169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3407 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3407  hypothetical protein  100 
 
 		 66 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.29096  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1275  hypothetical protein  72.13 
 
 		 72 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1466  hypothetical protein  70.49 
 
 		 72 aa  92  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4164  hypothetical protein  71.19 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197255 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15880  hypothetical protein  78.57 
 
 		 64 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0875787 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1060  hypothetical protein  71.67 
 
 		 65 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4266  hypothetical protein  71.88 
 
 		 67 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1366  hypothetical protein  74.14 
 
 		 64 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985025  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1455  hypothetical protein  70 
 
 		 74 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.13475 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1012  hypothetical protein  66.67 
 
 		 71 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547742 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2479  hypothetical protein  68.18 
 
 		 60 aa  67  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00121761  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2867  hypothetical protein  43.64 
 
 		 64 aa  60.8  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.510606  hitchhiker  0.0000394649 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0957  hypothetical protein  47.37 
 
 		 85 aa  55.8  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.283271 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0112  protein of unknown function DUF1289  51.92 
 
 		 88 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1599  hypothetical protein  44.44 
 
 		 65 aa  53.5  0.0000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.317306  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0119  protein of unknown function DUF1289  48.08 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.421597 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3726  hypothetical protein  46.43 
 
 		 71 aa  51.2  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1057  hypothetical protein  43.86 
 
 		 79 aa  51.2  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.350668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3162  hypothetical protein  42.59 
 
 		 81 aa  51.2  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.561476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00778  MutT/nudix family protein  50 
 
 		 285 aa  50.8  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.025286  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2184  protein of unknown function DUF1289  42.59 
 
 		 74 aa  50.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.768607  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0259  hypothetical protein  49.06 
 
 		 88 aa  50.4  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286682  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0865  hypothetical protein  46.67 
 
 		 64 aa  50.4  0.000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1974  hypothetical protein  47.46 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01618  hypothetical protein  42.86 
 
 		 79 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000568284  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1992  protein of unknown function DUF1289  42.86 
 
 		 79 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  3.11931e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5495  hypothetical protein  41.67 
 
 		 74 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1550  hypothetical protein  42.86 
 
 		 125 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0126376  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01608  hypothetical protein  42.86 
 
 		 79 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000323192  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1981  hypothetical protein  42.86 
 
 		 79 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000345163  hitchhiker  0.000939338 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2362  hypothetical protein  46.94 
 
 		 64 aa  48.9  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0317  hypothetical protein  42 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0944307  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0163  hypothetical protein  51.16 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3754  hypothetical protein  45.45 
 
 		 94 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.353082  normal  0.856634 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1507  hypothetical protein  38.6 
 
 		 82 aa  48.1  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5224  hypothetical protein  40.98 
 
 		 74 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1678  hypothetical protein  47.83 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388169  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1715  hypothetical protein  45.83 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0288825  normal  0.111224 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3035  protein of unknown function DUF1289  45.45 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.468674  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1693  hypothetical protein  45.83 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.789904  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5133  hypothetical protein  40.98 
 
 		 74 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.581719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1567  hypothetical protein  46.67 
 
 		 70 aa  47.8  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.450531  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2792  hypothetical protein  42.59 
 
 		 71 aa  47.4  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6017  hypothetical protein  39.62 
 
 		 56 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0228  hypothetical protein  43.75 
 
 		 78 aa  47.4  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0248  hypothetical protein  44.44 
 
 		 70 aa  47  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.561278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5285  hypothetical protein  44.44 
 
 		 74 aa  47.4  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3352  hypothetical protein  49.02 
 
 		 74 aa  47  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1799  hypothetical protein  40.82 
 
 		 81 aa  47  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000202172  normal  0.0255641 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3396  hypothetical protein  42.59 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0264738  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0179  hypothetical protein  41.67 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0754  protein of unknown function DUF1289  46.94 
 
 		 66 aa  46.6  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0966  hypothetical protein  44.19 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1551  hypothetical protein  48.84 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.355099  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1318  protein of unknown function DUF1289  44 
 
 		 267 aa  46.6  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.196513  normal  0.297563 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2664  protein of unknown function DUF1289  44.44 
 
 		 76 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.139666  normal  0.0148799 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2046  hypothetical protein  36.21 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00450477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5962  hypothetical protein  45.28 
 
 		 81 aa  46.2  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1710  hypothetical protein  55.56 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0270  hypothetical protein  51.28 
 
 		 65 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0857  hypothetical protein  39.22 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4140  hypothetical protein  41.3 
 
 		 106 aa  45.4  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276441  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2468  hypothetical protein  36.36 
 
 		 60 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.835928  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2233  hypothetical protein  37.74 
 
 		 60 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256275  normal  0.539616 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3582  hypothetical protein  37.5 
 
 		 63 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.765416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1874  hypothetical protein  39.58 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.00000000000160461  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22880  putative Fe-S protein  47.62 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.900753  normal  0.190729 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1765  hypothetical protein  39.58 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.55498e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0908  hypothetical protein  41.38 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0544029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2739  hypothetical protein  40.43 
 
 		 83 aa  45.4  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2035  hypothetical protein  45 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00150259  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2574  hypothetical protein  38.81 
 
 		 71 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00818441  normal  0.348438 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0509  hypothetical protein  46.34 
 
 		 55 aa  45.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1063  protein of unknown function DUF1289  44.9 
 
 		 78 aa  45.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.336879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3459  hypothetical protein  42.31 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.203383 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1739  hypothetical protein  44.19 
 
 		 77 aa  44.7  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4708  protein of unknown function DUF1289  48.08 
 
 		 92 aa  44.7  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1814  hypothetical protein  37.5 
 
 		 100 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0869  protein of unknown function DUF1289  39.66 
 
 		 70 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.293603  normal  0.224383 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2412  hypothetical protein  47.73 
 
 		 68 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0100281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2482  hypothetical protein  47.73 
 
 		 68 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.133644  normal  0.19814 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4380  hypothetical protein  39.62 
 
 		 70 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2045  hypothetical protein  38.89 
 
 		 68 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0738495  normal  0.291122 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2383  hypothetical protein  38 
 
 		 79 aa  44.3  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000497214  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2180  hypothetical protein  45.45 
 
 		 78 aa  43.9  0.0007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.351139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5160  hypothetical protein  37.25 
 
 		 57 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2683  hypothetical protein  46.51 
 
 		 76 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.344711  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1069  hypothetical protein  38 
 
 		 101 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000277131  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1947  hypothetical protein  48.72 
 
 		 67 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00081955  normal  0.856414 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2880  hypothetical protein  34 
 
 		 106 aa  43.5  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244519  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1341  hypothetical protein  46.51 
 
 		 76 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0389331  normal  0.17465 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1000  hypothetical protein  38 
 
 		 101 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000103253  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4775  protein of unknown function DUF1289  37.78 
 
 		 57 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0172971  hitchhiker  0.00190197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1931  putative Fe-S protein  45.24 
 
 		 75 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236199  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1008  hypothetical protein  38 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000657187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1267  hypothetical protein  39.58 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000298758  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1457  hypothetical protein  38.46 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.634836 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2274  hypothetical protein  38.78 
 
 		 79 aa  42.7  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.234862  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03215  Fe-S protein-like proteinEB3  35.29 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000030181  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1605  hypothetical protein  45.24 
 
 		 73 aa  42.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0647603  normal  0.193551 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>