280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0904 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0904  UbiD family decarboxylase  100 
 
 
480 aa  978    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0122737  normal  0.0906126 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2926  UbiD family decarboxylase  42.86 
 
 
483 aa  399  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2102  carboxylyase-like protein  35.32 
 
 
514 aa  269  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1061  UbiD family decarboxylase  34.36 
 
 
490 aa  218  1e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0281996 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  34.93 
 
 
488 aa  210  6e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3657  UbiD family decarboxylase  31.85 
 
 
497 aa  204  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.072913 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  33.73 
 
 
487 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3043  4-hydroxybenzoate decarboxylase, subunit C  32.3 
 
 
475 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3231  4-hydroxybenzoate decarboxylase, subunit C  32.3 
 
 
475 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3127  4-hydroxybenzoate decarboxylase subunit C  32.51 
 
 
475 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.147886 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3111  4-hydroxybenzoate decarboxylase subunit C  32.3 
 
 
475 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  33.27 
 
 
488 aa  198  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3072  4-hydroxybenzoate decarboxylase subunit C  32.3 
 
 
475 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.901205 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1073  UbiD family decarboxylase  34.28 
 
 
495 aa  197  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0961197  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  31.9 
 
 
495 aa  197  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3063  hypothetical protein  35.35 
 
 
498 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3989  4-hydroxybenzoate decarboxylase, subunit C  32.23 
 
 
475 aa  196  6e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3039  4-hydroxybenzoate decarboxylase, subunit C  32.14 
 
 
475 aa  196  7e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  33.47 
 
 
488 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  32.64 
 
 
550 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  33.47 
 
 
492 aa  195  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0826  UbiD family decarboxylase  31.72 
 
 
496 aa  195  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  32.98 
 
 
488 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2863  4-hydroxybenzoate decarboxylase, subunit C  32.23 
 
 
475 aa  195  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  32.64 
 
 
488 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5274  UbiD family decarboxylase  32.64 
 
 
488 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  32.85 
 
 
488 aa  194  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5036  UbiD family decarboxylase  32.85 
 
 
488 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.81 
 
 
488 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3657  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.15 
 
 
490 aa  191  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670347  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.2 
 
 
522 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0381  carboxylyase-like protein  31.88 
 
 
476 aa  190  5e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3188  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  31.38 
 
 
489 aa  189  7e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  hitchhiker  0.00754697 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  32.21 
 
 
498 aa  189  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47400  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  32.54 
 
 
488 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  32.89 
 
 
487 aa  188  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0338  hypothetical protein  31.13 
 
 
496 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0474  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.71 
 
 
491 aa  187  3e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  32.78 
 
 
487 aa  187  4e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  32.96 
 
 
487 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03130  hypothetical protein  30.52 
 
 
496 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456307  hitchhiker  0.000000178066 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  31.57 
 
 
506 aa  186  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.13548 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0310  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  32.64 
 
 
488 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4238  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.39 
 
 
498 aa  184  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3059  carboxylyase-like protein  30.12 
 
 
493 aa  182  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  32.14 
 
 
506 aa  182  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3906  UbiD family decarboxylase  31.36 
 
 
498 aa  182  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  32.14 
 
 
498 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0506  hypothetical protein  31.4 
 
 
488 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  31.93 
 
 
495 aa  181  2.9999999999999997e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0360  UbiD family decarboxylase  30.59 
 
 
493 aa  180  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.375206  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0657  UbiD family decarboxylase  32.19 
 
 
503 aa  181  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0892481 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3525  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.39 
 
 
493 aa  181  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.39 
 
 
493 aa  181  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.21 
 
 
498 aa  180  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  31.11 
 
 
497 aa  180  5.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0701  UbiD family decarboxylase  32.39 
 
 
503 aa  180  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0426  carboxylyase-related protein  30.23 
 
 
493 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  31.94 
 
 
488 aa  179  7e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0177  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  31.76 
 
 
497 aa  179  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0556  UbiD family decarboxylase  29.53 
 
 
491 aa  179  1e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0006  UbiD family decarboxylase  30.7 
 
 
502 aa  179  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.69 
 
 
492 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.67 
 
 
497 aa  178  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.69 
 
 
492 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.69 
 
 
492 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  30.67 
 
 
497 aa  177  3e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.69 
 
 
492 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.69 
 
 
492 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.67 
 
 
497 aa  177  3e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.67 
 
 
497 aa  177  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0637  UbiD family decarboxylase  29.71 
 
 
508 aa  177  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.67 
 
 
497 aa  177  4e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  30.67 
 
 
497 aa  177  4e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.58 
 
 
493 aa  177  5e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.46 
 
 
497 aa  176  7e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3803  UbiD family decarboxylase  31.03 
 
 
493 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3985  UbiD family decarboxylase  31.03 
 
 
493 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0415  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  33.82 
 
 
487 aa  176  8e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.138941 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3859  UbiD family decarboxylase  31.03 
 
 
493 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0465  UbiD family decarboxylase  31.03 
 
 
493 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.67 
 
 
497 aa  176  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3632  UbiD family decarboxylase  29.35 
 
 
502 aa  176  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0104  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  33.13 
 
 
487 aa  176  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.226437  normal  0.0216284 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2013  UbiD family decarboxylase  32.38 
 
 
490 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.920349 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2481  UbiD family decarboxylase  29.35 
 
 
502 aa  176  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4444  UbiD family decarboxylase  30.44 
 
 
493 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2383  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  32.38 
 
 
490 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2588  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.39 
 
 
506 aa  175  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.884779 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0132  carboxylyase-like protein  30.5 
 
 
494 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0505  UbiD family decarboxylase  29.6 
 
 
493 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0521  UbiD family decarboxylase  30.44 
 
 
493 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2251  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.19 
 
 
502 aa  174  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.202201 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4053  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.18 
 
 
518 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0473  carboxylyase-like protein  31.18 
 
 
551 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0914  UbiD family decarboxylase  31.18 
 
 
518 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473263  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0952  UbiD family decarboxylase  31.18 
 
 
518 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0345381  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2445  UbiD family decarboxylase  31.24 
 
 
518 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3389  UbiD family decarboxylase  30.33 
 
 
493 aa  172  9e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  28.97 
 
 
480 aa  172  1e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>