More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2580 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2580  formate dehydrogenase subunit FdhD  100 
 
 		 291 aa  593  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437396  normal  0.264505 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2176  formate dehydrogenase subunit FdhD  98.28 
 
 		 291 aa  578  1e-164  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60851  normal  0.0520829 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2367  FDHD protein  90.03 
 
 		 291 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0478854 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0687  formate dehydrogenase, subunit FdhD  81.27 
 
 		 276 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2756  formate dehydrogenase subunit FdhD  79.7 
 
 		 278 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000145311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3459  formate dehydrogenase, subunit FdhD  62.77 
 
 		 296 aa  354  8.999999999999999e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.215556 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1176  putative fdhD protein  61.81 
 
 		 299 aa  350  1e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.108793 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3715  formate dehydrogenase subunit FdhD  62.83 
 
 		 275 aa  350  1e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.351414  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2786  formate dehydrogenase subunit FdhD  62.41 
 
 		 296 aa  351  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0374953  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0648  formate dehydrogenase, subunit FdhD  61.31 
 
 		 276 aa  349  3e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3723  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  60.44 
 
 		 303 aa  339  4e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.521477 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3256  formate dehydrogenase, subunit FdhD  60.22 
 
 		 280 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.340615  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0839  formate dehydrogenase, subunit FdhD  59.27 
 
 		 290 aa  334  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.145713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0942  formate dehydrogenase, subunit FdhD  55.96 
 
 		 319 aa  326  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4057  formate dehydrogenase, subunit FdhD  58.61 
 
 		 290 aa  315  5e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3910  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  52.96 
 
 		 298 aa  290  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.131875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3714  formate dehydrogenase, subunit FdhD  54.23 
 
 		 298 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.272943  normal  0.525322 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0053  formate dehydrogenase, subunit FdhD  54.14 
 
 		 281 aa  289  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4218  formate dehydrogenase subunit FdhD  53.56 
 
 		 296 aa  289  4e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.072328  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4100  formate dehydrogenase subunit FdhD  53.56 
 
 		 296 aa  289  4e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.015822  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3785  formate dehydrogenase, subunit FdhD  54.23 
 
 		 298 aa  289  4e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0292467  normal  0.549187 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4130  formate dehydrogenase subunit FdhD  53.18 
 
 		 296 aa  288  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.142791  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0239  formate dehydrogenase subunit FdhD  53.56 
 
 		 290 aa  288  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0343  formate dehydrogenase, subunit FdhD  54.62 
 
 		 298 aa  288  9e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00229888  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1126  formate dehydrogenase accessory protein  55.95 
 
 		 337 aa  283  3.0000000000000004e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3619  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  54.44 
 
 		 282 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4819  formate dehydrogenase subunit FdhD  51.88 
 
 		 298 aa  278  5e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1909  formate dehydrogenase, subunit FdhD  53.79 
 
 		 300 aa  278  8e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0051  formate dehydrogenase, subunit FdhD  52.71 
 
 		 284 aa  277  1e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4143  formate dehydrogenase subunit FdhD  52.31 
 
 		 280 aa  277  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4427  formate dehydrogenase, subunit FdhD  51.32 
 
 		 295 aa  275  4e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4503  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  56.12 
 
 		 249 aa  275  7e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003500  formate dehydrogenase chain D  50.56 
 
 		 277 aa  265  8.999999999999999e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02271  hypothetical protein  50.19 
 
 		 276 aa  263  3e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1448  putative formate dehydrogenase accessory protein  47.6 
 
 		 283 aa  254  1.0000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2431  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  44.15 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3132  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  43.6 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5485  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  44.76 
 
 		 290 aa  202  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3282  putative formate dehydrogenase accessory protein FdhD  42.12 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.610509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3756  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  42.91 
 
 		 293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1208  formate dehydrogenase, subunit FdhD  70 
 
 		 109 aa  146  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000012099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1205  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  35.61 
 
 		 303 aa  142  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.495294 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2876  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  34.04 
 
 		 262 aa  136  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0487293  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0989  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.12 
 
 		 266 aa  129  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1840  formate dehydrogenase accessory protein  33.07 
 
 		 268 aa  126  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00380429  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3370  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  32.51 
 
 		 487 aa  125  6e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1062  formate dehydrogenase, subunit FdhD  30.2 
 
 		 479 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0656292 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0780  formate dehydrogenase accessory protein FdhD  32.93 
 
 		 478 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.162723  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3374  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.34 
 
 		 260 aa  116  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4115  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.27 
 
 		 255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.271618  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3385  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.88 
 
 		 483 aa  113  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2990  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  33.19 
 
 		 255 aa  114  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.68227e-19 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1058  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.09 
 
 		 264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06930  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.25 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.215671 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0639  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.12 
 
 		 255 aa  110  3e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.444789  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3364  formate dehydrogenase accessory protein  27.38 
 
 		 265 aa  109  6e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.144836  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3628  formate dehydrogenase accessory protein  27.38 
 
 		 265 aa  109  6e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3328  formate dehydrogenase accessory protein  27.38 
 
 		 265 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0183588  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2264  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.57 
 
 		 468 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1860  formate dehydrogenase accessory protein  27.04 
 
 		 260 aa  108  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1958  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.36 
 
 		 468 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0211  formate dehydrogenase accessory protein  25.75 
 
 		 260 aa  107  3e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2175  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.63 
 
 		 260 aa  106  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.145342 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3578  formate dehydrogenase accessory protein  27.59 
 
 		 265 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1681  formate dehydrogenase accessory protein  27.04 
 
 		 260 aa  104  2e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2076  formate dehydrogenase, subunit FdhD  30.83 
 
 		 263 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.82479e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1500  formate dehydrogenase accessory protein  26.29 
 
 		 260 aa  103  3e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.919736  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3678  formate dehydrogenase accessory protein  27.59 
 
 		 265 aa  103  3e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.688402  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1293  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.67 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000222407  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0145  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.7 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2277  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.88 
 
 		 258 aa  103  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3278  formate dehydrogenase accessory protein  27.2 
 
 		 265 aa  102  8e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0817  formate dehydrogenase accessory protein  26.36 
 
 		 276 aa  102  9e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0766349  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3585  formate dehydrogenase accessory protein  26.62 
 
 		 265 aa  101  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3339  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.88 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.224084 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3595  formate dehydrogenase accessory protein  26.62 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1030  formate dehydrogenase accessory protein  29.8 
 
 		 263 aa  100  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1437  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.17 
 
 		 255 aa  99.8  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1923  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.59 
 
 		 280 aa  99.4  6e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0466  formate dehydrogenase accessory protein  28.02 
 
 		 262 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.276769  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1343  formate dehydrogenase accessory protein  26.92 
 
 		 263 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0406  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28 
 
 		 284 aa  98.6  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2817  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.99 
 
 		 255 aa  98.6  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1033  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  25 
 
 		 266 aa  97.4  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0364714  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0654  formate dehydrogenase accessory protein  26.03 
 
 		 268 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0556  formate dehydrogenase accessory protein  25.94 
 
 		 268 aa  96.3  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0498  formate dehydrogenase accessory protein  25.94 
 
 		 268 aa  96.3  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0715  formate dehydrogenase accessory protein  27.15 
 
 		 268 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0588  formate dehydrogenase accessory protein  25.94 
 
 		 268 aa  96.3  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0644  formate dehydrogenase accessory protein  25.94 
 
 		 268 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0500  formate dehydrogenase accessory protein  26.07 
 
 		 268 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4711  formate dehydrogenase accessory protein  26.23 
 
 		 268 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1335  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.54 
 
 		 289 aa  94.7  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000543766 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2305  formate dehydrogenase accessory protein  26.69 
 
 		 265 aa  95.5  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0501  formate dehydrogenase accessory protein  27.73 
 
 		 268 aa  95.1  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0626  formate dehydrogenase accessory protein  26.23 
 
 		 268 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2347  formate dehydrogenase accessory protein  26.69 
 
 		 265 aa  95.5  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2060  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.44 
 
 		 262 aa  94  2e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000863556  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0504  formate dehydrogenase accessory protein  26.8 
 
 		 269 aa  94  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1320  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.16 
 
 		 254 aa  92  1e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>