120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0966 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0966  hypothetical protein  100 
 
 		 78 aa  156  7e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2180  hypothetical protein  63.51 
 
 		 78 aa  107  7.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.351139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1063  protein of unknown function DUF1289  62.71 
 
 		 78 aa  86.7  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.336879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2683  hypothetical protein  52.05 
 
 		 76 aa  80.1  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.344711  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1341  hypothetical protein  52.05 
 
 		 76 aa  80.1  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0389331  normal  0.17465 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2184  protein of unknown function DUF1289  54.84 
 
 		 74 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.768607  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3396  hypothetical protein  56.86 
 
 		 68 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0264738  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2045  hypothetical protein  54.9 
 
 		 68 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0738495  normal  0.291122 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0509  hypothetical protein  60 
 
 		 55 aa  63.9  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0957  hypothetical protein  46.94 
 
 		 85 aa  62.8  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.283271 
 
 
-
 
NC_004310  BR0865  hypothetical protein  41.67 
 
 		 64 aa  60.8  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2362  hypothetical protein  49.15 
 
 		 64 aa  60.8  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0239  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  50 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000372034 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4259  hypothetical protein  54.9 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.699772  normal  0.0946677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3459  hypothetical protein  47.92 
 
 		 65 aa  58.2  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.203383 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1605  hypothetical protein  48.48 
 
 		 73 aa  57.4  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0647603  normal  0.193551 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2063  hypothetical protein  48.94 
 
 		 73 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15252  normal  0.0794579 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1551  hypothetical protein  49.02 
 
 		 76 aa  56.6  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.355099  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0908  hypothetical protein  55.32 
 
 		 70 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0544029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2083  protein of unknown function DUF1289  41.82 
 
 		 72 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.333398  normal  0.751471 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0857  hypothetical protein  38.33 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2046  hypothetical protein  49.02 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00450477  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2320  protein of unknown function DUF1289  44.23 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0869  protein of unknown function DUF1289  53.19 
 
 		 70 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.293603  normal  0.224383 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4380  hypothetical protein  45.9 
 
 		 70 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1318  protein of unknown function DUF1289  45.16 
 
 		 267 aa  53.1  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.196513  normal  0.297563 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1057  hypothetical protein  42.31 
 
 		 79 aa  53.1  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.350668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0754  protein of unknown function DUF1289  48.98 
 
 		 66 aa  52.8  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2144  hypothetical protein  42.86 
 
 		 89 aa  51.2  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1179  hypothetical protein  39.44 
 
 		 76 aa  50.8  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0112  protein of unknown function DUF1289  44.44 
 
 		 88 aa  50.4  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3162  hypothetical protein  44.23 
 
 		 81 aa  50.8  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.561476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3823  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  47.46 
 
 		 248 aa  50.4  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2014  hypothetical protein  45.45 
 
 		 65 aa  50.4  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276903  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1974  hypothetical protein  45.16 
 
 		 70 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2233  hypothetical protein  44.68 
 
 		 61 aa  49.3  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0963736  normal  0.163995 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2482  hypothetical protein  33.33 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.133644  normal  0.19814 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0842  protein of unknown function DUF1289  43.33 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.660965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3773  protein of unknown function DUF1289  51.22 
 
 		 71 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0163  hypothetical protein  36.67 
 
 		 82 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1693  hypothetical protein  38.46 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.789904  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0119  protein of unknown function DUF1289  42.59 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.421597 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1715  hypothetical protein  38.46 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0288825  normal  0.111224 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1275  hypothetical protein  37.1 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2412  hypothetical protein  33.33 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0100281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1443  hypothetical protein  42.31 
 
 		 77 aa  48.1  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1507  hypothetical protein  41.18 
 
 		 82 aa  47.8  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1466  hypothetical protein  37.1 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1983  hypothetical protein  38.78 
 
 		 58 aa  47.8  0.00005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0084  hypothetical protein  40.82 
 
 		 69 aa  47.4  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2717  hypothetical protein  46.94 
 
 		 77 aa  47.4  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1678  hypothetical protein  40.35 
 
 		 76 aa  47.4  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388169  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0737  hypothetical protein  30.43 
 
 		 147 aa  47.4  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2550  hypothetical protein  46.94 
 
 		 77 aa  47.4  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.379363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2617  hypothetical protein  46.94 
 
 		 77 aa  47.4  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1012  hypothetical protein  38.46 
 
 		 71 aa  47  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547742 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4664  hypothetical protein  37.78 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0330  hypothetical protein  41.82 
 
 		 85 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.445716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3407  hypothetical protein  44.19 
 
 		 66 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.29096  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4760  hypothetical protein  37.25 
 
 		 61 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.177325  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1599  hypothetical protein  36.84 
 
 		 65 aa  45.8  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.317306  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00778  MutT/nudix family protein  46 
 
 		 285 aa  45.4  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.025286  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3407  hypothetical protein  37.25 
 
 		 61 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2574  hypothetical protein  32.79 
 
 		 71 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00818441  normal  0.348438 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2664  protein of unknown function DUF1289  36.92 
 
 		 76 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.139666  normal  0.0148799 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0239  hypothetical protein  46.81 
 
 		 62 aa  45.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964709  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5172  protein of unknown function DUF1289  38.64 
 
 		 154 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1366  hypothetical protein  40.38 
 
 		 64 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985025  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5318  protein of unknown function DUF1289  41.18 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15880  hypothetical protein  40.38 
 
 		 64 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0875787 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2479  hypothetical protein  34.69 
 
 		 60 aa  44.7  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00121761  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4266  hypothetical protein  39.62 
 
 		 67 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4164  hypothetical protein  32.26 
 
 		 66 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197255 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3916  hypothetical protein  36.36 
 
 		 136 aa  44.3  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0635913  hitchhiker  0.00318943 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0259  hypothetical protein  38.46 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5962  hypothetical protein  41.51 
 
 		 81 aa  43.9  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0438  protein of unknown function DUF1289  34.85 
 
 		 79 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5160  hypothetical protein  46.43 
 
 		 57 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2528  hypothetical protein  38 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1889  protein of unknown function DUF1289  38 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.102819  normal  0.458319 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1739  hypothetical protein  42.86 
 
 		 77 aa  43.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0156  hypothetical protein  37.25 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1617  hypothetical protein  38.78 
 
 		 303 aa  43.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2057  hypothetical protein  40 
 
 		 155 aa  42.7  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.143553  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1730  hypothetical protein  38.3 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0101235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3352  hypothetical protein  38.78 
 
 		 74 aa  43.5  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1455  hypothetical protein  39.53 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.13475 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4272  hypothetical protein  37.25 
 
 		 81 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0930636 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2035  hypothetical protein  34.62 
 
 		 65 aa  42.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00150259  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0120  hypothetical protein  42 
 
 		 84 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0817335  normal  0.60667 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2838  hypothetical protein  36.36 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4775  protein of unknown function DUF1289  41.86 
 
 		 57 aa  42.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0172971  hitchhiker  0.00190197 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1060  hypothetical protein  39.53 
 
 		 65 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0541  hypothetical protein  40 
 
 		 52 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.723228  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1997  hypothetical protein  41.86 
 
 		 61 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.205951  normal  0.0114926 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2641  hypothetical protein  34.09 
 
 		 159 aa  42  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1548  hypothetical protein  42.86 
 
 		 77 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2802  protein of unknown function DUF1289  42.86 
 
 		 77 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.743329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1544  hypothetical protein  42.86 
 
 		 77 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.216723  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1578  hypothetical protein  42.86 
 
 		 77 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>