More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2184 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2041  alanine racemase  98.29 
 
 		 409 aa  829    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.29605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3722  alanine racemase  97.56 
 
 		 409 aa  807    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.153642  normal  0.764242 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2184  alanine racemase  100 
 
 		 409 aa  842    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.44878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1764  alanine racemase  53.26 
 
 		 409 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1652  alanine racemase  52.99 
 
 		 409 aa  414  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0930  alanine racemase  49.39 
 
 		 428 aa  408  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000054  alanine racemase  47.43 
 
 		 409 aa  397  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.194325  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  31.82 
 
 		 391 aa  194  3e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  31.27 
 
 		 389 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  31.41 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  31.9 
 
 		 373 aa  184  3e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  30.27 
 
 		 386 aa  184  3e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  32.26 
 
 		 369 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0472  alanine racemase  33.16 
 
 		 380 aa  183  5.0000000000000004e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  31.05 
 
 		 390 aa  181  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  31.45 
 
 		 371 aa  181  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  32.31 
 
 		 395 aa  181  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  29.46 
 
 		 386 aa  181  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  32.61 
 
 		 373 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  33.06 
 
 		 373 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1132  alanine racemase  32.44 
 
 		 380 aa  178  1e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  33.06 
 
 		 411 aa  179  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  31.56 
 
 		 377 aa  178  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  31.28 
 
 		 373 aa  178  2e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  29.82 
 
 		 390 aa  177  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  31.82 
 
 		 373 aa  176  9e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  29.89 
 
 		 390 aa  175  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  31.1 
 
 		 375 aa  176  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  28.88 
 
 		 388 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  30.1 
 
 		 390 aa  173  5e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  30.54 
 
 		 379 aa  172  1e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  30.48 
 
 		 389 aa  170  4e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  29.71 
 
 		 370 aa  170  5e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  32.03 
 
 		 408 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  31.76 
 
 		 398 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  30.68 
 
 		 395 aa  163  5.0000000000000005e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2520  alanine racemase  33.79 
 
 		 811 aa  162  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16471  alanine racemase  30.21 
 
 		 381 aa  162  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  29.56 
 
 		 380 aa  161  2e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  31.18 
 
 		 392 aa  161  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  31.7 
 
 		 406 aa  160  3e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2737  alanine racemase  30.59 
 
 		 382 aa  160  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.115785  hitchhiker  0.00850953 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  29.92 
 
 		 391 aa  160  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  29.65 
 
 		 391 aa  160  5e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  29.65 
 
 		 391 aa  160  5e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  29.38 
 
 		 391 aa  159  7e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  29.65 
 
 		 391 aa  159  8e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  29.38 
 
 		 391 aa  157  3e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  29.38 
 
 		 391 aa  157  4e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  29.38 
 
 		 391 aa  157  4e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0934  alanine racemase  30.53 
 
 		 376 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  29.38 
 
 		 391 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  30.65 
 
 		 403 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  30.91 
 
 		 403 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  31.99 
 
 		 370 aa  155  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  31.94 
 
 		 378 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  32.65 
 
 		 395 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2284  alanine racemase  29.84 
 
 		 376 aa  154  4e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0326  alanine racemase  30.92 
 
 		 369 aa  153  5e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.442092  normal  0.535526 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  31.74 
 
 		 395 aa  153  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1583  alanine racemase  28.53 
 
 		 395 aa  152  8e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.545163 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  31.69 
 
 		 851 aa  152  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  31.16 
 
 		 395 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0609  alanine racemase  31.4 
 
 		 381 aa  151  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.561464  normal  0.417929 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0357  alanine racemase  35.17 
 
 		 400 aa  151  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23341  alanine racemase  28.8 
 
 		 398 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2554  alanine racemase  32.06 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  31.16 
 
 		 393 aa  150  5e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1547  alanine racemase  28.95 
 
 		 388 aa  150  5e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13457  alanine racemase  32.96 
 
 		 408 aa  150  6e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0132184  hitchhiker  0.000185138 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  31.79 
 
 		 382 aa  149  9e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  30.58 
 
 		 374 aa  148  2.0000000000000003e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  31.61 
 
 		 379 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  32.65 
 
 		 842 aa  147  3e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4934  alanine racemase  34.16 
 
 		 383 aa  147  3e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  28.37 
 
 		 403 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19731  alanine racemase  28.27 
 
 		 402 aa  147  5e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  26.58 
 
 		 378 aa  146  6e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2128  alanine racemase  31.74 
 
 		 374 aa  145  9e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1484  alanine racemase  33.24 
 
 		 390 aa  145  9e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.159297  normal  0.789222 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1173  alanine racemase  30.87 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.0522528 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4267  alanine racemase  31.69 
 
 		 375 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1146  alanine racemase  30.87 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1163  alanine racemase  30.87 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.434451 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  33.84 
 
 		 357 aa  143  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6556  alanine racemase  30.85 
 
 		 388 aa  144  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5375  alanine racemase  30.73 
 
 		 402 aa  143  5e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0681  alanine racemase  29.86 
 
 		 387 aa  143  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00412928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  28.83 
 
 		 384 aa  142  9e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1028  alanine racemase  31.83 
 
 		 368 aa  142  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.178415 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  29.04 
 
 		 396 aa  142  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  34.84 
 
 		 397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04590  alanine racemase  33.43 
 
 		 378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.379563 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1898  alanine racemase  34.06 
 
 		 849 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0368912 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4842  alanine racemase  27.9 
 
 		 394 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00589752  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4045  alanine racemase  32.94 
 
 		 376 aa  140  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.43554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  30.26 
 
 		 380 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0345  alanine racemase  28.15 
 
 		 376 aa  140  3.9999999999999997e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.605258  normal  0.144303 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  28.46 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1098  alanine racemase  27.39 
 
 		 402 aa  140  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>