More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_4466 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_4466  LacI family transcription regulator  100 
 
 
333 aa  687    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1104  periplasmic sugar binding transcriptional regulator  61.86 
 
 
343 aa  430  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.242225  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0280  transcriptional regulator, LacI family  40.64 
 
 
346 aa  228  1e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.923594  normal  0.0520546 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  39.63 
 
 
342 aa  227  2e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3173  transcriptional regulator, LacI family  40.85 
 
 
342 aa  224  2e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.579609 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1754  transcriptional regulator, LacI family  40.85 
 
 
344 aa  224  2e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000321603 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
336 aa  204  2e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.45 
 
 
333 aa  191  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33 
 
 
335 aa  186  5e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  34.47 
 
 
334 aa  186  5e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  36.04 
 
 
338 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.88 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  33.55 
 
 
332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  33.88 
 
 
332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  33.55 
 
 
332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  34.93 
 
 
333 aa  182  6e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  33.55 
 
 
332 aa  182  6e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  34.43 
 
 
346 aa  182  7e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.55 
 
 
332 aa  182  7e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  33.55 
 
 
332 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  33.55 
 
 
332 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  33.55 
 
 
332 aa  182  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  34.84 
 
 
340 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  33.55 
 
 
332 aa  181  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  34.84 
 
 
340 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  33.22 
 
 
332 aa  181  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  34.06 
 
 
338 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1812  LacI family transcription regulator  33.11 
 
 
331 aa  179  4.999999999999999e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000564911  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  34.84 
 
 
340 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  36.09 
 
 
347 aa  179  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  34.52 
 
 
340 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  33.86 
 
 
333 aa  178  9e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.18 
 
 
353 aa  178  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  35.48 
 
 
342 aa  177  2e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  34.52 
 
 
339 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  36.07 
 
 
330 aa  176  5e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 
342 aa  176  5e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  35.08 
 
 
330 aa  176  6e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.11 
 
 
331 aa  176  6e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  32.92 
 
 
330 aa  176  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  33.33 
 
 
332 aa  175  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  32.68 
 
 
355 aa  176  7e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  33.33 
 
 
332 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  32.92 
 
 
330 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  32.92 
 
 
330 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  32.92 
 
 
330 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 
336 aa  175  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  32.92 
 
 
330 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.76 
 
 
332 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.63 
 
 
341 aa  174  9.999999999999999e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  34.32 
 
 
343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  32.92 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  34.64 
 
 
334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  32.6 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 
337 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  33.02 
 
 
332 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3109  transcriptional regulator, LacI family  34.76 
 
 
337 aa  172  5.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  33.02 
 
 
332 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.84 
 
 
356 aa  172  6.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.25 
 
 
333 aa  172  7.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  32.34 
 
 
334 aa  172  9e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3632  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 
340 aa  171  1e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  35.74 
 
 
346 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  35.6 
 
 
353 aa  171  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  33.33 
 
 
338 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  33.33 
 
 
331 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  32.71 
 
 
332 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.91 
 
 
335 aa  170  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  33.12 
 
 
333 aa  170  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  33.67 
 
 
337 aa  169  5e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.54 
 
 
337 aa  169  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  34.95 
 
 
339 aa  169  6e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  32.8 
 
 
337 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  35.4 
 
 
346 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  34.45 
 
 
342 aa  169  6e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  31.94 
 
 
341 aa  169  8e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  32.89 
 
 
343 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  32.89 
 
 
343 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1767  LacI family transcription regulator  35.88 
 
 
370 aa  168  1e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.255777 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 
348 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  32.89 
 
 
336 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  33.74 
 
 
348 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  33.75 
 
 
329 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 
386 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.74 
 
 
352 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  32.06 
 
 
332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0707  RegM family transcriptional regulator  31.58 
 
 
334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000462743  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30.95 
 
 
336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  32.56 
 
 
343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.91 
 
 
335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  30.82 
 
 
333 aa  166  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  31.92 
 
 
328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  30 
 
 
334 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  32.24 
 
 
331 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  32.89 
 
 
343 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.24 
 
 
335 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  32.43 
 
 
349 aa  165  8e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.13 
 
 
335 aa  165  8e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  32.53 
 
 
353 aa  165  9e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  32.23 
 
 
343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.395057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>