158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2384 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 345 aa  704    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  77.94 
 
 		 344 aa  555  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  72.35 
 
 		 353 aa  525  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  69.97 
 
 		 346 aa  496  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  68.45 
 
 		 346 aa  489  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  63.28 
 
 		 338 aa  448  1e-125  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  61.61 
 
 		 349 aa  430  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  42.61 
 
 		 358 aa  252  6e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  37.9 
 
 		 354 aa  230  3e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  36.98 
 
 		 375 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  41.14 
 
 		 356 aa  217  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  41.38 
 
 		 344 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  40.59 
 
 		 350 aa  215  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  40.88 
 
 		 353 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  39.93 
 
 		 344 aa  211  1e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  37.09 
 
 		 353 aa  205  8e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  35.67 
 
 		 356 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  35.33 
 
 		 356 aa  203  4e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  38.26 
 
 		 358 aa  203  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  37.99 
 
 		 346 aa  202  7e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  39.61 
 
 		 366 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  39.86 
 
 		 335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  40 
 
 		 359 aa  199  6e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  40.47 
 
 		 347 aa  199  7.999999999999999e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  39.67 
 
 		 359 aa  198  9e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  39.67 
 
 		 359 aa  198  9e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  43.8 
 
 		 365 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  39.87 
 
 		 355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  39.33 
 
 		 359 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  38.25 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  39.26 
 
 		 346 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  38.46 
 
 		 371 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  41.57 
 
 		 358 aa  193  4e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  37.91 
 
 		 355 aa  193  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  38.05 
 
 		 373 aa  192  7e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  38.51 
 
 		 377 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  39.46 
 
 		 349 aa  192  9e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  36.39 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  37.69 
 
 		 353 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  36.18 
 
 		 353 aa  190  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  34.68 
 
 		 342 aa  190  4e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  35.69 
 
 		 353 aa  189  5e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  38.8 
 
 		 350 aa  189  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  34.84 
 
 		 348 aa  188  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  38.13 
 
 		 350 aa  186  5e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  43.3 
 
 		 359 aa  186  5e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  37.66 
 
 		 375 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  36.96 
 
 		 375 aa  186  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  35.84 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  38.98 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  35.95 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  38.13 
 
 		 347 aa  184  3e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  37.34 
 
 		 375 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  37.34 
 
 		 375 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  36.16 
 
 		 375 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  35.55 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  34.65 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  35.53 
 
 		 375 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  33.03 
 
 		 346 aa  179  4.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  33.54 
 
 		 350 aa  176  4e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  34.67 
 
 		 352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  35.41 
 
 		 353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  35 
 
 		 350 aa  173  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  35.41 
 
 		 347 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  32.89 
 
 		 346 aa  173  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  34.55 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  32.7 
 
 		 368 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  29.97 
 
 		 347 aa  166  6.9999999999999995e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  34.26 
 
 		 332 aa  166  6.9999999999999995e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  34.44 
 
 		 366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  33.23 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  33.95 
 
 		 332 aa  164  3e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  32.61 
 
 		 368 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  32.43 
 
 		 368 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  33.43 
 
 		 366 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  32.61 
 
 		 368 aa  162  7e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  38.96 
 
 		 352 aa  162  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  34.34 
 
 		 365 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2454  tRNA 2-selenouridine synthase  32.07 
 
 		 373 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  36.63 
 
 		 342 aa  160  3e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  32.43 
 
 		 365 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  35.02 
 
 		 336 aa  159  5e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  34.42 
 
 		 366 aa  159  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 327 aa  159  8e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  33.79 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  32.26 
 
 		 370 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  31.78 
 
 		 369 aa  158  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  32.24 
 
 		 350 aa  157  4e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  32.35 
 
 		 370 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  32.52 
 
 		 370 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  31.27 
 
 		 376 aa  153  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  34.01 
 
 		 367 aa  153  5e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  30.87 
 
 		 369 aa  153  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10190  tRNA 2-selenouridine synthase  32.38 
 
 		 370 aa  152  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.320471  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2199  2-selenouridine synthase  38.21 
 
 		 281 aa  152  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  30.65 
 
 		 368 aa  151  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  29.83 
 
 		 366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  32.02 
 
 		 372 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  30.33 
 
 		 365 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43270  tRNA 2-selenouridine synthase  31.54 
 
 		 369 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.829954 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>