142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2084 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 359 aa  731    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  54.86 
 
 		 352 aa  389  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  52.57 
 
 		 352 aa  373  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  52.86 
 
 		 353 aa  353  2e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  51.47 
 
 		 346 aa  345  7e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  53.11 
 
 		 359 aa  338  8e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  52.17 
 
 		 359 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  52.17 
 
 		 359 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  51.86 
 
 		 359 aa  332  9e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  51.35 
 
 		 349 aa  330  2e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  51.35 
 
 		 373 aa  329  4e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  49.7 
 
 		 366 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  50.75 
 
 		 356 aa  322  5e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  51.75 
 
 		 355 aa  315  8e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  49.7 
 
 		 356 aa  315  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  51.96 
 
 		 375 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  46.76 
 
 		 350 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  50.79 
 
 		 355 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  46.02 
 
 		 365 aa  313  3.9999999999999997e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  43.77 
 
 		 358 aa  311  1e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  51.83 
 
 		 375 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  49.11 
 
 		 353 aa  308  8e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  45.32 
 
 		 353 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  48.12 
 
 		 375 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  47.83 
 
 		 375 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  47.83 
 
 		 375 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  51.16 
 
 		 377 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  50.5 
 
 		 375 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  45.78 
 
 		 347 aa  267  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  43.4 
 
 		 353 aa  259  6e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  41.06 
 
 		 353 aa  252  7e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  45.76 
 
 		 353 aa  244  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  45.33 
 
 		 371 aa  242  9e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  44.11 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  44.77 
 
 		 350 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  44.67 
 
 		 350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  42.3 
 
 		 348 aa  225  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2199  2-selenouridine synthase  45.29 
 
 		 281 aa  224  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  43.52 
 
 		 365 aa  223  4.9999999999999996e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  35.14 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  37.79 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  43.3 
 
 		 345 aa  186  5e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  34.69 
 
 		 358 aa  185  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  34.82 
 
 		 356 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  35.65 
 
 		 338 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  34.52 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  33.93 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  41.74 
 
 		 344 aa  176  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  39.46 
 
 		 335 aa  176  8e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  36.36 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  41.98 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  34.21 
 
 		 346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  34.13 
 
 		 344 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  34.12 
 
 		 342 aa  169  8e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  41.52 
 
 		 353 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  34.84 
 
 		 344 aa  167  2e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  36.67 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  33.96 
 
 		 336 aa  167  2e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  33.87 
 
 		 354 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  33.2 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  38.12 
 
 		 334 aa  162  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  38.57 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  32.81 
 
 		 346 aa  159  9e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  37.22 
 
 		 332 aa  157  4e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  34.75 
 
 		 347 aa  155  8e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  34.1 
 
 		 335 aa  155  1e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  30.62 
 
 		 347 aa  153  5.9999999999999996e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  30.27 
 
 		 350 aa  149  5e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  33.67 
 
 		 358 aa  149  6e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  32.52 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  34.68 
 
 		 350 aa  145  9e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  36.25 
 
 		 347 aa  145  1e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  32.79 
 
 		 375 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 347 aa  142  8e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  31.4 
 
 		 350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 374 aa  129  8.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  35.37 
 
 		 367 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  34.48 
 
 		 366 aa  126  5e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  34.69 
 
 		 367 aa  126  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14782  predicted protein  37.3 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.597893 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  35.1 
 
 		 370 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  31.27 
 
 		 369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0604  tRNA 2-selenouridine synthase  35.97 
 
 		 364 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  35.97 
 
 		 364 aa  120  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  35.97 
 
 		 364 aa  120  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0546  tRNA 2-selenouridine synthase  35.97 
 
 		 364 aa  120  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00453  tRNA 2-selenouridine synthase, selenophosphate-dependent  35.97 
 
 		 364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3109  tRNA 2-selenouridine synthase  35.97 
 
 		 364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  35.61 
 
 		 364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00458  hypothetical protein  35.97 
 
 		 364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  29.11 
 
 		 368 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  35.61 
 
 		 364 aa  119  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  29.39 
 
 		 368 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  31.56 
 
 		 376 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  29.8 
 
 		 364 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  31.58 
 
 		 366 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  29.11 
 
 		 368 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  33.06 
 
 		 365 aa  116  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  32.33 
 
 		 365 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  36.59 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>