139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1488 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  85.87 
 
 		 375 aa  649    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  86.4 
 
 		 375 aa  674    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 375 aa  771    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  86.4 
 
 		 375 aa  674    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  98.4 
 
 		 375 aa  758    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  86.4 
 
 		 375 aa  674    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  88.64 
 
 		 377 aa  647    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  70.35 
 
 		 355 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  68.47 
 
 		 355 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  65.33 
 
 		 359 aa  474  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  65.51 
 
 		 359 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  65.22 
 
 		 359 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  65.51 
 
 		 359 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  66.67 
 
 		 366 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  53.46 
 
 		 350 aa  351  1e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  52.89 
 
 		 346 aa  350  3e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  52.79 
 
 		 353 aa  344  1e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  49.86 
 
 		 353 aa  343  4e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  52.27 
 
 		 356 aa  339  4e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  53.49 
 
 		 349 aa  331  1e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  51.95 
 
 		 373 aa  329  4e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  48.84 
 
 		 365 aa  322  7e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  47.45 
 
 		 358 aa  315  6e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  50.16 
 
 		 356 aa  315  6e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  51.83 
 
 		 359 aa  310  2e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  48.55 
 
 		 352 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  45.37 
 
 		 352 aa  290  4e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  49.68 
 
 		 348 aa  286  4e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  44.34 
 
 		 353 aa  277  2e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  46.2 
 
 		 371 aa  278  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  48.85 
 
 		 353 aa  276  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  50.17 
 
 		 353 aa  271  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  47.49 
 
 		 350 aa  270  4e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  47.16 
 
 		 350 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  44.14 
 
 		 347 aa  267  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  42.95 
 
 		 353 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2199  2-selenouridine synthase  50 
 
 		 281 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  44.12 
 
 		 365 aa  236  4e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  41.22 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  38.14 
 
 		 339 aa  183  3e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  35.29 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  35.53 
 
 		 345 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  36.58 
 
 		 375 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  35.78 
 
 		 358 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  39.51 
 
 		 358 aa  179  8e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  35.29 
 
 		 346 aa  178  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  36.42 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  35.9 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  38.15 
 
 		 344 aa  172  6.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  36.45 
 
 		 338 aa  172  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  37.25 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  35.18 
 
 		 353 aa  170  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  33.55 
 
 		 354 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  35.76 
 
 		 335 aa  167  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  41.98 
 
 		 342 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  33.77 
 
 		 336 aa  162  9e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  31.8 
 
 		 356 aa  161  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  32.11 
 
 		 356 aa  161  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  36.3 
 
 		 344 aa  160  3e-38  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  31.61 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  35.91 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  36.14 
 
 		 350 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  32.8 
 
 		 346 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  34.94 
 
 		 350 aa  150  4e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  34.2 
 
 		 347 aa  148  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  32.4 
 
 		 346 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  31.75 
 
 		 347 aa  146  7.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  32.01 
 
 		 374 aa  145  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  36.2 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  36.84 
 
 		 347 aa  143  4e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  33.47 
 
 		 347 aa  143  5e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  30.52 
 
 		 332 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  30.19 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  30.52 
 
 		 332 aa  139  7.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  31.55 
 
 		 366 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  28.85 
 
 		 327 aa  137  4e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  27.45 
 
 		 364 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  30.56 
 
 		 366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  29.75 
 
 		 367 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  34.52 
 
 		 367 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  31.7 
 
 		 350 aa  127  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  31.88 
 
 		 367 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  31.64 
 
 		 366 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  30.09 
 
 		 366 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  30.17 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  32.65 
 
 		 369 aa  124  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  28.77 
 
 		 376 aa  123  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  29.43 
 
 		 366 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  30.34 
 
 		 365 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  31.7 
 
 		 368 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0769  tRNA 2-selenouridine synthase  30.48 
 
 		 372 aa  119  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.649423  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  30.94 
 
 		 368 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  31.32 
 
 		 368 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  28.37 
 
 		 370 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  29.53 
 
 		 364 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  34.02 
 
 		 361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43270  tRNA 2-selenouridine synthase  30.29 
 
 		 369 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.829954 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0604  tRNA 2-selenouridine synthase  29.41 
 
 		 364 aa  117  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  30.03 
 
 		 372 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3629  tRNA 2-selenouridine synthase  30.57 
 
 		 369 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>