137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0822 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 370 aa  764    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  99.46 
 
 		 370 aa  761    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  94.29 
 
 		 370 aa  716    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  88.43 
 
 		 365 aa  669    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  73.9 
 
 		 366 aa  560  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10190  tRNA 2-selenouridine synthase  73.68 
 
 		 370 aa  551  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.320471  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  72.48 
 
 		 366 aa  549  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  70.03 
 
 		 367 aa  541  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43270  tRNA 2-selenouridine synthase  69.84 
 
 		 369 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.829954 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2454  tRNA 2-selenouridine synthase  72.28 
 
 		 373 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3629  tRNA 2-selenouridine synthase  68.75 
 
 		 369 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  58.74 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1622  tRNA 2-selenouridine synthase  60.77 
 
 		 365 aa  434  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  51.24 
 
 		 367 aa  383  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2719  tRNA 2-selenouridine synthase  52.37 
 
 		 372 aa  373  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422567 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  48.45 
 
 		 367 aa  363  3e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  49.03 
 
 		 368 aa  361  1e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  49.03 
 
 		 368 aa  358  9e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  49.72 
 
 		 369 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  48.47 
 
 		 368 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  48.75 
 
 		 368 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  49.16 
 
 		 365 aa  352  8e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  48.45 
 
 		 369 aa  349  5e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  46.35 
 
 		 366 aa  348  7e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  47.75 
 
 		 367 aa  344  1e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  47.61 
 
 		 368 aa  343  2e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  48.16 
 
 		 376 aa  342  9e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  47.51 
 
 		 372 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  47.88 
 
 		 365 aa  335  5e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0769  tRNA 2-selenouridine synthase  47.5 
 
 		 372 aa  332  5e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.649423  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0174  tRNA 2-selenouridine synthase  47.31 
 
 		 384 aa  331  1e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0169  tRNA 2-selenouridine synthase  47.31 
 
 		 369 aa  331  1e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  45 
 
 		 364 aa  329  4e-89  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  46.46 
 
 		 365 aa  329  5.0000000000000004e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  47.65 
 
 		 361 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.370483 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0567  tRNA 2-selenouridine synthase  47.11 
 
 		 364 aa  324  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0621  tRNA 2-selenouridine synthase  47.11 
 
 		 364 aa  323  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.545594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0562  tRNA 2-selenouridine synthase  46.83 
 
 		 364 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0560  tRNA 2-selenouridine synthase  46.56 
 
 		 364 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.556907  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  46.09 
 
 		 364 aa  315  6e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00453  tRNA 2-selenouridine synthase, selenophosphate-dependent  46.09 
 
 		 364 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3109  tRNA 2-selenouridine synthase  46.09 
 
 		 364 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0546  tRNA 2-selenouridine synthase  45.81 
 
 		 364 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00458  hypothetical protein  46.09 
 
 		 364 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  45.81 
 
 		 364 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  45.81 
 
 		 364 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0604  tRNA 2-selenouridine synthase  45.81 
 
 		 364 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  46.09 
 
 		 364 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0975  tRNA 2-selenouridine synthase  44.85 
 
 		 356 aa  311  1e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.432685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2396  tRNA 2-selenouridine synthase  43.8 
 
 		 370 aa  309  4e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  44.14 
 
 		 374 aa  302  5.000000000000001e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  45.45 
 
 		 361 aa  281  1e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  35.47 
 
 		 347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  37.72 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  34.69 
 
 		 347 aa  160  4e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  33.83 
 
 		 375 aa  159  7e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  32.76 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  31.97 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  32.01 
 
 		 358 aa  157  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  32.35 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  33.53 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  33.44 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  31.17 
 
 		 346 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  33.04 
 
 		 350 aa  153  4e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  35.23 
 
 		 344 aa  153  5e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  34.53 
 
 		 338 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  31.46 
 
 		 350 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  32.34 
 
 		 366 aa  150  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  29.03 
 
 		 346 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  30.98 
 
 		 344 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  33.43 
 
 		 354 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  28.74 
 
 		 346 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  28.61 
 
 		 347 aa  142  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  29.89 
 
 		 353 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  37.08 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  31.47 
 
 		 344 aa  140  3e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  31.58 
 
 		 349 aa  140  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  32.33 
 
 		 346 aa  139  7.999999999999999e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  37.08 
 
 		 332 aa  138  2e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  36.67 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  32.51 
 
 		 371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  32.32 
 
 		 353 aa  132  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  32.9 
 
 		 356 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  31.71 
 
 		 350 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  31.71 
 
 		 350 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  29.03 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  31.3 
 
 		 359 aa  129  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  35.1 
 
 		 349 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  32.08 
 
 		 327 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  28.36 
 
 		 350 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  37.3 
 
 		 346 aa  126  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  34.69 
 
 		 373 aa  126  7e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  31.91 
 
 		 350 aa  126  7e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  33.2 
 
 		 347 aa  123  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14782  predicted protein  35.38 
 
 		 342 aa  123  4e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.597893 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  34.23 
 
 		 353 aa  123  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  30.75 
 
 		 359 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  30.75 
 
 		 359 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  30.75 
 
 		 359 aa  122  8e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  28.86 
 
 		 358 aa  122  9e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>