143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2383 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 346 aa  695    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  46.06 
 
 		 358 aa  296  4e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  46.52 
 
 		 344 aa  281  8.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  44.18 
 
 		 344 aa  269  5.9999999999999995e-71  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  44.33 
 
 		 339 aa  261  1e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  45.21 
 
 		 335 aa  258  1e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  42.39 
 
 		 347 aa  235  1.0000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  40.69 
 
 		 347 aa  232  9e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  37.9 
 
 		 346 aa  230  2e-59  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  39.87 
 
 		 366 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  41.53 
 
 		 338 aa  223  3e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  35.74 
 
 		 350 aa  216  2.9999999999999998e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  35.08 
 
 		 350 aa  216  2.9999999999999998e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  39.07 
 
 		 347 aa  213  2.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  33.55 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  33.55 
 
 		 346 aa  202  7e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  37.99 
 
 		 345 aa  202  8e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  36.42 
 
 		 353 aa  199  5e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  39.93 
 
 		 353 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  32.88 
 
 		 342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  31.8 
 
 		 347 aa  196  3e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  39.2 
 
 		 349 aa  192  8e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  31.83 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  36.71 
 
 		 358 aa  191  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  34.1 
 
 		 375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  38.44 
 
 		 346 aa  190  4e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  36.92 
 
 		 346 aa  190  4e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  36.97 
 
 		 344 aa  189  5e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  35.69 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  37.79 
 
 		 359 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  36.31 
 
 		 346 aa  187  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  35.35 
 
 		 356 aa  186  5e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  34.2 
 
 		 354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  34.82 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  35.37 
 
 		 353 aa  177  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  37.37 
 
 		 352 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  34.14 
 
 		 358 aa  177  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  38.46 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  39.55 
 
 		 353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  38.26 
 
 		 348 aa  173  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14782  predicted protein  38.46 
 
 		 342 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.597893 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  37.7 
 
 		 356 aa  172  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  36.98 
 
 		 371 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  33.82 
 
 		 365 aa  172  1e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  36.48 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  35.37 
 
 		 353 aa  170  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  38.71 
 
 		 350 aa  170  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  38.06 
 
 		 359 aa  169  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  33.53 
 
 		 356 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  36.05 
 
 		 352 aa  168  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  34.9 
 
 		 374 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  37.16 
 
 		 353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  37.83 
 
 		 350 aa  167  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  35.76 
 
 		 359 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  35.76 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  35.76 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  32.71 
 
 		 335 aa  165  9e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  35.33 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  37.04 
 
 		 375 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  34.27 
 
 		 367 aa  163  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  34.81 
 
 		 355 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  34.94 
 
 		 361 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  35 
 
 		 373 aa  163  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  37.99 
 
 		 353 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  34.43 
 
 		 336 aa  162  6e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  35.69 
 
 		 375 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  37.33 
 
 		 355 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  36.03 
 
 		 375 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  36.03 
 
 		 375 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  39.41 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  33.03 
 
 		 369 aa  157  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  32.56 
 
 		 366 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  33.24 
 
 		 370 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  36.24 
 
 		 375 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  33.53 
 
 		 370 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  32.13 
 
 		 376 aa  155  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  34.67 
 
 		 372 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  33.53 
 
 		 370 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  35.91 
 
 		 375 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  32.1 
 
 		 365 aa  154  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  32.96 
 
 		 368 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  31.32 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  33.13 
 
 		 368 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  32.63 
 
 		 368 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  32.83 
 
 		 365 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  34.65 
 
 		 377 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0169  tRNA 2-selenouridine synthase  31.91 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  35.76 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0174  tRNA 2-selenouridine synthase  31.91 
 
 		 384 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  30.85 
 
 		 367 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  33.64 
 
 		 368 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  33.04 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  34.74 
 
 		 367 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  32.52 
 
 		 368 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  32.27 
 
 		 366 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  29.36 
 
 		 364 aa  149  7e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  31.91 
 
 		 365 aa  149  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  34.5 
 
 		 366 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  36.03 
 
 		 367 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>