More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3085 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B2898  tricarboxylic transport  99.69 
 
 		 325 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2982  tricarboxylic transport  100 
 
 		 325 aa  666    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.672552 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2930  tricarboxylic transport  99.69 
 
 		 325 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.559785  normal  0.181856 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3085  tricarboxylic transport  100 
 
 		 325 aa  666    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2965  tricarboxylic transport  100 
 
 		 325 aa  666    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443141 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3342  hypothetical protein  83.44 
 
 		 326 aa  542  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.019229  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1363  hypothetical protein  76.92 
 
 		 325 aa  532  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2581  hypothetical protein  75.24 
 
 		 323 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1058  hypothetical protein  62.13 
 
 		 326 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1418  tricarboxylate transport protein TctC, putative  58.95 
 
 		 326 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1353  hypothetical protein  59.69 
 
 		 325 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0759073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1457  hypothetical protein  59.2 
 
 		 325 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4393  hypothetical protein  58.95 
 
 		 326 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4303  hypothetical protein  58.95 
 
 		 326 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4766  hypothetical protein  61.87 
 
 		 326 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137729  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4232  TctC protein, putative  59.05 
 
 		 325 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3966  hypothetical protein  58.73 
 
 		 325 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.846302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0154  hypothetical protein  60.99 
 
 		 326 aa  399  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54540  hypothetical protein  62.21 
 
 		 327 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000174239  normal  0.0908275 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49460  tripartite tricarboxylate transporter periplasmic receptor protein  60.8 
 
 		 327 aa  387  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0378673  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1636  TctC protein  57.28 
 
 		 321 aa  378  1e-104  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.777278  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05850  hypothetical protein  54.63 
 
 		 325 aa  378  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49490  Uncharacterized protein family UPF0065  56.62 
 
 		 325 aa  363  2e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00178438  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1825  hypothetical protein  55.15 
 
 		 346 aa  357  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0902  tricarboxylic transport  50.15 
 
 		 325 aa  352  5.9999999999999994e-96  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.897753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0726  hypothetical protein  52.49 
 
 		 329 aa  340  1e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1452  hypothetical protein  51.01 
 
 		 323 aa  325  6e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.526573 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4433  hypothetical protein  47.85 
 
 		 325 aa  317  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3933  extra-cytoplasmic solute receptor  50.17 
 
 		 311 aa  308  8e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3334  hypothetical protein  47.99 
 
 		 339 aa  282  5.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3804  hypothetical protein  40.43 
 
 		 349 aa  269  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115718  normal  0.430416 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0734  hypothetical protein  39.67 
 
 		 322 aa  248  9e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0775704  decreased coverage  0.00137039 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2824  hypothetical protein  37.7 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0750754 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1252  hypothetical protein  38.75 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.336107  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1799  hypothetical protein  38.18 
 
 		 330 aa  229  7e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.841157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1453  hypothetical protein  37.42 
 
 		 329 aa  228  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321026  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2897  hypothetical protein  35.45 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3856  hypothetical protein  33.84 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000269594 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3784  hypothetical protein  35.35 
 
 		 327 aa  179  7e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2792  hypothetical protein  34.01 
 
 		 346 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0336  hypothetical protein  33.23 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0833  hypothetical protein  32.09 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000608571  normal  0.346803 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2741  hypothetical protein  32.73 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0278237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3004  hypothetical protein  32.34 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.033569 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0395  hypothetical protein  30.84 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172909  normal  0.115036 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3134  hypothetical protein  32.63 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0701575  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0308  hypothetical protein  30.77 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1420  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  31.44 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2224  hypothetical protein  33.59 
 
 		 332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2047  tricarboxylic transporter, periplasmic ligand binding protein, TctC  32.73 
 
 		 332 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334258  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3490  hypothetical protein  30.77 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.970248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0861  hypothetical protein  31.45 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3502  hypothetical protein  29.61 
 
 		 334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.819446  normal  0.192099 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0998  hypothetical protein  29.97 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8066  hypothetical protein  28.57 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1234  hypothetical protein  29.97 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.484921 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0872  hypothetical protein  30.74 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0855  hypothetical protein  30.74 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.769055  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02414  hypothetical protein  27.91 
 
 		 325 aa  123  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2009  hypothetical protein  30.9 
 
 		 319 aa  122  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3429  hypothetical protein  29.21 
 
 		 322 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196979  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2569  hypothetical protein  26.87 
 
 		 319 aa  122  9e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0034025 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3336  hypothetical protein  30.09 
 
 		 314 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0828946 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1829  hypothetical protein  28.34 
 
 		 329 aa  122  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.714313  normal  0.517051 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3636  hypothetical protein  30.09 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37830  hypothetical protein  27.18 
 
 		 374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.116398 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3600  hypothetical protein  29.73 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0605544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3010  hypothetical protein  35.39 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003384  putative tricarboxylic transport TctC  29.69 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4257  hypothetical protein  29.77 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3549  hypothetical protein  29.55 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3248  hypothetical protein  28.09 
 
 		 328 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.273356  normal  0.639468 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6185  hypothetical protein  30.74 
 
 		 328 aa  116  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2192  hypothetical protein  28.33 
 
 		 328 aa  116  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3917  hypothetical protein  27.96 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0248233  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3299  hypothetical protein  27.78 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0536538  normal  0.0349575 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3237  hypothetical protein  27.78 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.364087  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2148  hypothetical protein  29.43 
 
 		 330 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.479572 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1873  hypothetical protein  26.06 
 
 		 326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797689  normal  0.0422931 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1042  hypothetical protein  28 
 
 		 329 aa  113  6e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3440  hypothetical protein  25.23 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000394825  normal  0.952417 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6110  hypothetical protein  27.69 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1971  hypothetical protein  29.63 
 
 		 336 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.803745  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1767  hypothetical protein  29.6 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0125693  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0596  hypothetical protein  28.19 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479944 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4163  hypothetical protein  27.92 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000721269  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3428  hypothetical protein  27.08 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.10884 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2072  hypothetical protein  28.23 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.809751  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0066  hypothetical protein  29.52 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.909485 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1642  hypothetical protein  28.23 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274465  normal  0.0446405 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2509  hypothetical protein  28.16 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0752263  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3313  hypothetical protein  26.14 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159753  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0241  twin-arginine translocation pathway signal  29.02 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.862974  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2518  hypothetical protein  32.1 
 
 		 319 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.106324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2026  hypothetical protein  27.15 
 
 		 337 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0845932  normal  0.461256 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0950  hypothetical protein  25.99 
 
 		 323 aa  105  9e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5905  hypothetical protein  26.94 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.339531 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4344  putative lipoprotein  25.28 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0136809  hitchhiker  0.000000000438941 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1395  hypothetical protein  27.85 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0574924  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1719  hypothetical protein  30.47 
 
 		 326 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0711752  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>