More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1330 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1330  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
369 aa  778    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3114  Rieske (2Fe-2S) region  68.51 
 
 
367 aa  544  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2807  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.84 
 
 
382 aa  197  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3035  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.12 
 
 
382 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.416925 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2646  Rieske (2Fe-2S) region  29.05 
 
 
381 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.484133  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00986  ring hydroxylating dioxygenase alpha-subunit  27.64 
 
 
377 aa  159  6e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06180  ring hydroxylating dioxygenase alpha-subunit  27.64 
 
 
377 aa  159  6e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160226  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0610  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.37 
 
 
381 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233394  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3842  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.98 
 
 
347 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4029  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  36.04 
 
 
427 aa  126  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0979  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.59 
 
 
362 aa  125  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4282  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  33.17 
 
 
399 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0102  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.04 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3880  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.04 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3791  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25 
 
 
362 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.71996  normal  0.360216 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3962  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.04 
 
 
354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0401  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  34.01 
 
 
410 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0142061  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4776  Rieske [2Fe-2S] region  33.5 
 
 
432 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1004  Rieske (2Fe-2S) protein  35.5 
 
 
445 aa  119  7.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3092  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.44 
 
 
354 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.44 
 
 
354 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3458  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.44 
 
 
354 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.28008  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0338  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.17 
 
 
430 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000696422  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2253  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.21 
 
 
406 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.664872  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6197  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha-subunit  32.66 
 
 
429 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71410  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha-subunit  32.66 
 
 
429 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.306543  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0315  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.66 
 
 
430 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.276992  decreased coverage  0.0000264373 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.67 
 
 
430 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5216  Rieske (2Fe-2S) region  32.16 
 
 
430 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168663  normal  0.0108823 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4892  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.66 
 
 
430 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00139713  normal  0.55904 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0336  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.16 
 
 
430 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0008982  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3864  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.83 
 
 
492 aa  113  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0093  putative benzoate 1,2-dioxygenase alpha subunit  26.57 
 
 
363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.353624  normal  0.340117 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0327  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31 
 
 
427 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0146  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  23.6 
 
 
358 aa  110  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2770  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.96 
 
 
398 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0200185  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3962  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.19 
 
 
423 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6764  putative dioxygenase  36.27 
 
 
414 aa  110  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.963222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1917  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.12 
 
 
458 aa  110  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2685  Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase subunit alpha  33.5 
 
 
444 aa  109  8.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.136091 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5352  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  33.81 
 
 
455 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.587151 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4188  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.71 
 
 
429 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0795618 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4882  benzoate 1,2-dioxygenase subunit alpha  31.55 
 
 
464 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179471  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3465  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.48 
 
 
384 aa  107  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4897  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.09 
 
 
410 aa  107  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.71235 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1003  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33 
 
 
423 aa  106  8e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.122707  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3814  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.55 
 
 
430 aa  105  9e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.387965  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13182  dioxygenase  29.52 
 
 
382 aa  105  9e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000395149  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2666  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.84 
 
 
424 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0911716  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4220  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  28.92 
 
 
467 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.993865 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3484  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30 
 
 
469 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3895  ring hydroxylating dioxygenase, Rieske (2Fe-2S) protein  31.07 
 
 
423 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0915  benzoate 1,2-dioxygenase subunit alpha BenA  32.34 
 
 
463 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0890  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  27.07 
 
 
497 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145074  normal  0.391683 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4003  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  25.33 
 
 
383 aa  103  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1761  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.72 
 
 
470 aa  103  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.104126 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4363  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.69 
 
 
487 aa  103  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00000470921  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1267  Rieske (2Fe-2S) region  29.3 
 
 
460 aa  103  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5079  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30 
 
 
448 aa  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.253861 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4403  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31.07 
 
 
465 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2634  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  29.15 
 
 
450 aa  103  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4071  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.41 
 
 
429 aa  102  8e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.177236  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1560  Rieske (2Fe-2S) region  28.62 
 
 
434 aa  102  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2710  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  31.53 
 
 
452 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.109533 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1874  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.51 
 
 
436 aa  102  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3161  benzoate dioxygenase, alpha subunit  31.53 
 
 
452 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.123489  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2554  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.53 
 
 
452 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0538  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.81 
 
 
432 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332131  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0538  Rieske (2Fe-2S) protein  31.39 
 
 
444 aa  102  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1680  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.52 
 
 
447 aa  102  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.801472  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0407  putative Rieske-type ring dioxygenase  30.2 
 
 
387 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523707  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2719  benzoate 1,2-dioxygenase large subunit  32.37 
 
 
455 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.602159  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2105  putative (poly)aromatic ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit (Rieske (2Fe-2S) region)  30.81 
 
 
427 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.5 
 
 
427 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3534  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.24 
 
 
473 aa  101  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0473  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  30.58 
 
 
455 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3619  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29 
 
 
427 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0164916  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1974  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.95 
 
 
467 aa  100  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2112  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.1 
 
 
463 aa  100  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.206436  normal  0.278449 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2368  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  31.34 
 
 
449 aa  100  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32160  anthranilate dioxygenase large subunit  33.17 
 
 
464 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.243379  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2725  anthranilate 1,2-dioxygenase, large subunit  33.17 
 
 
464 aa  100  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.790052  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2688  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  30.85 
 
 
457 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.5 
 
 
427 aa  99.4  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569805  normal  0.872686 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2321  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31.53 
 
 
452 aa  99  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2968  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31.03 
 
 
452 aa  99  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2496  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit/Rieske (2Fe-2S) protein  28.5 
 
 
427 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0124288  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.5 
 
 
427 aa  99.4  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0996141 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.29 
 
 
427 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2725  benzoate 1,2 dioxygenase, alpha subunit  30.58 
 
 
455 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0685  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  28.43 
 
 
484 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0187  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  30.58 
 
 
455 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132533  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1297  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  30.35 
 
 
458 aa  98.6  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1360  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  30.58 
 
 
455 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.409258  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0463  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  27.94 
 
 
484 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.328369  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42190  aromatic ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  28 
 
 
448 aa  98.2  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0579776  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2581  benzoate 1,2 dioxygenase, alpha subunit  30.58 
 
 
455 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0215  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  30.58 
 
 
455 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1556  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  30.58 
 
 
455 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3468  putative iron-sulphur Rieske protein  27.7 
 
 
387 aa  97.4  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.39757 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>