134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4342 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  82.61 
 
 		 368 aa  654    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 369 aa  766    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  73.15 
 
 		 372 aa  587  1e-166  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  71.78 
 
 		 365 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  70.03 
 
 		 369 aa  550  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  68.75 
 
 		 368 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  67.93 
 
 		 368 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  67.66 
 
 		 368 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  66.12 
 
 		 376 aa  535  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  67.12 
 
 		 368 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0169  tRNA 2-selenouridine synthase  64.67 
 
 		 369 aa  519  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0174  tRNA 2-selenouridine synthase  64.93 
 
 		 384 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  65.21 
 
 		 365 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  64.19 
 
 		 366 aa  510  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  64.92 
 
 		 367 aa  501  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  59.34 
 
 		 367 aa  472  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  49.58 
 
 		 366 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  49.17 
 
 		 366 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  49.3 
 
 		 367 aa  369  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  49.44 
 
 		 366 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10190  tRNA 2-selenouridine synthase  47.21 
 
 		 370 aa  352  4e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.320471  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  48.45 
 
 		 370 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  48.45 
 
 		 370 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  48.04 
 
 		 367 aa  349  6e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  48.17 
 
 		 370 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  47.89 
 
 		 365 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43270  tRNA 2-selenouridine synthase  47.59 
 
 		 369 aa  345  7e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.829954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3629  tRNA 2-selenouridine synthase  47.31 
 
 		 369 aa  345  8e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2454  tRNA 2-selenouridine synthase  49.3 
 
 		 373 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0562  tRNA 2-selenouridine synthase  48.73 
 
 		 364 aa  342  7e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  48.17 
 
 		 361 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.370483 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0567  tRNA 2-selenouridine synthase  48.44 
 
 		 364 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0560  tRNA 2-selenouridine synthase  48.16 
 
 		 364 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.556907  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2719  tRNA 2-selenouridine synthase  46.07 
 
 		 372 aa  340  2.9999999999999998e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422567 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0621  tRNA 2-selenouridine synthase  48.44 
 
 		 364 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.545594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  46.88 
 
 		 365 aa  335  7.999999999999999e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0975  tRNA 2-selenouridine synthase  46.31 
 
 		 356 aa  333  2e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.432685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  46.18 
 
 		 364 aa  332  9e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0769  tRNA 2-selenouridine synthase  46.89 
 
 		 372 aa  331  1e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.649423  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  46.18 
 
 		 364 aa  330  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  46.18 
 
 		 364 aa  330  2e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0604  tRNA 2-selenouridine synthase  46.18 
 
 		 364 aa  329  4e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0546  tRNA 2-selenouridine synthase  46.18 
 
 		 364 aa  329  4e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00453  tRNA 2-selenouridine synthase, selenophosphate-dependent  46.18 
 
 		 364 aa  328  8e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3109  tRNA 2-selenouridine synthase  46.18 
 
 		 364 aa  328  8e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00458  hypothetical protein  46.18 
 
 		 364 aa  328  8e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  45.89 
 
 		 364 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  44.32 
 
 		 364 aa  314  9.999999999999999e-85  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1622  tRNA 2-selenouridine synthase  42.33 
 
 		 365 aa  305  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2396  tRNA 2-selenouridine synthase  41.55 
 
 		 370 aa  302  5.000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  41.08 
 
 		 374 aa  300  3e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  41.69 
 
 		 361 aa  289  6e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  33.63 
 
 		 347 aa  166  5e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  33.73 
 
 		 347 aa  159  8e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  37.46 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  32.65 
 
 		 358 aa  156  5.0000000000000005e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  31.49 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  30.87 
 
 		 345 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  32.01 
 
 		 346 aa  152  8e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  31.4 
 
 		 375 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  33.43 
 
 		 366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  32.63 
 
 		 353 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  31.88 
 
 		 346 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  32.74 
 
 		 344 aa  146  5e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  30.95 
 
 		 350 aa  146  7.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  30.77 
 
 		 344 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  30.66 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  32.14 
 
 		 346 aa  143  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  32.21 
 
 		 346 aa  142  7e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  33.03 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  30.61 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  30.75 
 
 		 338 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  31.58 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  33.98 
 
 		 371 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  32.04 
 
 		 346 aa  139  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  31.76 
 
 		 353 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  31.45 
 
 		 346 aa  136  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  30.14 
 
 		 354 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  34.22 
 
 		 350 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  29.36 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  29.62 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  30.4 
 
 		 349 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  29.51 
 
 		 346 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  30.93 
 
 		 356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  34.22 
 
 		 350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  35.77 
 
 		 353 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14782  predicted protein  31.07 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.597893 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  33.47 
 
 		 356 aa  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  30.18 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  33.47 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  29.22 
 
 		 358 aa  124  3e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  31.84 
 
 		 373 aa  123  5e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  34.52 
 
 		 359 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  34.52 
 
 		 359 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  34.52 
 
 		 359 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  31.84 
 
 		 349 aa  122  9e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  27.95 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 359 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  34.01 
 
 		 365 aa  120  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  28.13 
 
 		 352 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>