More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0053 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0053  formate dehydrogenase, subunit FdhD  100 
 
 		 281 aa  583  1e-166  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4427  formate dehydrogenase, subunit FdhD  84.19 
 
 		 295 aa  489  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4819  formate dehydrogenase subunit FdhD  83.46 
 
 		 298 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4143  formate dehydrogenase subunit FdhD  82.85 
 
 		 280 aa  478  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3714  formate dehydrogenase, subunit FdhD  79.41 
 
 		 298 aa  472  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.272943  normal  0.525322 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3785  formate dehydrogenase, subunit FdhD  79.04 
 
 		 298 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0292467  normal  0.549187 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3910  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  81.2 
 
 		 298 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.131875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0343  formate dehydrogenase, subunit FdhD  80.37 
 
 		 298 aa  462  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00229888  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3619  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  77.66 
 
 		 282 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4218  formate dehydrogenase subunit FdhD  78.57 
 
 		 296 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.072328  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4130  formate dehydrogenase subunit FdhD  78.57 
 
 		 296 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.142791  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0239  formate dehydrogenase subunit FdhD  78.57 
 
 		 290 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4100  formate dehydrogenase subunit FdhD  78.57 
 
 		 296 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.015822  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0051  formate dehydrogenase, subunit FdhD  77.07 
 
 		 284 aa  450  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4503  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  79.12 
 
 		 249 aa  424  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02271  hypothetical protein  64.71 
 
 		 276 aa  370  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003500  formate dehydrogenase chain D  64.29 
 
 		 277 aa  365  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1126  formate dehydrogenase accessory protein  61.99 
 
 		 337 aa  360  1e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1448  putative formate dehydrogenase accessory protein  61.94 
 
 		 283 aa  350  1e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2786  formate dehydrogenase subunit FdhD  55.28 
 
 		 296 aa  319  3.9999999999999996e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0374953  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3459  formate dehydrogenase, subunit FdhD  54.93 
 
 		 296 aa  316  2e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.215556 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1909  formate dehydrogenase, subunit FdhD  52.26 
 
 		 300 aa  311  6.999999999999999e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3715  formate dehydrogenase subunit FdhD  53.43 
 
 		 275 aa  303  1.0000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.351414  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2176  formate dehydrogenase subunit FdhD  54.51 
 
 		 291 aa  291  6e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60851  normal  0.0520829 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2756  formate dehydrogenase subunit FdhD  53.21 
 
 		 278 aa  291  6e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000145311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2580  formate dehydrogenase subunit FdhD  54.14 
 
 		 291 aa  289  3e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437396  normal  0.264505 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2367  FDHD protein  53.38 
 
 		 291 aa  286  4e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0478854 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0687  formate dehydrogenase, subunit FdhD  52.12 
 
 		 276 aa  285  5e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3256  formate dehydrogenase, subunit FdhD  52.11 
 
 		 280 aa  285  5e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.340615  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1176  putative fdhD protein  50.7 
 
 		 299 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.108793 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0839  formate dehydrogenase, subunit FdhD  52.79 
 
 		 290 aa  282  5.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.145713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0648  formate dehydrogenase, subunit FdhD  48.34 
 
 		 276 aa  273  3e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3723  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  48.71 
 
 		 303 aa  266  4e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.521477 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4057  formate dehydrogenase, subunit FdhD  48 
 
 		 290 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0942  formate dehydrogenase, subunit FdhD  46.74 
 
 		 319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2431  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  44.94 
 
 		 297 aa  232  5e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3132  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  43.91 
 
 		 296 aa  230  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5485  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  46.09 
 
 		 290 aa  228  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3282  putative formate dehydrogenase accessory protein FdhD  46.92 
 
 		 294 aa  227  1e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.610509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3756  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  47.67 
 
 		 293 aa  218  6e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1205  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  36.1 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.495294 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0989  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  32.93 
 
 		 266 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2876  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  32.63 
 
 		 262 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0487293  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1840  formate dehydrogenase accessory protein  33.2 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00380429  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1958  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  32.26 
 
 		 468 aa  132  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2264  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.73 
 
 		 468 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3374  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.59 
 
 		 260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1062  formate dehydrogenase, subunit FdhD  29.72 
 
 		 479 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0656292 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3364  formate dehydrogenase accessory protein  27.82 
 
 		 265 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.144836  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3628  formate dehydrogenase accessory protein  27.82 
 
 		 265 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0780  formate dehydrogenase accessory protein FdhD  30.25 
 
 		 478 aa  118  7.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.162723  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3328  formate dehydrogenase accessory protein  27.82 
 
 		 265 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0183588  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3578  formate dehydrogenase accessory protein  27.82 
 
 		 265 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0466  formate dehydrogenase accessory protein  27.89 
 
 		 262 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.276769  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3385  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.48 
 
 		 483 aa  116  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3678  formate dehydrogenase accessory protein  27.82 
 
 		 265 aa  116  5e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.688402  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1033  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.86 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0364714  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2817  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.8 
 
 		 255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1437  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.63 
 
 		 255 aa  113  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3585  formate dehydrogenase accessory protein  27.42 
 
 		 265 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2076  formate dehydrogenase, subunit FdhD  30.61 
 
 		 263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.82479e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3278  formate dehydrogenase accessory protein  27.42 
 
 		 265 aa  112  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3370  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.49 
 
 		 487 aa  112  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3595  formate dehydrogenase accessory protein  27.42 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0715  formate dehydrogenase accessory protein  28.03 
 
 		 268 aa  109  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2990  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.87 
 
 		 255 aa  109  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.68227e-19 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0654  formate dehydrogenase accessory protein  28.03 
 
 		 268 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1293  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.78 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000222407  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06930  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.06 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.215671 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4711  formate dehydrogenase accessory protein  26.47 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0626  formate dehydrogenase accessory protein  26.47 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1343  formate dehydrogenase accessory protein  29.13 
 
 		 263 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0211  formate dehydrogenase accessory protein  27.78 
 
 		 260 aa  107  3e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1058  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.54 
 
 		 264 aa  106  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1216  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.65 
 
 		 261 aa  105  6e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.944709  normal  0.100536 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0817  formate dehydrogenase accessory protein  27 
 
 		 276 aa  105  6e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0766349  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4115  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  26.07 
 
 		 255 aa  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.271618  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0556  formate dehydrogenase accessory protein  27.2 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0498  formate dehydrogenase accessory protein  27.2 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0500  formate dehydrogenase accessory protein  27.59 
 
 		 268 aa  103  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0588  formate dehydrogenase accessory protein  27.2 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1678  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.51 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0788652  normal  0.0488768 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0644  formate dehydrogenase accessory protein  27.2 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1639  formate dehydrogenase accessory protein  27.96 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0501  formate dehydrogenase accessory protein  27.69 
 
 		 268 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2175  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.74 
 
 		 260 aa  103  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.145342 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0504  formate dehydrogenase accessory protein  27.31 
 
 		 269 aa  103  4e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1923  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.13 
 
 		 280 aa  102  9e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1030  formate dehydrogenase accessory protein  30.83 
 
 		 263 aa  102  9e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1860  formate dehydrogenase accessory protein  26.98 
 
 		 260 aa  101  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1208  formate dehydrogenase, subunit FdhD  48.48 
 
 		 109 aa  100  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000012099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2347  formate dehydrogenase accessory protein  26.05 
 
 		 265 aa  97.8  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2305  formate dehydrogenase accessory protein  26.05 
 
 		 265 aa  97.8  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2204  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.83 
 
 		 254 aa  96.7  4e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.154366  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2277  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  26.69 
 
 		 258 aa  95.5  8e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2060  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.29 
 
 		 262 aa  95.5  8e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000863556  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1681  formate dehydrogenase accessory protein  27.85 
 
 		 260 aa  94.7  1e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1500  formate dehydrogenase accessory protein  27.85 
 
 		 260 aa  94.7  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.919736  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0358  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.33 
 
 		 233 aa  94  2e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.304436  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0406  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.97 
 
 		 284 aa  94  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>