More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1764 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_1764  alanine racemase  100 
 
 
409 aa  840    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1652  alanine racemase  99.27 
 
 
409 aa  833    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2041  alanine racemase  53.26 
 
 
409 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.29605  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2184  alanine racemase  53.26 
 
 
409 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.44878  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3722  alanine racemase  53.26 
 
 
409 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.153642  normal  0.764242 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0930  alanine racemase  43.63 
 
 
428 aa  357  2.9999999999999997e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000054  alanine racemase  42.86 
 
 
409 aa  342  1e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.194325  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  30.3 
 
 
379 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  29.6 
 
 
373 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  30.11 
 
 
411 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  28.76 
 
 
371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  30.14 
 
 
390 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  31.15 
 
 
373 aa  172  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0472  alanine racemase  32.45 
 
 
380 aa  170  4e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  29.48 
 
 
390 aa  170  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  30.3 
 
 
388 aa  170  4e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  29.53 
 
 
373 aa  169  8e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  33.13 
 
 
851 aa  168  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  29.71 
 
 
389 aa  169  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  29.97 
 
 
369 aa  167  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  29.13 
 
 
390 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  28.46 
 
 
386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  29.26 
 
 
386 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  30 
 
 
380 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  28.8 
 
 
390 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  28.73 
 
 
373 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  29.36 
 
 
375 aa  162  8.000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  28.27 
 
 
391 aa  160  3e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  28.57 
 
 
389 aa  160  4e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  29.75 
 
 
406 aa  160  4e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  27.69 
 
 
373 aa  159  8e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  30.03 
 
 
392 aa  157  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  30.24 
 
 
377 aa  157  4e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  30.14 
 
 
395 aa  156  8e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  27.39 
 
 
370 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1547  alanine racemase  29.13 
 
 
388 aa  153  5e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0326  alanine racemase  30.28 
 
 
369 aa  151  2e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.442092  normal  0.535526 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  28.18 
 
 
379 aa  150  3e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  30.14 
 
 
395 aa  150  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  28.89 
 
 
379 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  29.44 
 
 
384 aa  147  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  27.9 
 
 
391 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  27.64 
 
 
391 aa  145  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  27.53 
 
 
395 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1132  alanine racemase  27.69 
 
 
380 aa  145  1e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  27.91 
 
 
391 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0934  alanine racemase  29.6 
 
 
376 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  29.63 
 
 
374 aa  145  1e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1583  alanine racemase  28.72 
 
 
395 aa  144  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.545163 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  27.64 
 
 
391 aa  144  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  27.25 
 
 
395 aa  144  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  27.37 
 
 
391 aa  143  5e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1025  alanine racemase  30.57 
 
 
364 aa  143  5e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  27.37 
 
 
391 aa  143  5e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  30.37 
 
 
403 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  30.37 
 
 
403 aa  143  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2520  alanine racemase  31.04 
 
 
811 aa  143  6e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  28.18 
 
 
391 aa  143  6e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  28.57 
 
 
378 aa  143  7e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2737  alanine racemase  26.74 
 
 
382 aa  143  7e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.115785  hitchhiker  0.00850953 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  28.86 
 
 
391 aa  142  8e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0606  alanine racemase  29.17 
 
 
382 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4247  alanine racemase  31.21 
 
 
372 aa  142  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.170203  hitchhiker  0.00478121 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  27.53 
 
 
395 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  28.25 
 
 
378 aa  142  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  27.35 
 
 
391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23341  alanine racemase  27.86 
 
 
398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2554  alanine racemase  28.92 
 
 
365 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  29.48 
 
 
380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  29.59 
 
 
396 aa  140  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  28.49 
 
 
393 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  27.25 
 
 
433 aa  140  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  28.45 
 
 
382 aa  139  7e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  30.09 
 
 
370 aa  139  7e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  28.92 
 
 
408 aa  139  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0357  alanine racemase  30.09 
 
 
400 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5375  alanine racemase  30.51 
 
 
402 aa  137  4e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16471  alanine racemase  27.82 
 
 
381 aa  137  4e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  26.13 
 
 
398 aa  136  8e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19731  alanine racemase  28.03 
 
 
402 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2981  alanine racemase  29.46 
 
 
844 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0681  alanine racemase  28.49 
 
 
387 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00412928  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6556  alanine racemase  30.84 
 
 
388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0345  alanine racemase  26.4 
 
 
376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.605258  normal  0.144303 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  26.75 
 
 
403 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1337  alanine racemase  27.7 
 
 
369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000100581  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1098  alanine racemase  28.22 
 
 
402 aa  130  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3857  alanine racemase  29.07 
 
 
372 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.859951  normal  0.532248 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1898  alanine racemase  27.35 
 
 
849 aa  129  8.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0368912 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  33.03 
 
 
356 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17191  alanine racemase  29.51 
 
 
399 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1028  alanine racemase  26.61 
 
 
368 aa  129  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.178415 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2736  alanine racemase  26.93 
 
 
356 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390221  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1850  alanine racemase  28.87 
 
 
367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.801979  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0975  alanine racemase  28.99 
 
 
373 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.585584  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  29.02 
 
 
397 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1946  alanine racemase  27.42 
 
 
386 aa  127  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2785  alanine racemase  27.86 
 
 
441 aa  127  5e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0448051 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17091  alanine racemase  26.67 
 
 
399 aa  126  7e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2284  alanine racemase  26.63 
 
 
376 aa  126  8.000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>