139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1023 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 374 aa  786    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  46.96 
 
 		 364 aa  348  9e-95  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  47.37 
 
 		 367 aa  348  9e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  42.23 
 
 		 366 aa  323  3e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  42.08 
 
 		 369 aa  311  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  43.25 
 
 		 367 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  42.15 
 
 		 368 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  44.51 
 
 		 366 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  42.19 
 
 		 368 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  44.14 
 
 		 366 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  41.48 
 
 		 376 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  44.78 
 
 		 366 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  44.14 
 
 		 370 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  44.14 
 
 		 370 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  42.19 
 
 		 365 aa  301  1e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  41.6 
 
 		 368 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  44.69 
 
 		 370 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  41.08 
 
 		 369 aa  300  3e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0169  tRNA 2-selenouridine synthase  41.92 
 
 		 369 aa  299  6e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2719  tRNA 2-selenouridine synthase  42.18 
 
 		 372 aa  299  6e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422567 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43270  tRNA 2-selenouridine synthase  43.49 
 
 		 369 aa  298  8e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.829954 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0174  tRNA 2-selenouridine synthase  42.22 
 
 		 384 aa  298  9e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  41.05 
 
 		 368 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  40.7 
 
 		 372 aa  298  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3629  tRNA 2-selenouridine synthase  44.04 
 
 		 369 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  40.72 
 
 		 367 aa  297  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10190  tRNA 2-selenouridine synthase  44.35 
 
 		 370 aa  296  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.320471  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  40.9 
 
 		 368 aa  296  5e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  43.53 
 
 		 365 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  41.69 
 
 		 365 aa  293  2e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2454  tRNA 2-selenouridine synthase  43.25 
 
 		 373 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  43.65 
 
 		 367 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0769  tRNA 2-selenouridine synthase  42.5 
 
 		 372 aa  285  7e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.649423  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  38.74 
 
 		 365 aa  273  3e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  39.66 
 
 		 361 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2396  tRNA 2-selenouridine synthase  39.02 
 
 		 370 aa  265  7e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1622  tRNA 2-selenouridine synthase  40.28 
 
 		 365 aa  259  7e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  39.28 
 
 		 364 aa  259  7e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0562  tRNA 2-selenouridine synthase  38.63 
 
 		 364 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0604  tRNA 2-selenouridine synthase  38.95 
 
 		 364 aa  257  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  38.95 
 
 		 364 aa  257  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  38.95 
 
 		 364 aa  257  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0567  tRNA 2-selenouridine synthase  38.36 
 
 		 364 aa  256  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  39 
 
 		 364 aa  256  4e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  38.67 
 
 		 361 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.370483 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0621  tRNA 2-selenouridine synthase  38.36 
 
 		 364 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.545594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0546  tRNA 2-selenouridine synthase  39 
 
 		 364 aa  256  5e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0560  tRNA 2-selenouridine synthase  38.42 
 
 		 364 aa  256  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.556907  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00453  tRNA 2-selenouridine synthase, selenophosphate-dependent  38.72 
 
 		 364 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3109  tRNA 2-selenouridine synthase  38.72 
 
 		 364 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00458  hypothetical protein  38.72 
 
 		 364 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0975  tRNA 2-selenouridine synthase  39.28 
 
 		 356 aa  253  3e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.432685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  35.61 
 
 		 347 aa  176  4e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  35.84 
 
 		 339 aa  172  7.999999999999999e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 366 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  36.61 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  35.06 
 
 		 346 aa  169  8e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  33.95 
 
 		 375 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  34.9 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  35.94 
 
 		 347 aa  166  8e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  32.21 
 
 		 350 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  31.25 
 
 		 350 aa  158  2e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  32.65 
 
 		 346 aa  155  9e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  32.36 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  37.75 
 
 		 346 aa  152  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  32.58 
 
 		 377 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  38.21 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  31.69 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  32.62 
 
 		 375 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  31.79 
 
 		 354 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  34.34 
 
 		 344 aa  147  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  33.23 
 
 		 338 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  32.01 
 
 		 375 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  34.02 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  31.69 
 
 		 344 aa  143  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  28.48 
 
 		 342 aa  143  5e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  32.01 
 
 		 358 aa  142  7e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  35.94 
 
 		 375 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  31.79 
 
 		 358 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  35.55 
 
 		 375 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  35.55 
 
 		 375 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  35.66 
 
 		 355 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  34.58 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  35.82 
 
 		 355 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  30 
 
 		 353 aa  137  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  35.16 
 
 		 375 aa  137  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  31.12 
 
 		 345 aa  136  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  31.71 
 
 		 344 aa  135  9.999999999999999e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  31.1 
 
 		 359 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  34.43 
 
 		 359 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  33.64 
 
 		 346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  30.25 
 
 		 366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  30.72 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  34.07 
 
 		 359 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  34.07 
 
 		 359 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  32.65 
 
 		 349 aa  133  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  30.5 
 
 		 353 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  29.13 
 
 		 353 aa  130  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  30.21 
 
 		 332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  29.05 
 
 		 327 aa  129  6e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>