More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2367 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2367  FDHD protein  100 
 
 		 291 aa  593  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0478854 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2580  formate dehydrogenase subunit FdhD  90.03 
 
 		 291 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437396  normal  0.264505 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2176  formate dehydrogenase subunit FdhD  90.34 
 
 		 291 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60851  normal  0.0520829 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0687  formate dehydrogenase, subunit FdhD  83.15 
 
 		 276 aa  455  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2756  formate dehydrogenase subunit FdhD  78.99 
 
 		 278 aa  444  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000145311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1176  putative fdhD protein  61.81 
 
 		 299 aa  348  8e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.108793 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3715  formate dehydrogenase subunit FdhD  62.08 
 
 		 275 aa  347  9e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.351414  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3459  formate dehydrogenase, subunit FdhD  60.58 
 
 		 296 aa  344  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.215556 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2786  formate dehydrogenase subunit FdhD  60.22 
 
 		 296 aa  341  9e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0374953  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0648  formate dehydrogenase, subunit FdhD  59.85 
 
 		 276 aa  341  1e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0839  formate dehydrogenase, subunit FdhD  58.48 
 
 		 290 aa  339  4e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.145713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3256  formate dehydrogenase, subunit FdhD  59.86 
 
 		 280 aa  333  1e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.340615  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3723  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  59.34 
 
 		 303 aa  330  1e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.521477 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0942  formate dehydrogenase, subunit FdhD  53.7 
 
 		 319 aa  322  4e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4057  formate dehydrogenase, subunit FdhD  58.21 
 
 		 290 aa  305  6e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3714  formate dehydrogenase, subunit FdhD  54.23 
 
 		 298 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.272943  normal  0.525322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3910  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  52.96 
 
 		 298 aa  290  2e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.131875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3785  formate dehydrogenase, subunit FdhD  54.23 
 
 		 298 aa  290  3e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0292467  normal  0.549187 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0239  formate dehydrogenase subunit FdhD  54.62 
 
 		 290 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4100  formate dehydrogenase subunit FdhD  54.62 
 
 		 296 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.015822  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4218  formate dehydrogenase subunit FdhD  54.62 
 
 		 296 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.072328  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4130  formate dehydrogenase subunit FdhD  54.23 
 
 		 296 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.142791  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3619  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  55.43 
 
 		 282 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0053  formate dehydrogenase, subunit FdhD  53.38 
 
 		 281 aa  286  4e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0343  formate dehydrogenase, subunit FdhD  54.23 
 
 		 298 aa  285  8e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00229888  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4819  formate dehydrogenase subunit FdhD  52.26 
 
 		 298 aa  281  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0051  formate dehydrogenase, subunit FdhD  52.33 
 
 		 284 aa  276  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1126  formate dehydrogenase accessory protein  53.57 
 
 		 337 aa  276  3e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4503  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  55.27 
 
 		 249 aa  275  8e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1909  formate dehydrogenase, subunit FdhD  52.05 
 
 		 300 aa  275  9e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4427  formate dehydrogenase, subunit FdhD  50.94 
 
 		 295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4143  formate dehydrogenase subunit FdhD  52.31 
 
 		 280 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02271  hypothetical protein  52.99 
 
 		 276 aa  265  7e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003500  formate dehydrogenase chain D  51.39 
 
 		 277 aa  262  6e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1448  putative formate dehydrogenase accessory protein  47.6 
 
 		 283 aa  253  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2431  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  44.15 
 
 		 297 aa  215  8e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3132  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  42.01 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5485  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  44.92 
 
 		 290 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3756  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  42.91 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3282  putative formate dehydrogenase accessory protein FdhD  41.82 
 
 		 294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.610509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1205  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  35.52 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.495294 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1208  formate dehydrogenase, subunit FdhD  66 
 
 		 109 aa  139  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000012099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2876  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  34.6 
 
 		 262 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0487293  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0989  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  32.39 
 
 		 266 aa  130  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1062  formate dehydrogenase, subunit FdhD  31.01 
 
 		 479 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0656292 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3370  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.84 
 
 		 487 aa  127  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1840  formate dehydrogenase accessory protein  33.07 
 
 		 268 aa  122  7e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00380429  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0780  formate dehydrogenase accessory protein FdhD  31.23 
 
 		 478 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.162723  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3385  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.73 
 
 		 483 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0639  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.85 
 
 		 255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.444789  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3374  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.21 
 
 		 260 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1958  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.03 
 
 		 468 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2990  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  32.77 
 
 		 255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.68227e-19 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1058  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.93 
 
 		 264 aa  114  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4115  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  26.34 
 
 		 255 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.271618  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3364  formate dehydrogenase accessory protein  27.8 
 
 		 265 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.144836  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3628  formate dehydrogenase accessory protein  27.8 
 
 		 265 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2264  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.6 
 
 		 468 aa  112  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3328  formate dehydrogenase accessory protein  27.8 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0183588  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3678  formate dehydrogenase accessory protein  28.87 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.688402  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3578  formate dehydrogenase accessory protein  27.62 
 
 		 265 aa  109  6e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06930  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.04 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.215671 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1293  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.77 
 
 		 255 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000222407  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2076  formate dehydrogenase, subunit FdhD  30.42 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.82479e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1860  formate dehydrogenase accessory protein  26.61 
 
 		 260 aa  105  7e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3278  formate dehydrogenase accessory protein  27.2 
 
 		 265 aa  105  8e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3585  formate dehydrogenase accessory protein  26.56 
 
 		 265 aa  104  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0556  formate dehydrogenase accessory protein  26.36 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0498  formate dehydrogenase accessory protein  26.36 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0588  formate dehydrogenase accessory protein  26.36 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2175  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.22 
 
 		 260 aa  105  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.145342 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0644  formate dehydrogenase accessory protein  26.36 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0500  formate dehydrogenase accessory protein  26.5 
 
 		 268 aa  103  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0715  formate dehydrogenase accessory protein  26.78 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3595  formate dehydrogenase accessory protein  26.56 
 
 		 265 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0211  formate dehydrogenase accessory protein  25.86 
 
 		 260 aa  102  6e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4711  formate dehydrogenase accessory protein  25.94 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0654  formate dehydrogenase accessory protein  25.94 
 
 		 268 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1681  formate dehydrogenase accessory protein  26.61 
 
 		 260 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0466  formate dehydrogenase accessory protein  28.51 
 
 		 262 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.276769  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0626  formate dehydrogenase accessory protein  25.94 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1500  formate dehydrogenase accessory protein  26.61 
 
 		 260 aa  101  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.919736  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0145  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.95 
 
 		 289 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2277  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.66 
 
 		 258 aa  100  3e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1437  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.73 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1639  formate dehydrogenase accessory protein  28.84 
 
 		 223 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1343  formate dehydrogenase accessory protein  27.35 
 
 		 263 aa  99.8  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2347  formate dehydrogenase accessory protein  28.57 
 
 		 265 aa  99  7e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2305  formate dehydrogenase accessory protein  28.57 
 
 		 265 aa  99  7e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0817  formate dehydrogenase accessory protein  25.1 
 
 		 276 aa  99  8e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0766349  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0501  formate dehydrogenase accessory protein  26.69 
 
 		 268 aa  98.2  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1030  formate dehydrogenase accessory protein  28.63 
 
 		 263 aa  98.2  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2817  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.62 
 
 		 255 aa  97.8  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1923  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.35 
 
 		 280 aa  97.4  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1320  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.71 
 
 		 254 aa  96.3  6e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0406  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.6 
 
 		 284 aa  95.9  6e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1033  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  26.8 
 
 		 266 aa  94.7  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0364714  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3339  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.15 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.224084 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1335  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.77 
 
 		 289 aa  94  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000543766 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0758  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.34 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>