More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3756 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3756  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  100 
 
 		 293 aa  604  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5485  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  75.96 
 
 		 290 aa  457  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3282  putative formate dehydrogenase accessory protein FdhD  75.69 
 
 		 294 aa  443  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.610509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3132  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  64.16 
 
 		 296 aa  378  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2431  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  63.83 
 
 		 297 aa  377  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1126  formate dehydrogenase accessory protein  48.26 
 
 		 337 aa  237  1e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4130  formate dehydrogenase subunit FdhD  48.26 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.142791  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4100  formate dehydrogenase subunit FdhD  48.26 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.015822  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4218  formate dehydrogenase subunit FdhD  48.26 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.072328  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3714  formate dehydrogenase, subunit FdhD  49.03 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.272943  normal  0.525322 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0239  formate dehydrogenase subunit FdhD  47.51 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0343  formate dehydrogenase, subunit FdhD  48.85 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00229888  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3785  formate dehydrogenase, subunit FdhD  49.03 
 
 		 298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0292467  normal  0.549187 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3910  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  48.25 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.131875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3619  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  48.26 
 
 		 282 aa  230  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4819  formate dehydrogenase subunit FdhD  46.59 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0053  formate dehydrogenase, subunit FdhD  47.67 
 
 		 281 aa  229  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0051  formate dehydrogenase, subunit FdhD  48.24 
 
 		 284 aa  229  4e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4503  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  50.21 
 
 		 249 aa  226  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02271  hypothetical protein  46.33 
 
 		 276 aa  227  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4427  formate dehydrogenase, subunit FdhD  46.18 
 
 		 295 aa  226  3e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4143  formate dehydrogenase subunit FdhD  45.88 
 
 		 280 aa  226  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003500  formate dehydrogenase chain D  46.33 
 
 		 277 aa  226  3e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1909  formate dehydrogenase, subunit FdhD  45.71 
 
 		 300 aa  224  9e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3459  formate dehydrogenase, subunit FdhD  43.23 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.215556 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2786  formate dehydrogenase subunit FdhD  43.23 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0374953  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1448  putative formate dehydrogenase accessory protein  43.89 
 
 		 283 aa  216  4e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3715  formate dehydrogenase subunit FdhD  44.44 
 
 		 275 aa  216  5e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.351414  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4057  formate dehydrogenase, subunit FdhD  45.98 
 
 		 290 aa  215  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3256  formate dehydrogenase, subunit FdhD  42.19 
 
 		 280 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.340615  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2756  formate dehydrogenase subunit FdhD  43.35 
 
 		 278 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000145311  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2367  FDHD protein  42.91 
 
 		 291 aa  208  9e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0478854 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2580  formate dehydrogenase subunit FdhD  42.91 
 
 		 291 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437396  normal  0.264505 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2176  formate dehydrogenase subunit FdhD  44.31 
 
 		 291 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60851  normal  0.0520829 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3723  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  38.46 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.521477 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1176  putative fdhD protein  42.16 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.108793 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0687  formate dehydrogenase, subunit FdhD  42.91 
 
 		 276 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0839  formate dehydrogenase, subunit FdhD  38.93 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.145713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0942  formate dehydrogenase, subunit FdhD  37.81 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0648  formate dehydrogenase, subunit FdhD  38.22 
 
 		 276 aa  179  4e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1205  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  36.67 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.495294 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0989  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  35.74 
 
 		 266 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2876  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  33.33 
 
 		 262 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0487293  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3374  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  35.4 
 
 		 260 aa  133  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1840  formate dehydrogenase accessory protein  32.48 
 
 		 268 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00380429  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1058  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  34.46 
 
 		 264 aa  127  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3578  formate dehydrogenase accessory protein  29.46 
 
 		 265 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3364  formate dehydrogenase accessory protein  29.05 
 
 		 265 aa  123  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.144836  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3628  formate dehydrogenase accessory protein  29.05 
 
 		 265 aa  123  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3585  formate dehydrogenase accessory protein  29.51 
 
 		 265 aa  122  7e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1216  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  34.18 
 
 		 261 aa  122  8e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.944709  normal  0.100536 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3385  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  33.9 
 
 		 483 aa  122  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3595  formate dehydrogenase accessory protein  29.51 
 
 		 265 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1062  formate dehydrogenase, subunit FdhD  33.88 
 
 		 479 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0656292 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3370  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  33.2 
 
 		 487 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3328  formate dehydrogenase accessory protein  28.63 
 
 		 265 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0183588  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3678  formate dehydrogenase accessory protein  29.46 
 
 		 265 aa  119  6e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.688402  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3278  formate dehydrogenase accessory protein  28.22 
 
 		 265 aa  119  7e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0780  formate dehydrogenase accessory protein FdhD  33.76 
 
 		 478 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.162723  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0466  formate dehydrogenase accessory protein  28.57 
 
 		 262 aa  116  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.276769  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2990  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  33.2 
 
 		 255 aa  117  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.68227e-19 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0817  formate dehydrogenase accessory protein  29.26 
 
 		 276 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0766349  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1293  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.15 
 
 		 255 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000222407  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0556  formate dehydrogenase accessory protein  27.43 
 
 		 268 aa  112  9e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0498  formate dehydrogenase accessory protein  27.43 
 
 		 268 aa  112  9e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0588  formate dehydrogenase accessory protein  27.43 
 
 		 268 aa  112  9e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0644  formate dehydrogenase accessory protein  27.43 
 
 		 268 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0500  formate dehydrogenase accessory protein  27.43 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0626  formate dehydrogenase accessory protein  27.43 
 
 		 268 aa  110  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06930  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.24 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.215671 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0654  formate dehydrogenase accessory protein  26.99 
 
 		 268 aa  109  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0715  formate dehydrogenase accessory protein  26.67 
 
 		 268 aa  109  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0501  formate dehydrogenase accessory protein  28 
 
 		 268 aa  109  6e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4711  formate dehydrogenase accessory protein  27.43 
 
 		 268 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0504  formate dehydrogenase accessory protein  27.62 
 
 		 269 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2264  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.6 
 
 		 468 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1958  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.6 
 
 		 468 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2277  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.49 
 
 		 258 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2817  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  32.5 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2076  formate dehydrogenase, subunit FdhD  32.51 
 
 		 263 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.82479e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0145  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  32.81 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1437  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.74 
 
 		 255 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2175  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.76 
 
 		 260 aa  102  7e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.145342 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2451  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.32 
 
 		 281 aa  101  1e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0979035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0211  formate dehydrogenase accessory protein  28.75 
 
 		 260 aa  101  2e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3339  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  35.08 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.224084 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1030  formate dehydrogenase accessory protein  26.51 
 
 		 263 aa  100  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1639  formate dehydrogenase accessory protein  27.31 
 
 		 223 aa  100  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4115  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  26.89 
 
 		 255 aa  100  4e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.271618  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1343  formate dehydrogenase accessory protein  26.75 
 
 		 263 aa  99.8  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2060  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.04 
 
 		 262 aa  99.4  6e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000863556  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1352  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.12 
 
 		 282 aa  99.4  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1654  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.12 
 
 		 282 aa  99.4  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1033  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.69 
 
 		 266 aa  97.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0364714  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0639  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.4 
 
 		 255 aa  96.3  5e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.444789  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4073  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.58 
 
 		 280 aa  94.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110434  normal  0.0860258 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3577  formate dehydrogenase accessory protein  30.74 
 
 		 274 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3572  formate dehydrogenase accessory protein  30.74 
 
 		 274 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3645  formate dehydrogenase accessory protein  30.74 
 
 		 274 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.259742 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2347  formate dehydrogenase accessory protein  25.11 
 
 		 265 aa  94.7  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>