134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0134 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 372 aa  768    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  77.07 
 
 		 365 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  73.97 
 
 		 368 aa  588  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  73.15 
 
 		 369 aa  587  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  66.21 
 
 		 376 aa  518  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  66.76 
 
 		 368 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  67.03 
 
 		 368 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  66.48 
 
 		 368 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  66.12 
 
 		 369 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  66.48 
 
 		 368 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0174  tRNA 2-selenouridine synthase  66.12 
 
 		 384 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0169  tRNA 2-selenouridine synthase  65.75 
 
 		 369 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  65.3 
 
 		 366 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  65.29 
 
 		 365 aa  503  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  65 
 
 		 367 aa  502  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  60.28 
 
 		 367 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  50.83 
 
 		 366 aa  371  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  49.58 
 
 		 366 aa  365  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  48.75 
 
 		 366 aa  360  3e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  47.5 
 
 		 367 aa  355  8.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  49.44 
 
 		 367 aa  348  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2719  tRNA 2-selenouridine synthase  47.9 
 
 		 372 aa  343  2.9999999999999997e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  47.51 
 
 		 370 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10190  tRNA 2-selenouridine synthase  47.63 
 
 		 370 aa  340  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.320471  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  47.24 
 
 		 370 aa  339  5e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3629  tRNA 2-selenouridine synthase  47.31 
 
 		 369 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43270  tRNA 2-selenouridine synthase  48.26 
 
 		 369 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.829954 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0769  tRNA 2-selenouridine synthase  47.32 
 
 		 372 aa  334  1e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.649423  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  47.75 
 
 		 365 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  46.41 
 
 		 370 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0562  tRNA 2-selenouridine synthase  47.19 
 
 		 364 aa  332  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2454  tRNA 2-selenouridine synthase  49.44 
 
 		 373 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  46.76 
 
 		 364 aa  332  8e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0567  tRNA 2-selenouridine synthase  46.91 
 
 		 364 aa  332  9e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  46.76 
 
 		 361 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.370483 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  46.76 
 
 		 364 aa  331  1e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  46.76 
 
 		 364 aa  331  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0604  tRNA 2-selenouridine synthase  46.76 
 
 		 364 aa  330  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0546  tRNA 2-selenouridine synthase  46.76 
 
 		 364 aa  330  2e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0560  tRNA 2-selenouridine synthase  46.63 
 
 		 364 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.556907  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  47.52 
 
 		 365 aa  330  3e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0621  tRNA 2-selenouridine synthase  46.91 
 
 		 364 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.545594  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00453  tRNA 2-selenouridine synthase, selenophosphate-dependent  46.76 
 
 		 364 aa  330  4e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3109  tRNA 2-selenouridine synthase  46.76 
 
 		 364 aa  330  4e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00458  hypothetical protein  46.76 
 
 		 364 aa  330  4e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  46.2 
 
 		 364 aa  325  9e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0975  tRNA 2-selenouridine synthase  46.18 
 
 		 356 aa  322  9.999999999999999e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.432685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1622  tRNA 2-selenouridine synthase  45.64 
 
 		 365 aa  305  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  40.22 
 
 		 364 aa  303  4.0000000000000003e-81  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  40.7 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2396  tRNA 2-selenouridine synthase  42.82 
 
 		 370 aa  298  1e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  44.84 
 
 		 361 aa  290  4e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  35.84 
 
 		 344 aa  162  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  35.8 
 
 		 347 aa  162  1e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  33.63 
 
 		 353 aa  159  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  33.6 
 
 		 338 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  35.22 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  32.2 
 
 		 346 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  38.06 
 
 		 358 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  34.67 
 
 		 346 aa  155  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  34.35 
 
 		 344 aa  153  4e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  31.88 
 
 		 335 aa  152  5.9999999999999996e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  33.82 
 
 		 346 aa  152  7e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  33.82 
 
 		 346 aa  151  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  32.1 
 
 		 375 aa  150  5e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  32.02 
 
 		 345 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  32.95 
 
 		 366 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  34.66 
 
 		 347 aa  147  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  32.73 
 
 		 349 aa  146  5e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  31.61 
 
 		 344 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  32.01 
 
 		 354 aa  142  7e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  31.12 
 
 		 347 aa  139  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  32.66 
 
 		 346 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  32.45 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  30.88 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  30.91 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  30.26 
 
 		 347 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  34.52 
 
 		 353 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  30.03 
 
 		 350 aa  133  5e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  30.91 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  30 
 
 		 358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  30.98 
 
 		 350 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  35.59 
 
 		 350 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  29.11 
 
 		 346 aa  129  9.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  35.51 
 
 		 359 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  30.28 
 
 		 365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  35.14 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  29.72 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  31.08 
 
 		 356 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  35.51 
 
 		 359 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  35.51 
 
 		 359 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  32.71 
 
 		 342 aa  127  5e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  35.51 
 
 		 359 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  38.36 
 
 		 365 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  28.24 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  28.7 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  32.64 
 
 		 327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  33.06 
 
 		 373 aa  120  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  26.21 
 
 		 350 aa  119  7.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  30.34 
 
 		 375 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>