59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5708 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5708  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 111 aa  228  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.203885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2778  Cupin 2 conserved barrel domain protein  64.86 
 
 		 111 aa  165  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.936799 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1069  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.1 
 
 		 117 aa  115  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.486556 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0445  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.85 
 
 		 123 aa  103  8e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.205887 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0452  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.06 
 
 		 136 aa  101  4e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2831  cupin 2 domain-containing protein  41.49 
 
 		 117 aa  76.6  0.00000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2044  hypothetical protein  41.11 
 
 		 128 aa  71.6  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0262  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.6 
 
 		 121 aa  60.1  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.11735 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0884  cupin 2, barrel  37.74 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0102  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.21 
 
 		 204 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.66506 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0105  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.21 
 
 		 204 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4882  hypothetical protein  33 
 
 		 145 aa  50.4  0.000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.192272  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2777  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.89 
 
 		 113 aa  47  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0722963  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0440  cupin 2, barrel  28.71 
 
 		 149 aa  47.4  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351298  normal  0.537185 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2471  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.89 
 
 		 113 aa  47  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.285762  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0351  cupin 2 domain-containing protein  31.87 
 
 		 111 aa  47  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1041  cupin 2 domain-containing protein  36.23 
 
 		 311 aa  46.2  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.421449  normal  0.0580221 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0495  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  35.45 
 
 		 460 aa  46.2  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.944613  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1645  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.93 
 
 		 112 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125951  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1603  cupin 2 domain-containing protein  34.92 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8205  hypothetical protein  29.13 
 
 		 136 aa  45.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1856  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.48 
 
 		 118 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0185849  hitchhiker  0.0000000000536602 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6135  hypothetical protein  33.87 
 
 		 155 aa  45.1  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.715074  normal  0.381762 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1481  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.48 
 
 		 118 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000853515 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0332  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  34.25 
 
 		 458 aa  44.7  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.174943  hitchhiker  0.000174576 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6339  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  36.36 
 
 		 160 aa  44.3  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000399971  hitchhiker  0.000000968106 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2150  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.62 
 
 		 118 aa  44.7  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.491101  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4483  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.36 
 
 		 160 aa  44.3  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000935764 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0238  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.56 
 
 		 111 aa  44.3  0.0006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.519233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1718  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.71 
 
 		 112 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5302  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.27 
 
 		 153 aa  44.3  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2483  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  30 
 
 		 496 aa  43.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3067  cupin 2 domain-containing protein  31 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1358  cupin 2 domain-containing protein  37.31 
 
 		 119 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.660301  normal  0.0940885 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 282 aa  43.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1036  cupin 2 domain-containing protein  25.61 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.276855  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1904  cupin region  38.1 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0602  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.97 
 
 		 118 aa  42.7  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1397  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  31.58 
 
 		 461 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0819  cupin 2 domain-containing protein  29.11 
 
 		 123 aa  42.4  0.002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0895  cupin 2 domain-containing protein  32.47 
 
 		 125 aa  42.7  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2629  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.72 
 
 		 138 aa  41.6  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4999  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 279 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2229  cupin domain-containing protein  30.49 
 
 		 115 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.688365  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08250  cupin domain-containing protein  36 
 
 		 113 aa  41.6  0.003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0145374  normal  0.40746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6075  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.48 
 
 		 224 aa  41.6  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1204  hypothetical protein  36.05 
 
 		 156 aa  41.6  0.004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.259392  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1580  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  32.88 
 
 		 458 aa  41.6  0.004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.492771  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.14 
 
 		 166 aa  41.2  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.760355  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2934  cupin 2 domain-containing protein  28.77 
 
 		 111 aa  40.8  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000921  putative pectin degradation protein  37.74 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1646  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.39 
 
 		 116 aa  40.4  0.007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3192  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  28.87 
 
 		 486 aa  40.8  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.764858  normal  0.047158 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0006  hypothetical protein  31.75 
 
 		 109 aa  40.4  0.008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3136  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  30 
 
 		 456 aa  40.4  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0347  Mannose-1-phosphate guanylyltransferase  28.75 
 
 		 476 aa  40.4  0.009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2443  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  26.92 
 
 		 450 aa  40.4  0.009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 207 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 181 aa  40  0.01  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.331871 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>