More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3823 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3823  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  100 
 
 
248 aa  490  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0478  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  64.75 
 
 
250 aa  289  3e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  63.11 
 
 
251 aa  280  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.982364 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4348  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  76.13 
 
 
167 aa  231  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4709  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  73.38 
 
 
162 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0239  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  54.27 
 
 
221 aa  226  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000372034 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3755  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  73.12 
 
 
162 aa  221  6e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.445295  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3036  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  73.12 
 
 
162 aa  221  8e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.784305  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0515  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  77.07 
 
 
183 aa  208  7e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0151737  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3353  hypothetical protein  68.87 
 
 
165 aa  201  7e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5963  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  66.46 
 
 
167 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851834  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  56.96 
 
 
174 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0260  hypothetical protein  55.13 
 
 
170 aa  171  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.393792  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4271  hypothetical protein  56.1 
 
 
173 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0312  ybaK/ebsC protein  56.77 
 
 
168 aa  169  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0164  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  54.37 
 
 
177 aa  168  7e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0439  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  56.21 
 
 
173 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0113  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  53.21 
 
 
166 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0119  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  56.77 
 
 
165 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0263477  normal  0.895889 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2346  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  56.21 
 
 
168 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.654281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2960  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  56.21 
 
 
168 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333843  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  53.9 
 
 
166 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.615211 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2871  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  55.56 
 
 
168 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.806354 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2956  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  56.86 
 
 
186 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3008  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  55.56 
 
 
168 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2981  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  55.56 
 
 
168 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6310  YbaK/prolyl-tRNA synthetase like protein  54.9 
 
 
178 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0365  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  56.13 
 
 
168 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.257011  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0542  YbaK  56.13 
 
 
168 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0351  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  56.13 
 
 
168 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2103  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  49.35 
 
 
162 aa  137  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2267  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45 
 
 
164 aa  136  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1948  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.45 
 
 
164 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1128  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  50 
 
 
171 aa  133  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0899  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.81 
 
 
159 aa  125  6e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.0622589 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5549  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  48.03 
 
 
159 aa  119  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.837846 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1085  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.41 
 
 
156 aa  119  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549575  normal  0.623035 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0132  hypothetical protein  40.13 
 
 
163 aa  116  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0104828  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3021  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.7 
 
 
155 aa  115  5e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00107771  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3288  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.2 
 
 
171 aa  112  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.545646  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0992  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  49.68 
 
 
163 aa  112  6e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3080  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  47.76 
 
 
157 aa  112  7.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304757  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0335  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.5 
 
 
179 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0466  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.58 
 
 
161 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4036  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.48 
 
 
157 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.75 
 
 
157 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.293972 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.03 
 
 
156 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2447  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  44.44 
 
 
166 aa  102  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.106663  hitchhiker  0.000551583 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0327  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.1 
 
 
160 aa  102  7e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3470  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  47.3 
 
 
162 aa  101  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.116245  hitchhiker  0.00805861 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1347  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.77 
 
 
158 aa  101  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.949799  hitchhiker  0.00364047 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1048  hypothetical protein  44.72 
 
 
168 aa  99.8  4e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3551  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  48.12 
 
 
201 aa  97.8  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0146665  normal  0.0164615 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2512  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  48.21 
 
 
156 aa  98.2  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2791  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.79 
 
 
159 aa  96.7  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3243  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.67 
 
 
162 aa  96.3  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.156466  normal  0.0643244 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1407  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.04 
 
 
167 aa  95.5  7e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2642  hypothetical protein  43.05 
 
 
156 aa  94  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0248057  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1918  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  47.9 
 
 
158 aa  94  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0942433  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1299  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.62 
 
 
156 aa  92.8  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154481  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0441  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.25 
 
 
154 aa  89.4  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3926  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.38 
 
 
163 aa  89  7e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2174  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.91 
 
 
157 aa  89  7e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000343666 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2044  YbaK/EbsC family protein  37.24 
 
 
156 aa  88.6  9e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0764  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.27 
 
 
155 aa  86.3  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0345429  normal  0.0109204 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0163  hypothetical protein  64.81 
 
 
82 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3482  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.76 
 
 
158 aa  79.7  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0516  hypothetical protein  52.7 
 
 
202 aa  79.3  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0335528  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0438  protein of unknown function DUF1289  66.04 
 
 
79 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2115  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.16 
 
 
160 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.303981  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0548  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.83 
 
 
163 aa  75.5  0.0000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3035  protein of unknown function DUF1289  55.56 
 
 
94 aa  75.1  0.0000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.468674  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1624  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.1 
 
 
153 aa  75.1  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3754  hypothetical protein  55.07 
 
 
94 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.353082  normal  0.856634 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4272  hypothetical protein  62.26 
 
 
81 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0930636 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3822  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.59 
 
 
159 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.808721  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4708  protein of unknown function DUF1289  60 
 
 
92 aa  70.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1868  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.5 
 
 
158 aa  70.5  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.11023 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3616  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.99 
 
 
152 aa  70.5  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1212  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.1 
 
 
151 aa  68.9  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0760914  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0156  hypothetical protein  56.86 
 
 
80 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4347  hypothetical protein  56.14 
 
 
95 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5962  hypothetical protein  61.22 
 
 
81 aa  67.8  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166337  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2912  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.84 
 
 
155 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.14862  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3352  hypothetical protein  55.1 
 
 
74 aa  67.8  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6129  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.29 
 
 
152 aa  67  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.684201  normal  0.245919 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3961  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.58 
 
 
155 aa  67.8  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0350  hypothetical protein  57.69 
 
 
110 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0364  hypothetical protein  57.69 
 
 
110 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.164105  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1983  hypothetical protein  48 
 
 
58 aa  65.5  0.0000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0754  protein of unknown function DUF1289  55.56 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6541  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.64 
 
 
152 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.361078 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0311  hypothetical protein  57.69 
 
 
110 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4026  hypothetical protein  37.04 
 
 
158 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0219  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.07 
 
 
153 aa  64.7  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.303284 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4957  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  33.08 
 
 
152 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4290  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.35 
 
 
152 aa  63.9  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000309077  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0561  hypothetical protein  32.03 
 
 
152 aa  63.9  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.155042  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4905  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  33.08 
 
 
152 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.286575  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4870  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  33.08 
 
 
152 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00831587  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>