141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3859 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 353 aa  719    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  66.28 
 
 		 356 aa  469  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  65 
 
 		 356 aa  461  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  63.53 
 
 		 349 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  63.24 
 
 		 373 aa  442  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  56.16 
 
 		 350 aa  376  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  51.28 
 
 		 353 aa  358  6e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  54.72 
 
 		 359 aa  344  1e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  49.86 
 
 		 375 aa  343  4e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  54.75 
 
 		 359 aa  342  4e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  50.14 
 
 		 375 aa  342  4e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  54.75 
 
 		 359 aa  342  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  54.75 
 
 		 359 aa  342  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  53.75 
 
 		 366 aa  342  8e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  53.5 
 
 		 355 aa  338  9e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  52.55 
 
 		 355 aa  334  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  49.14 
 
 		 377 aa  333  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  50.62 
 
 		 375 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2199  2-selenouridine synthase  60.07 
 
 		 281 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  50.62 
 
 		 375 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  50 
 
 		 346 aa  326  3e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  50.31 
 
 		 375 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  50.31 
 
 		 375 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  46.08 
 
 		 358 aa  321  9.999999999999999e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  49.11 
 
 		 359 aa  308  6.999999999999999e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  45.35 
 
 		 365 aa  305  8.000000000000001e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  44.44 
 
 		 352 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  47.2 
 
 		 371 aa  291  8e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  44.88 
 
 		 353 aa  288  7e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  41.87 
 
 		 352 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  41.49 
 
 		 353 aa  281  1e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  47.04 
 
 		 350 aa  276  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  46.45 
 
 		 350 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  44.01 
 
 		 348 aa  270  4e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  47.84 
 
 		 353 aa  260  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  47.92 
 
 		 365 aa  251  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  42.22 
 
 		 347 aa  250  3e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  39.35 
 
 		 353 aa  239  6.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  40.88 
 
 		 345 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  38.46 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  41.39 
 
 		 344 aa  199  7e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  38.93 
 
 		 353 aa  197  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  36.92 
 
 		 346 aa  193  4e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  38.59 
 
 		 346 aa  192  8e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  37.92 
 
 		 338 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  38.64 
 
 		 358 aa  189  4e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  33.12 
 
 		 356 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  32.8 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  37.67 
 
 		 349 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  35.45 
 
 		 354 aa  179  8e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  38.87 
 
 		 344 aa  178  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  38.1 
 
 		 335 aa  176  4e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  36.96 
 
 		 339 aa  176  7e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  39.55 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  35.15 
 
 		 344 aa  173  3.9999999999999995e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  32.47 
 
 		 336 aa  169  6e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  36.95 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  35.06 
 
 		 358 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  36.22 
 
 		 346 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  33.9 
 
 		 375 aa  159  9e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  31.6 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  36.22 
 
 		 346 aa  159  1e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  32.6 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  34.14 
 
 		 365 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  31.45 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  39.27 
 
 		 347 aa  155  8e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  37.8 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  34.69 
 
 		 347 aa  153  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  35.92 
 
 		 346 aa  154  2.9999999999999998e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  28.45 
 
 		 350 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  34.53 
 
 		 367 aa  149  6e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  33.44 
 
 		 367 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  33.46 
 
 		 350 aa  147  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  34.82 
 
 		 366 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  32.02 
 
 		 367 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2719  tRNA 2-selenouridine synthase  38.87 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422567 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  32.72 
 
 		 365 aa  143  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  31.53 
 
 		 368 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  33.03 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  36.59 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  34.87 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  33.89 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  34.22 
 
 		 366 aa  139  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  32.62 
 
 		 365 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0769  tRNA 2-selenouridine synthase  33.54 
 
 		 372 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.649423  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2396  tRNA 2-selenouridine synthase  36.14 
 
 		 370 aa  138  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  32.38 
 
 		 364 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  31.76 
 
 		 369 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  33.05 
 
 		 334 aa  135  7.000000000000001e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  35.22 
 
 		 370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  33.87 
 
 		 376 aa  134  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  33.47 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  34.52 
 
 		 372 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  32.32 
 
 		 370 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  32.32 
 
 		 370 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  29.79 
 
 		 365 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  35.63 
 
 		 367 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00453  tRNA 2-selenouridine synthase, selenophosphate-dependent  34.64 
 
 		 364 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  34.21 
 
 		 364 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  34.21 
 
 		 364 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>