166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3301 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 353 aa  719    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  72.35 
 
 		 345 aa  525  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  70.38 
 
 		 344 aa  509  1e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  67.56 
 
 		 346 aa  472  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  67.16 
 
 		 346 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  59.52 
 
 		 349 aa  431  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  58.58 
 
 		 338 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  40.73 
 
 		 358 aa  224  2e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  39.87 
 
 		 354 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  35.28 
 
 		 375 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  42.52 
 
 		 344 aa  215  8e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  35.09 
 
 		 356 aa  207  3e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  40 
 
 		 344 aa  206  4e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  34.8 
 
 		 356 aa  205  9e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  37.25 
 
 		 350 aa  203  5e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  36.39 
 
 		 356 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  36.42 
 
 		 346 aa  199  5e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  38.93 
 
 		 353 aa  197  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  35.81 
 
 		 353 aa  194  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  38.18 
 
 		 335 aa  190  4e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  34.22 
 
 		 358 aa  187  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  36.96 
 
 		 355 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  43.8 
 
 		 365 aa  186  6e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  36.36 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  36.79 
 
 		 371 aa  184  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  34.24 
 
 		 342 aa  184  3e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  36.04 
 
 		 366 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  36.33 
 
 		 339 aa  183  4.0000000000000006e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  35.35 
 
 		 347 aa  182  6e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  36.36 
 
 		 348 aa  182  6e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  35.62 
 
 		 355 aa  182  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  35.02 
 
 		 347 aa  182  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  37.62 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  33.44 
 
 		 346 aa  179  4.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  42.45 
 
 		 358 aa  179  8e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  40.54 
 
 		 359 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  37.3 
 
 		 353 aa  178  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  40.54 
 
 		 359 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  37.12 
 
 		 350 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  40.15 
 
 		 359 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  35.97 
 
 		 377 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  33.11 
 
 		 346 aa  176  5e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  36.79 
 
 		 350 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  36.07 
 
 		 346 aa  176  8e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  35.91 
 
 		 356 aa  175  9e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  33.99 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  35.67 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  32.7 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  36.75 
 
 		 373 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  34.77 
 
 		 375 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  35.97 
 
 		 353 aa  172  5e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  35.83 
 
 		 375 aa  173  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  36.42 
 
 		 349 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  34.69 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  35.33 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  35.33 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  33.77 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  35.18 
 
 		 375 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  34.31 
 
 		 350 aa  169  6e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 350 aa  169  7e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  34 
 
 		 350 aa  168  1e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  41.52 
 
 		 359 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  44.24 
 
 		 365 aa  164  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  34.98 
 
 		 295 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  32.08 
 
 		 368 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  33.23 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  33.63 
 
 		 372 aa  159  6e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  33.87 
 
 		 369 aa  159  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 352 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  31.79 
 
 		 368 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  33.73 
 
 		 342 aa  159  1e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  31.74 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  32.94 
 
 		 368 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  32.34 
 
 		 368 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  34.6 
 
 		 366 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  33.12 
 
 		 365 aa  156  7e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  31.4 
 
 		 368 aa  155  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  32.2 
 
 		 376 aa  155  9e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  33.54 
 
 		 334 aa  155  9e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  32.21 
 
 		 353 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  34.59 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  34.28 
 
 		 332 aa  152  7e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  31.46 
 
 		 366 aa  152  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  31 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  33.14 
 
 		 364 aa  151  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  38.21 
 
 		 374 aa  151  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  33 
 
 		 366 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  32.15 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  33.14 
 
 		 364 aa  150  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  37.6 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  30.25 
 
 		 365 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  32.86 
 
 		 364 aa  150  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  32.86 
 
 		 364 aa  150  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0174  tRNA 2-selenouridine synthase  32.51 
 
 		 384 aa  149  7e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0169  tRNA 2-selenouridine synthase  31.56 
 
 		 369 aa  149  7e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  30.66 
 
 		 370 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  32.63 
 
 		 369 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0546  tRNA 2-selenouridine synthase  33.64 
 
 		 364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43270  tRNA 2-selenouridine synthase  32.61 
 
 		 369 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.829954 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0604  tRNA 2-selenouridine synthase  32.57 
 
 		 364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>