More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2316 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2316  alanine racemase  100 
 
 
334 aa  683    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.356237  normal  0.365484 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  37.74 
 
 
334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  36.8 
 
 
338 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  36.69 
 
 
340 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  36.9 
 
 
339 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  37.24 
 
 
338 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  36.76 
 
 
343 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  38.01 
 
 
353 aa  177  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  36.8 
 
 
343 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  36.8 
 
 
343 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.12 
 
 
333 aa  177  3e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  36.98 
 
 
343 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  36.8 
 
 
343 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  36.98 
 
 
343 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  36.8 
 
 
343 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  36.8 
 
 
343 aa  176  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  36.39 
 
 
340 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  36.47 
 
 
343 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  36.47 
 
 
343 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  36.47 
 
 
343 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  34.41 
 
 
342 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  37.03 
 
 
339 aa  173  3.9999999999999995e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.7 
 
 
336 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  35.52 
 
 
340 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.79 
 
 
346 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.87 
 
 
347 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  36.79 
 
 
346 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  35.19 
 
 
340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  34.72 
 
 
337 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  35.38 
 
 
333 aa  164  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  35.67 
 
 
368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.07 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  35.95 
 
 
336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  35.58 
 
 
346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 
355 aa  162  5.0000000000000005e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  33.65 
 
 
333 aa  162  7e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  34.8 
 
 
343 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  37.12 
 
 
357 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.7 
 
 
329 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  34.55 
 
 
342 aa  161  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  35.38 
 
 
346 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  32.4 
 
 
334 aa  159  6e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  30.7 
 
 
332 aa  158  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.15 
 
 
332 aa  158  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.84 
 
 
338 aa  157  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 
336 aa  157  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4409  transcriptional regulator, LacI family  36.62 
 
 
338 aa  156  4e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.408159  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.45 
 
 
337 aa  155  7e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  33.12 
 
 
334 aa  155  7e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 
342 aa  155  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  35.21 
 
 
337 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.2 
 
 
330 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.84 
 
 
333 aa  154  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.82 
 
 
333 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 
333 aa  153  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  34.43 
 
 
346 aa  153  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  34.6 
 
 
336 aa  153  5e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30.25 
 
 
336 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  32.48 
 
 
333 aa  152  7e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  28.66 
 
 
340 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  34.08 
 
 
333 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 
335 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.04 
 
 
337 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  35.13 
 
 
332 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  29.63 
 
 
331 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 
343 aa  151  2e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.91 
 
 
342 aa  150  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  32.45 
 
 
353 aa  150  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.06 
 
 
339 aa  150  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  34.81 
 
 
332 aa  149  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  34.81 
 
 
332 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  34.81 
 
 
332 aa  149  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 
332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 
342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  34.81 
 
 
332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 
338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  31.15 
 
 
336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  31.33 
 
 
334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.42 
 
 
352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  31.58 
 
 
334 aa  147  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.5 
 
 
341 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 
339 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.31 
 
 
341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.08 
 
 
337 aa  145  6e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  30.25 
 
 
352 aa  146  6e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.16 
 
 
335 aa  145  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.8 
 
 
341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4466  LacI family transcription regulator  31.27 
 
 
333 aa  145  8.000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.56 
 
 
341 aa  145  9e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05320  transcriptional regulator  34.47 
 
 
371 aa  145  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.63 
 
 
347 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 
340 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.73 
 
 
331 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  33.65 
 
 
330 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  33.65 
 
 
330 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  33.65 
 
 
330 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  30.53 
 
 
323 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  30.53 
 
 
323 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  32.69 
 
 
344 aa  144  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  33.65 
 
 
330 aa  143  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>