More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4326 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4326  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 
210 aa  433  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  43.13 
 
 
216 aa  180  1e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  42.65 
 
 
216 aa  179  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  45.97 
 
 
216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  42.18 
 
 
216 aa  177  1e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  43.19 
 
 
218 aa  177  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0400  isopropylmalate isomerase small subunit  47.67 
 
 
201 aa  175  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0388  isopropylmalate isomerase small subunit  47.67 
 
 
201 aa  175  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0414  isopropylmalate isomerase small subunit  47.67 
 
 
201 aa  175  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000110574 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 
216 aa  175  4e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 
216 aa  175  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  44.81 
 
 
212 aa  173  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  42.72 
 
 
214 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3609  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 
216 aa  173  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0371  isopropylmalate isomerase small subunit  47.42 
 
 
201 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  42.65 
 
 
215 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  44.34 
 
 
212 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0423  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  45.83 
 
 
194 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0497347 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1190  isopropylmalate isomerase small subunit  44.28 
 
 
207 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0474  isopropylmalate isomerase small subunit  46.63 
 
 
201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.6 
 
 
212 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  44.08 
 
 
216 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  44.55 
 
 
216 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  42.92 
 
 
215 aa  173  1.9999999999999998e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  44.29 
 
 
215 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  43.78 
 
 
201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.55 
 
 
216 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  44.55 
 
 
216 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0389  isopropylmalate isomerase small subunit  47.67 
 
 
201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2224  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.37 
 
 
202 aa  172  2.9999999999999996e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.724185  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 
216 aa  172  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  44.29 
 
 
215 aa  172  5e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3577  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 
216 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  44.29 
 
 
216 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0198572 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4416  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 
216 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3951  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 
216 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3585  isopropylmalate isomerase small subunit  46.91 
 
 
201 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  43.6 
 
 
216 aa  171  7.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1342  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.71 
 
 
216 aa  171  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.331592  normal  0.464834 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0673  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 
216 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000646407  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0338  isopropylmalate isomerase small subunit  47.42 
 
 
201 aa  171  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00370617  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1727  isopropylmalate isomerase small subunit  43.33 
 
 
216 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0776  isopropylmalate isomerase small subunit  43.33 
 
 
216 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0211151  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1642  isopropylmalate isomerase small subunit  43.33 
 
 
216 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.865269  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  42.65 
 
 
216 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  42.38 
 
 
216 aa  170  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1851  isopropylmalate isomerase small subunit  43.33 
 
 
216 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.30576  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2314  isopropylmalate isomerase small subunit  43.33 
 
 
216 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  44.55 
 
 
215 aa  169  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0522  isopropylmalate isomerase small subunit  43.33 
 
 
216 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503105  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2452  isopropylmalate isomerase small subunit  43.33 
 
 
216 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.250936  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  42.45 
 
 
215 aa  169  3e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.78 
 
 
201 aa  169  3e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.98 
 
 
240 aa  169  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  41.9 
 
 
722 aa  169  3e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3040  isopropylmalate isomerase small subunit  44.29 
 
 
216 aa  169  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  43.6 
 
 
217 aa  169  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3342  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 
216 aa  168  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3846  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 
216 aa  168  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.817461 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  44.5 
 
 
201 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3825  isopropylmalate isomerase small subunit  44.85 
 
 
201 aa  168  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1919  isopropylmalate isomerase small subunit  41.51 
 
 
212 aa  168  5e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  44 
 
 
201 aa  168  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  42.45 
 
 
214 aa  168  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09800  3-isopropylmalate dehydratase small subunit LeuD2  43.78 
 
 
202 aa  167  7e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  42.18 
 
 
214 aa  168  7e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0337  isopropylmalate isomerase small subunit  45.36 
 
 
201 aa  167  7e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  43.5 
 
 
201 aa  167  8e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2312  isopropylmalate isomerase small subunit  41.71 
 
 
216 aa  167  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.845153  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3469  isopropylmalate isomerase small subunit  47.15 
 
 
201 aa  167  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068645  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2359  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.28 
 
 
202 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.194299 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  44.55 
 
 
217 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2791  isopropylmalate isomerase small subunit  43 
 
 
201 aa  166  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204605  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6957  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.79 
 
 
212 aa  166  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.507189  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  44.28 
 
 
201 aa  166  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  43.5 
 
 
201 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6848  isopropylmalate isomerase small subunit  44.08 
 
 
217 aa  166  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0246289  normal  0.577423 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3281  isopropylmalate isomerase small subunit  45 
 
 
207 aa  166  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.186191  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  42.18 
 
 
212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4233  isopropylmalate isomerase small subunit  45.36 
 
 
201 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  43.33 
 
 
216 aa  166  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  43.5 
 
 
201 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  45 
 
 
209 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  45.83 
 
 
200 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  43.5 
 
 
202 aa  165  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2888  isopropylmalate isomerase small subunit  43.6 
 
 
217 aa  165  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175281  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  42.18 
 
 
212 aa  165  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3758  isopropylmalate isomerase small subunit  45.88 
 
 
201 aa  165  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.113881 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1670  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  40.39 
 
 
204 aa  165  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00715412  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1382  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.81 
 
 
215 aa  165  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.758839  normal  0.419844 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9634  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  40.91 
 
 
232 aa  164  5.9999999999999996e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.78 
 
 
215 aa  164  9e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4368  isopropylmalate isomerase small subunit  42.18 
 
 
217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  43.5 
 
 
201 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  43 
 
 
201 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  43.28 
 
 
201 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  43 
 
 
201 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3898  isopropylmalate isomerase small subunit  43 
 
 
202 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106034  normal  0.223457 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2521  isopropylmalate isomerase small subunit  43.28 
 
 
201 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3817  isopropylmalate isomerase small subunit  45.6 
 
 
201 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>