More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0338 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0315  Rieske (2Fe-2S) domain protein  97.21 
 
 
430 aa  863    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.276992  decreased coverage  0.0000264373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0401  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  88.15 
 
 
410 aa  753    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0142061  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4776  Rieske [2Fe-2S] region  89.7 
 
 
432 aa  804    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5216  Rieske (2Fe-2S) region  91.8 
 
 
430 aa  815    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168663  normal  0.0108823 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6197  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha-subunit  85.99 
 
 
429 aa  787    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1004  Rieske (2Fe-2S) protein  67.3 
 
 
445 aa  635    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0336  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  98.14 
 
 
430 aa  895    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0008982  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0338  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
430 aa  910    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000696422  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71410  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha-subunit  86.22 
 
 
429 aa  791    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.306543  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  84.88 
 
 
430 aa  786    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4892  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  97.67 
 
 
430 aa  869    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00139713  normal  0.55904 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4029  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  69.38 
 
 
427 aa  610  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3962  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  64.71 
 
 
423 aa  573  1.0000000000000001e-162  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2666  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  63.75 
 
 
424 aa  570  1e-161  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0911716  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4897  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  48.54 
 
 
410 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.71235 
 
 
-
 
NC_004310  BR1461  Rieske 2Fe-2S family protein  48.4 
 
 
405 aa  405  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1712  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  48.28 
 
 
415 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1416  Rieske 2Fe-2S family protein  48.4 
 
 
405 aa  404  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2832  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  48.18 
 
 
412 aa  404  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000525331  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0597  Rieske (2Fe-2S) domain protein  47.67 
 
 
414 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0052075  normal  0.773983 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3062  iron-sulfur cluster-binding protein, rieske family  46.75 
 
 
416 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.476881  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3219  Rieske (2Fe-2S) region  48.4 
 
 
408 aa  392  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.201195  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0549  Rieske (2Fe-2S) domain protein  47.51 
 
 
414 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.369608  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3978  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  46.57 
 
 
410 aa  391  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229993  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0981  ring hydroxylating dioxygenase alpha-subunit  48.77 
 
 
429 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.978274  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5979  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.15 
 
 
412 aa  387  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.448623 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1189  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  47.1 
 
 
450 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0747  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.72 
 
 
422 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239242  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0483  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.33 
 
 
414 aa  375  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1861  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.96 
 
 
413 aa  375  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.523473  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0835  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.72 
 
 
422 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0478  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.72 
 
 
413 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3553  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.69 
 
 
413 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4815  Rieske (2Fe-2S) region  45.7 
 
 
413 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2115  iron-sulphur Rieske protein  44.72 
 
 
413 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0999  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.72 
 
 
422 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0703  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.72 
 
 
422 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.917605  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1578  iron-sulphur Rieske protein  45.77 
 
 
437 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5070  Rieske (2Fe-2S) domain protein  45.54 
 
 
437 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192805  hitchhiker  0.00646968 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1972  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.72 
 
 
422 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0635134  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02037  putative dioxygenase (alpha subunit) oxidoreductase protein  44.72 
 
 
414 aa  371  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.265627 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3290  Rieske (2Fe-2S) region  44.85 
 
 
413 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.15 
 
 
426 aa  368  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166676  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5078  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.85 
 
 
413 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.27977  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0578  Rieske (2Fe-2S) protein  44.72 
 
 
413 aa  364  1e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4490  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.12 
 
 
413 aa  365  1e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.400487  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5015  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.12 
 
 
413 aa  364  1e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.277088  normal  0.658452 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4057  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.08 
 
 
421 aa  363  2e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.296927  normal  0.131227 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5207  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.61 
 
 
413 aa  364  2e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.114331  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3396  Rieske (2Fe-2S) domain protein  43.77 
 
 
419 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88681  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1003  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  42.28 
 
 
423 aa  350  2e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.122707  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4003  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.2 
 
 
419 aa  348  8e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.11239  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4043  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.95 
 
 
419 aa  348  8e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.839195  normal  0.202366 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3748  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.46 
 
 
419 aa  346  4e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.219388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2476  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  42.29 
 
 
419 aa  341  2e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.75426 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2069  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.29 
 
 
413 aa  332  1e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.76502  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0932  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.29 
 
 
418 aa  327  3e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.556495  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5289  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.91 
 
 
417 aa  326  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.54502  normal  0.0949615 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4845  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.61 
 
 
417 aa  325  7e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0260166 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2853  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  39.61 
 
 
420 aa  323  4e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.24822  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3689  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.51 
 
 
434 aa  307  3e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6857  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.01 
 
 
418 aa  306  7e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3714  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.14 
 
 
434 aa  303  4.0000000000000003e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.162257  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4621  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.53 
 
 
423 aa  223  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.252321  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4010  Rieske (2Fe-2S) protein  34.7 
 
 
376 aa  220  3.9999999999999997e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3312  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.54 
 
 
408 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2461  Rieske (2Fe-2S) region  31.14 
 
 
385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.197522  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2506  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.14 
 
 
385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.601093  normal  0.991153 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3851  Rieske (2Fe-2S) protein  32.14 
 
 
374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0219002 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2498  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.89 
 
 
385 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0242656  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18770  ring-hydroxylating dioxygenase, large terminal subunit  30.39 
 
 
380 aa  183  5.0000000000000004e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.333095 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3044  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.34 
 
 
369 aa  179  9e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000332714 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3082  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.65 
 
 
373 aa  177  3e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.5055 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2893  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  29.61 
 
 
403 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.045966  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0538  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.56 
 
 
432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332131  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1560  Rieske (2Fe-2S) region  25.86 
 
 
434 aa  139  7e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3465  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.52 
 
 
384 aa  137  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3935  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.16 
 
 
385 aa  135  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0946647  normal  0.167315 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0979  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.53 
 
 
362 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3715  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.15 
 
 
455 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3702  Rieske (2Fe-2S) region  27.81 
 
 
455 aa  131  3e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3775  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.81 
 
 
455 aa  131  3e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.37282 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1672  Rieske (2Fe-2S) protein  34.31 
 
 
393 aa  130  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0251995  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4698  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  31 
 
 
377 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.412068  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2062  Rieske 2Fe-2S domain protein  33.99 
 
 
374 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.901443  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1386  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.99 
 
 
374 aa  130  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.373829  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1831  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.99 
 
 
374 aa  130  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.279236 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01772  predicted 2Fe-2S cluster-containing protein  33.99 
 
 
374 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1841  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.99 
 
 
374 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.213142  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2528  Rieske 2Fe-2S domain protein  33.99 
 
 
374 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0428403  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01760  hypothetical protein  33.99 
 
 
374 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2028  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.99 
 
 
374 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.121527  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1890  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.99 
 
 
374 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0159  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.51 
 
 
340 aa  129  9.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1007  putative Rieske-type ring dioxygenase  26.23 
 
 
387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152396  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4188  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.08 
 
 
429 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0795618 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2464  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.39 
 
 
425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.31454  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4738  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  31.05 
 
 
377 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.590157  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0529  Rieske (2Fe-2S) protein  26.65 
 
 
387 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4190  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.43 
 
 
421 aa  127  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>