More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3785 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3714  formate dehydrogenase, subunit FdhD  99.66 
 
 		 298 aa  618  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.272943  normal  0.525322 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3785  formate dehydrogenase, subunit FdhD  100 
 
 		 298 aa  620  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0292467  normal  0.549187 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3910  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  96.3 
 
 		 298 aa  591  1e-168  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.131875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0343  formate dehydrogenase, subunit FdhD  86.39 
 
 		 298 aa  528  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00229888  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4218  formate dehydrogenase subunit FdhD  83.78 
 
 		 296 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.072328  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4130  formate dehydrogenase subunit FdhD  84.01 
 
 		 296 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.142791  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4100  formate dehydrogenase subunit FdhD  84.35 
 
 		 296 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.015822  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0239  formate dehydrogenase subunit FdhD  88.49 
 
 		 290 aa  520  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144632 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4503  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  95.16 
 
 		 249 aa  490  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0053  formate dehydrogenase, subunit FdhD  79.04 
 
 		 281 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0051  formate dehydrogenase, subunit FdhD  78.78 
 
 		 284 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3619  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  79.1 
 
 		 282 aa  462  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4427  formate dehydrogenase, subunit FdhD  78.44 
 
 		 295 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4819  formate dehydrogenase subunit FdhD  75.45 
 
 		 298 aa  457  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4143  formate dehydrogenase subunit FdhD  75.55 
 
 		 280 aa  449  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1126  formate dehydrogenase accessory protein  64.94 
 
 		 337 aa  369  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02271  hypothetical protein  64.04 
 
 		 276 aa  367  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003500  formate dehydrogenase chain D  63.24 
 
 		 277 aa  367  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1448  putative formate dehydrogenase accessory protein  63.12 
 
 		 283 aa  356  2.9999999999999997e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2786  formate dehydrogenase subunit FdhD  53.82 
 
 		 296 aa  301  1e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0374953  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3459  formate dehydrogenase, subunit FdhD  53.82 
 
 		 296 aa  300  2e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.215556 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1909  formate dehydrogenase, subunit FdhD  51.82 
 
 		 300 aa  300  2e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3715  formate dehydrogenase subunit FdhD  53.16 
 
 		 275 aa  298  7e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.351414  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0687  formate dehydrogenase, subunit FdhD  54.44 
 
 		 276 aa  295  4e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2367  FDHD protein  54.23 
 
 		 291 aa  290  3e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0478854 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2580  formate dehydrogenase subunit FdhD  54.23 
 
 		 291 aa  289  4e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437396  normal  0.264505 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2176  formate dehydrogenase subunit FdhD  54.23 
 
 		 291 aa  288  7e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60851  normal  0.0520829 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2756  formate dehydrogenase subunit FdhD  53.18 
 
 		 278 aa  287  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000145311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3256  formate dehydrogenase, subunit FdhD  51.34 
 
 		 280 aa  287  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.340615  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0648  formate dehydrogenase, subunit FdhD  50 
 
 		 276 aa  280  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1176  putative fdhD protein  51.12 
 
 		 299 aa  278  8e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.108793 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0839  formate dehydrogenase, subunit FdhD  50.56 
 
 		 290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.145713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3723  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  48.09 
 
 		 303 aa  263  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.521477 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0942  formate dehydrogenase, subunit FdhD  45.18 
 
 		 319 aa  253  4.0000000000000004e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4057  formate dehydrogenase, subunit FdhD  49.06 
 
 		 290 aa  252  5.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2431  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  46.56 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5485  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  47.47 
 
 		 290 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3132  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  45.8 
 
 		 296 aa  231  8.000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3282  putative formate dehydrogenase accessory protein FdhD  45.32 
 
 		 294 aa  231  9e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.610509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3756  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  48.85 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1205  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  34.82 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.495294 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0989  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  35.42 
 
 		 266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2876  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  32.62 
 
 		 262 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0487293  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1840  formate dehydrogenase accessory protein  33.48 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00380429  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1958  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.51 
 
 		 468 aa  126  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3374  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.08 
 
 		 260 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2264  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.08 
 
 		 468 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1062  formate dehydrogenase, subunit FdhD  29.49 
 
 		 479 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0656292 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3578  formate dehydrogenase accessory protein  27.87 
 
 		 265 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3678  formate dehydrogenase accessory protein  28.63 
 
 		 265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.688402  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0780  formate dehydrogenase accessory protein FdhD  29.74 
 
 		 478 aa  115  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.162723  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3370  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.49 
 
 		 487 aa  115  6e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0466  formate dehydrogenase accessory protein  26.64 
 
 		 262 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.276769  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3364  formate dehydrogenase accessory protein  27.05 
 
 		 265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.144836  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3628  formate dehydrogenase accessory protein  27.05 
 
 		 265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3328  formate dehydrogenase accessory protein  27.05 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0183588  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1033  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0364714  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1343  formate dehydrogenase accessory protein  29.18 
 
 		 263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3385  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.91 
 
 		 483 aa  113  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3585  formate dehydrogenase accessory protein  27.05 
 
 		 265 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0654  formate dehydrogenase accessory protein  29.36 
 
 		 268 aa  113  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0715  formate dehydrogenase accessory protein  29.36 
 
 		 268 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3278  formate dehydrogenase accessory protein  27.39 
 
 		 265 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3595  formate dehydrogenase accessory protein  27.05 
 
 		 265 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0626  formate dehydrogenase accessory protein  28.21 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2990  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.77 
 
 		 255 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.68227e-19 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4711  formate dehydrogenase accessory protein  28.21 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06930  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.06 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.215671 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2817  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.24 
 
 		 255 aa  109  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0556  formate dehydrogenase accessory protein  28.94 
 
 		 268 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0498  formate dehydrogenase accessory protein  28.94 
 
 		 268 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0500  formate dehydrogenase accessory protein  28.94 
 
 		 268 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0588  formate dehydrogenase accessory protein  28.94 
 
 		 268 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0644  formate dehydrogenase accessory protein  28.94 
 
 		 268 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4115  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  26.89 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.271618  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0501  formate dehydrogenase accessory protein  27.8 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1293  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.49 
 
 		 255 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000222407  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0504  formate dehydrogenase accessory protein  26.53 
 
 		 269 aa  107  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1923  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.14 
 
 		 280 aa  107  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1030  formate dehydrogenase accessory protein  30.99 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2076  formate dehydrogenase, subunit FdhD  28.69 
 
 		 263 aa  105  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.82479e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1639  formate dehydrogenase accessory protein  29.38 
 
 		 223 aa  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1678  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.22 
 
 		 250 aa  105  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0788652  normal  0.0488768 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1437  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  26.94 
 
 		 255 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0817  formate dehydrogenase accessory protein  28.81 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0766349  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1216  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  32.34 
 
 		 261 aa  104  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.944709  normal  0.100536 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1058  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.54 
 
 		 264 aa  103  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2204  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  32.08 
 
 		 254 aa  102  6e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.154366  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2175  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.14 
 
 		 260 aa  102  9e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.145342 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2347  formate dehydrogenase accessory protein  27.27 
 
 		 265 aa  99.4  6e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2305  formate dehydrogenase accessory protein  27.27 
 
 		 265 aa  99.4  6e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2277  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.82 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1208  formate dehydrogenase, subunit FdhD  47.96 
 
 		 109 aa  97.1  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000012099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0211  formate dehydrogenase accessory protein  25.59 
 
 		 260 aa  95.9  7e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2665  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.52 
 
 		 275 aa  93.2  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1860  formate dehydrogenase accessory protein  27.06 
 
 		 260 aa  93.2  5e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0406  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.95 
 
 		 284 aa  93.2  5e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0639  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.34 
 
 		 255 aa  92.8  6e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.444789  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2060  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.53 
 
 		 262 aa  88.6  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000863556  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3924  formate dehydrogenase accessory protein  26.12 
 
 		 274 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.789424  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>