More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0930 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0930  alanine racemase  100 
 
 		 428 aa  886    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000054  alanine racemase  70.9 
 
 		 409 aa  626  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.194325  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2041  alanine racemase  50.52 
 
 		 409 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.29605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2184  alanine racemase  50.52 
 
 		 409 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.44878  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3722  alanine racemase  50.26 
 
 		 409 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.153642  normal  0.764242 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1652  alanine racemase  44.12 
 
 		 409 aa  360  4e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1764  alanine racemase  43.63 
 
 		 409 aa  357  2.9999999999999997e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  32.36 
 
 		 373 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  32.88 
 
 		 379 aa  190  5e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  32.05 
 
 		 411 aa  189  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  33.33 
 
 		 390 aa  187  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  31.56 
 
 		 389 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  32.25 
 
 		 388 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  30.5 
 
 		 391 aa  182  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0472  alanine racemase  32.37 
 
 		 380 aa  182  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  32.17 
 
 		 369 aa  180  4e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  33.07 
 
 		 373 aa  180  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  30.56 
 
 		 390 aa  179  1e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  31.06 
 
 		 375 aa  178  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  30.87 
 
 		 390 aa  177  4e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  32.44 
 
 		 371 aa  176  6e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  29.87 
 
 		 386 aa  173  5e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  29.6 
 
 		 386 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  29.02 
 
 		 380 aa  172  7.999999999999999e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  30.03 
 
 		 370 aa  172  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1132  alanine racemase  32.89 
 
 		 380 aa  169  1e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  28.72 
 
 		 373 aa  168  1e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  32.63 
 
 		 370 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1547  alanine racemase  31.4 
 
 		 388 aa  166  9e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  29.37 
 
 		 373 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  29.18 
 
 		 390 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0326  alanine racemase  32.24 
 
 		 369 aa  164  3e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.442092  normal  0.535526 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  28.88 
 
 		 373 aa  162  7e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  29.4 
 
 		 406 aa  160  4e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  32.98 
 
 		 851 aa  157  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  29.46 
 
 		 384 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  32.45 
 
 		 379 aa  157  4e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  29.68 
 
 		 379 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  30.26 
 
 		 380 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  28.34 
 
 		 377 aa  155  1e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  27.21 
 
 		 395 aa  152  1e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  28.46 
 
 		 433 aa  151  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  28.53 
 
 		 395 aa  149  7e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2737  alanine racemase  28.68 
 
 		 382 aa  149  9e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.115785  hitchhiker  0.00850953 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2284  alanine racemase  31.12 
 
 		 376 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  28.38 
 
 		 398 aa  147  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  26.98 
 
 		 395 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  27.2 
 
 		 395 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  27.66 
 
 		 391 aa  145  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  27.39 
 
 		 391 aa  144  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  27.39 
 
 		 391 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  29.29 
 
 		 396 aa  144  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  27.79 
 
 		 403 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  27.2 
 
 		 395 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  27.39 
 
 		 391 aa  143  7e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  27.39 
 
 		 391 aa  142  8e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  27.66 
 
 		 391 aa  142  8e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2520  alanine racemase  28.12 
 
 		 811 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  28.46 
 
 		 391 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  27.13 
 
 		 391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  29.22 
 
 		 378 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  27.13 
 
 		 391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  29.08 
 
 		 389 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0606  alanine racemase  27.69 
 
 		 382 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  27.53 
 
 		 403 aa  140  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2084  alanine racemase  28.82 
 
 		 375 aa  139  7.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  27.69 
 
 		 374 aa  139  8.999999999999999e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  27.53 
 
 		 393 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  25.58 
 
 		 403 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  27.47 
 
 		 378 aa  137  4e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  28.46 
 
 		 368 aa  137  4e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0357  alanine racemase  30.82 
 
 		 400 aa  136  9e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  26.77 
 
 		 392 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1635  alanine racemase region  28.06 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1898  alanine racemase  29.63 
 
 		 849 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0368912 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  30.23 
 
 		 397 aa  133  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1583  alanine racemase  27.47 
 
 		 395 aa  132  9e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.545163 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2981  alanine racemase  31.61 
 
 		 844 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  27.13 
 
 		 408 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3461  alanine racemase  30.29 
 
 		 379 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2736  alanine racemase  26.08 
 
 		 356 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390221  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2785  alanine racemase  27.16 
 
 		 441 aa  130  4.0000000000000003e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0448051 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0210  alanine racemase  28.08 
 
 		 387 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.584138  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0255  alanine racemase  29.64 
 
 		 375 aa  130  5.0000000000000004e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000231066  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0681  alanine racemase  26.18 
 
 		 387 aa  129  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00412928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4988  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  30.05 
 
 		 824 aa  129  9.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.259968 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  30.55 
 
 		 842 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1812  alanine racemase  27.81 
 
 		 373 aa  129  1.0000000000000001e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000273885  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4267  alanine racemase  29.22 
 
 		 375 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5375  alanine racemase  27.91 
 
 		 402 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0280  alanine racemase region  30.28 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0768995 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3527  alanine racemase  30.11 
 
 		 379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  27.7 
 
 		 382 aa  127  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  30.77 
 
 		 834 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1091  alanine racemase  26.19 
 
 		 384 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2128  alanine racemase  29.38 
 
 		 374 aa  127  5e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1245  alanine racemase  27.62 
 
 		 384 aa  127  5e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29250  alanine racemase  28.31 
 
 		 412 aa  127  5e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  28.49 
 
 		 357 aa  127  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2554  alanine racemase  28.66 
 
 		 365 aa  126  7e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>