More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0135 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_0135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
190 aa  394  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00840896  normal  0.92086 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.07 
 
 
312 aa  217  1e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.74 
 
 
312 aa  202  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1706  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.75 
 
 
309 aa  196  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3788  putative transmembrane oxidoreductase protein  54.49 
 
 
312 aa  195  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.754913  normal  0.999241 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0060  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.26 
 
 
313 aa  194  5.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0169  putative transmembrane oxidoreductase protein  53.55 
 
 
312 aa  193  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.410172  normal  0.889445 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.37 
 
 
324 aa  175  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4794  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.37 
 
 
310 aa  138  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.865539  normal  0.851867 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.6 
 
 
298 aa  85.1  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.61 
 
 
294 aa  79.3  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
296 aa  75.1  0.0000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
296 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  27.1 
 
 
302 aa  72  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  28.16 
 
 
334 aa  69.7  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  29.1 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  28.57 
 
 
317 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
294 aa  69.3  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.87 
 
 
318 aa  68.6  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.24 
 
 
330 aa  67.4  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  27.54 
 
 
334 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  27.05 
 
 
334 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  29.12 
 
 
340 aa  65.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
309 aa  65.9  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.68 
 
 
302 aa  66.2  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
318 aa  66.2  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  27.68 
 
 
297 aa  65.5  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
314 aa  65.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  26.78 
 
 
316 aa  65.1  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0837  hypothetical protein  35.59 
 
 
308 aa  64.7  0.0000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.65 
 
 
316 aa  63.5  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.34 
 
 
312 aa  63.5  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.43 
 
 
295 aa  63.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.52 
 
 
321 aa  62.8  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2883  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.59 
 
 
348 aa  62.4  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0186538  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.43 
 
 
295 aa  61.6  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.15 
 
 
325 aa  61.2  0.000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1442  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
322 aa  60.8  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.63 
 
 
308 aa  60.5  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.02 
 
 
306 aa  60.8  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.81 
 
 
361 aa  60.1  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.41 
 
 
338 aa  60.1  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  24.41 
 
 
338 aa  60.1  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.7 
 
 
357 aa  60.5  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
309 aa  59.3  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.78 
 
 
306 aa  59.3  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.9 
 
 
347 aa  58.9  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2220  Male sterility-like protein  27.61 
 
 
306 aa  59.3  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589015  normal  0.345847 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.95 
 
 
303 aa  58.5  0.00000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 
322 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.93 
 
 
336 aa  58.9  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
328 aa  58.5  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  24.21 
 
 
320 aa  58.2  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  24.14 
 
 
332 aa  58.2  0.00000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.95 
 
 
321 aa  58.2  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.96 
 
 
309 aa  58.2  0.00000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1185  steroid dehydrogenase  27.98 
 
 
351 aa  58.2  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5601  oxidoreductase domain protein  26.74 
 
 
746 aa  58.2  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  25.13 
 
 
318 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  22.35 
 
 
320 aa  57.8  0.00000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  26.55 
 
 
327 aa  57.8  0.00000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.59 
 
 
340 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
329 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.41 
 
 
294 aa  57  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0368  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.9 
 
 
347 aa  57.8  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0497868  normal  0.291666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2712  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.74 
 
 
394 aa  57.4  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 
346 aa  56.6  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.892292  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  21.79 
 
 
316 aa  56.6  0.0000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1513  steroid dehydrogenase  27.08 
 
 
365 aa  57  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  27.57 
 
 
375 aa  56.6  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
309 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  23.33 
 
 
320 aa  57  0.0000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.07 
 
 
345 aa  56.6  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.92 
 
 
320 aa  56.6  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 
304 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  24.72 
 
 
329 aa  57  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.77 
 
 
310 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.22 
 
 
450 aa  56.2  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.78 
 
 
376 aa  56.2  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.26 
 
 
318 aa  56.2  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4014  oxidoreductase domain protein  26.74 
 
 
680 aa  56.2  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1745  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  25.67 
 
 
387 aa  55.8  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.79 
 
 
306 aa  55.8  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2612  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.51 
 
 
375 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2986  oxidoreductase, putative  30.51 
 
 
349 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.07 
 
 
329 aa  55.5  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
347 aa  55.5  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.6 
 
 
298 aa  55.5  0.0000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0055  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
349 aa  55.5  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2545  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.67 
 
 
375 aa  55.5  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2441  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
333 aa  55.1  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.989614  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4521  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 
512 aa  55.1  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074322  normal  0.90269 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
318 aa  55.1  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.14 
 
 
328 aa  55.1  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.57 
 
 
309 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2493  UDP-glucose 4-epimerase  27.78 
 
 
350 aa  54.7  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0793  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  24.51 
 
 
331 aa  54.7  0.0000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2013  NmrA family protein  27.59 
 
 
285 aa  54.7  0.0000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
342 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.529174  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0171  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.27 
 
 
330 aa  54.3  0.0000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>