM  35.81 
 
 
485 aa  254  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303382  hitchhiker  0.0000297498 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0381  outer membrane protein OprM  35.52 
 
 
485 aa  254  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119096 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0443  outer membrane efflux protein OprA  35.52 
 
 
485 aa  254  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.340499  hitchhiker  0.0000000156404 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.62 
 
 
477 aa  253  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0403  outer membrane protein OprM  35.31 
 
 
485 aa  253  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102824 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.92 
 
 
483 aa  252  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  35.73 
 
 
499 aa  250  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51570  multidrug efflux pump RND-family outer membrane protein  34.11 
 
 
505 aa  249  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0329698  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  33.33 
 
 
486 aa  248  3e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2327  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.35 
 
 
528 aa  248  4.9999999999999997e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.356993  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.74 
 
 
546 aa  248  6e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.16116  normal  0.32958 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2838  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.76 
 
 
528 aa  247  8e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.207275 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  35.76 
 
 
474 aa  244  7.999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1929  multidrug efflux outer membrane protein EefC  33.9 
 
 
457 aa  243  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000583054 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1834  multidrug efflux outer membrane protein EefC  34.11 
 
 
457 aa  244  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000044393 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.22 
 
 
472 aa  243  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.06 
 
 
476 aa  243  1e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.29 
 
 
480 aa  242  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6990  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.38 
 
 
479 aa  243  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0598431  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3169  Cellulose synthase (UDP-forming)  31.75 
 
 
773 aa  243  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2819  outer membrane protein OprJ  36.23 
 
 
468 aa  242  4e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.980235 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.29 
 
 
471 aa  241  4e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.95 
 
 
517 aa  240  9e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.85 
 
 
474 aa  240  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2949  glycosyl transferase family 2  31.57 
 
 
773 aa  240  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.496141 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.73 
 
 
470 aa  239  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3836  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.65 
 
 
471 aa  237  9e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.232227  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3369  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.6 
 
 
489 aa  237  9e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.413443  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1398  cellulose synthase (UDP-forming)  31.77 
 
 
740 aa  236  1.0000000000000001e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00289904  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.39 
 
 
482 aa  236  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0466  cellulose synthase (UDP-forming)  33.72 
 
 
749 aa  236  2.0000000000000002e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.500609  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  33.33 
 
 
512 aa  235  3e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.64 
 
 
499 aa  235  5e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3678  outer membrane efflux protein  32.83 
 
 
469 aa  234  6e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0849669  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  39.07 
 
 
491 aa  234  7.000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.09 
 
 
467 aa  234  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41681  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1027  cellulose synthase, catalytic subunit  31.94 
 
 
739 aa  231  4e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.33 
 
 
496 aa  231  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.73 
 
 
493 aa  231  7e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2864  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.78 
 
 
468 aa  230  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0383351  normal  0.128914 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.25 
 
 
501 aa  229  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.78 
 
 
475 aa  229  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5965  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.78 
 
 
475 aa  229  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.037067 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.31 
 
 
495 aa  228  5.0000000000000005e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2756  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.83 
 
 
469 aa  228  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0415066  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>