More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0668 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0668  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 423 aa  806    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4009  major facilitator transporter  46.38 
 
 		 436 aa  353  2e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.636189  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4428  major facilitator transporter  26.13 
 
 		 428 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00672186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5368  major facilitator transporter  24.07 
 
 		 432 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.823594 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4945  major facilitator transporter  25.47 
 
 		 440 aa  73.6  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3215  major facilitator transporter  25.47 
 
 		 440 aa  73.6  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.846569 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2246  major facilitator superfamily MFS_1  22.57 
 
 		 427 aa  70.1  0.00000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4010  major facilitator transporter  24.67 
 
 		 446 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.835742  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1710  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  24.67 
 
 		 446 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0437115 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5194  Permeases of the major facilitator superfamily  24.24 
 
 		 436 aa  69.3  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5654  major facilitator transporter  25.74 
 
 		 426 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.557325 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2676  major facilitator superfamily MFS_1  23.5 
 
 		 432 aa  67.8  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.164208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6215  major facilitator transporter  25.06 
 
 		 417 aa  67.8  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7622  major facilitator transporter  26.28 
 
 		 439 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388014  normal  0.362364 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3718  major facilitator transporter  25.28 
 
 		 426 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298146  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4650  major facilitator transporter  25.28 
 
 		 426 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0578  major facilitator superfamily MFS_1  24.76 
 
 		 407 aa  65.5  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8624  major facilitator superfamily MFS_1  24.62 
 
 		 461 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.860223  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4592  major facilitator transporter  26.85 
 
 		 440 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.947939 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0903  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 440 aa  64.7  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0333563  normal  0.084831 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1384  major facilitator transporter  25.85 
 
 		 439 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1938  major facilitator transporter  25.55 
 
 		 443 aa  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.829808  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0477  major facilitator transporter  21.57 
 
 		 441 aa  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6607  major facilitator transporter  27.55 
 
 		 439 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.806643  normal  0.758649 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1344  major facilitator transporter  25.26 
 
 		 439 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5760  major facilitator transporter  27.55 
 
 		 439 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6125  major facilitator transporter  27.55 
 
 		 439 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.444392 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3077  major facilitator transporter  22.3 
 
 		 456 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.374174  normal  0.0107759 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0203  major facilitator transporter  24.57 
 
 		 432 aa  61.6  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3710  major facilitator superfamily MFS_1  22.78 
 
 		 408 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0278081  normal  0.010262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3154  major facilitator transporter  25.86 
 
 		 447 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2651  major facilitator family transporter  25.58 
 
 		 447 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1139  major facilitator superfamily MFS_1  30.46 
 
 		 395 aa  59.3  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.388877  normal  0.0189112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2158  major facilitator transporter  26.28 
 
 		 447 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1905  major facilitator transporter  26.04 
 
 		 426 aa  58.5  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3565  major facilitator transporter  23.98 
 
 		 429 aa  58.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3121  glucarate permease  22.38 
 
 		 452 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.830611 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3184  glucarate permease  22.38 
 
 		 452 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.513823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3168  glucarate permease  22.38 
 
 		 452 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.101605 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1883  major facilitator superfamily MFS_1  25.34 
 
 		 421 aa  57.8  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3103  glucarate permease  22.38 
 
 		 452 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3283  glucarate permease  22.38 
 
 		 452 aa  57.8  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.129198  normal  0.747059 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4066  major facilitator transporter  29.41 
 
 		 396 aa  57.8  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3084  glucarate permease  23.67 
 
 		 440 aa  57.8  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.567935  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02634  predicted D-glucarate transporter  23.67 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0899  d-galactonate transporter  23.67 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2927  glucarate permease  23.67 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0923  d-galactonate transporter  23.67 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1990  D-galactonate transporter  23.53 
 
 		 436 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0023647  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3093  glucarate permease  23.67 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.110237  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02596  hypothetical protein  23.67 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2933  glucarate permease  23.67 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4949  major facilitator transporter  23.06 
 
 		 428 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3211  major facilitator transporter  23.06 
 
 		 428 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0321  nitrate transporter  27.27 
 
 		 403 aa  56.2  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6242  major facilitator superfamily MFS_1  30.43 
 
 		 439 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2475  d-galactonate transporter  22.47 
 
 		 438 aa  55.8  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.812559  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4575  putative transport transmembrane protein  25.36 
 
 		 414 aa  55.8  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2236  general substrate transporter  23.82 
 
 		 449 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4050  glucarate permease  23.43 
 
 		 450 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4725  major facilitator superfamily MFS_1  22.91 
 
 		 430 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.456281  normal  0.916146 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0706  major facilitator family transporter  26.56 
 
 		 428 aa  55.1  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.233996  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1539  probable glucarate transporter  25.82 
 
 		 453 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.21091  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4122  D-galactonate transporter  25 
 
 		 436 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0101407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1223  major facilitator transporter  24.86 
 
 		 393 aa  54.7  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3412  major facilitator transporter  22.25 
 
 		 431 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.06823  hitchhiker  0.00118762 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3345  major facilitator transporter  25.53 
 
 		 417 aa  54.3  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.231985 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2926  major facilitator transporter  27.33 
 
 		 446 aa  54.3  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1264  major facilitator transporter  28.38 
 
 		 411 aa  54.3  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1989  major facilitator transporter  29.44 
 
 		 418 aa  54.3  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6376  major facilitator transporter  23.44 
 
 		 428 aa  54.3  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.213646  normal  0.258712 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2344  major facilitator transporter  23.11 
 
 		 449 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2845  major facilitator transporter  24.54 
 
 		 449 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.498164 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2646  major facilitator superfamily MFS_1  24.51 
 
 		 453 aa  53.9  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3557  d-galactonate transporter  23.08 
 
 		 450 aa  53.9  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4215  major facilitator superfamily MFS_1  23.84 
 
 		 438 aa  53.9  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.528706 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1401  major facilitator superfamily MFS_1  20.91 
 
 		 434 aa  53.9  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.270057  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6079  major facilitator transporter  25.87 
 
 		 413 aa  53.5  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3242  d-galactonate transporter  22.75 
 
 		 451 aa  53.5  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1834  major facilitator transporter  23.16 
 
 		 418 aa  53.1  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.711974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3963  major facilitator transporter  25.28 
 
 		 385 aa  53.1  0.000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0693579 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1672  major facilitator transporter  23.19 
 
 		 389 aa  52.4  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000335684  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5765  d-galactonate transporter  23.79 
 
 		 454 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0431  major facilitator transporter  24.86 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000529382  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1524  major facilitator transporter  27.11 
 
 		 434 aa  52.8  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.472365  normal  0.129065 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8222  major facilitator superfamily MFS_1  24.35 
 
 		 422 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41082  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1306  major facilitator transporter  25.09 
 
 		 454 aa  52.4  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3829  D-galactonate transporter  23.79 
 
 		 454 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4539  d-galactonate transporter  23.79 
 
 		 454 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.327531  normal  0.0349681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4548  MFS transporter, phthalate permease family  24.11 
 
 		 461 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0771862  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0865  sugar efflux transporter  26.8 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.031194  normal  0.735607 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4226  D-galactonate transporter  24.11 
 
 		 461 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0033  major facilitator transporter  22.04 
 
 		 446 aa  52.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864022  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2435  major facilitator transporter  25.89 
 
 		 431 aa  51.6  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5058  major facilitator superfamily MFS_1  23.47 
 
 		 425 aa  52.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.796866 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0061  major facilitator superfamily MFS_1  21.63 
 
 		 449 aa  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0236  major facilitator transporter  23.19 
 
 		 446 aa  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1997  major facilitator superfamily permease  22.31 
 
 		 458 aa  51.2  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1145  nitrite transporter  26.76 
 
 		 404 aa  51.6  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5808  major facilitator transporter  24.25 
 
 		 423 aa  51.6  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499125  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>