More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3334 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3334  hypothetical protein  100 
 
 		 339 aa  658    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3804  hypothetical protein  53.35 
 
 		 349 aa  337  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115718  normal  0.430416 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1452  hypothetical protein  57.05 
 
 		 323 aa  316  4e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.526573 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2930  tricarboxylic transport  46.2 
 
 		 325 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.559785  normal  0.181856 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2898  tricarboxylic transport  46.2 
 
 		 325 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2982  tricarboxylic transport  46.5 
 
 		 325 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.672552 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2965  tricarboxylic transport  46.5 
 
 		 325 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443141 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3085  tricarboxylic transport  46.5 
 
 		 325 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4766  hypothetical protein  50.34 
 
 		 326 aa  295  7e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137729  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1363  hypothetical protein  47.68 
 
 		 325 aa  295  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1457  hypothetical protein  46.99 
 
 		 325 aa  293  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1418  tricarboxylate transport protein TctC, putative  49.66 
 
 		 326 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4393  hypothetical protein  49.66 
 
 		 326 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1058  hypothetical protein  49.66 
 
 		 326 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4303  hypothetical protein  49.66 
 
 		 326 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3966  hypothetical protein  48.99 
 
 		 325 aa  292  7e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.846302  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4232  TctC protein, putative  48.99 
 
 		 325 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1353  hypothetical protein  49.66 
 
 		 325 aa  288  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0759073  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2581  hypothetical protein  47.04 
 
 		 323 aa  288  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49490  Uncharacterized protein family UPF0065  51 
 
 		 325 aa  288  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00178438  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05850  hypothetical protein  48.6 
 
 		 325 aa  285  8e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0154  hypothetical protein  50.51 
 
 		 326 aa  285  8e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3342  hypothetical protein  46.31 
 
 		 326 aa  282  5.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.019229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54540  hypothetical protein  50 
 
 		 327 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000174239  normal  0.0908275 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0726  hypothetical protein  45.48 
 
 		 329 aa  278  1e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49460  tripartite tricarboxylate transporter periplasmic receptor protein  50.34 
 
 		 327 aa  276  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0378673  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1636  TctC protein  45.15 
 
 		 321 aa  276  5e-73  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.777278  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4433  hypothetical protein  42.9 
 
 		 325 aa  269  5.9999999999999995e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1825  hypothetical protein  44.19 
 
 		 346 aa  268  1e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3933  extra-cytoplasmic solute receptor  47.44 
 
 		 311 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0902  tricarboxylic transport  36.59 
 
 		 325 aa  239  5.999999999999999e-62  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.897753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1252  hypothetical protein  36.45 
 
 		 334 aa  203  4e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.336107  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1453  hypothetical protein  36.19 
 
 		 329 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321026  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0734  hypothetical protein  36.95 
 
 		 322 aa  190  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0775704  decreased coverage  0.00137039 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2824  hypothetical protein  36.7 
 
 		 321 aa  189  7e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0750754 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1799  hypothetical protein  31.8 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.841157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2897  hypothetical protein  34.23 
 
 		 325 aa  169  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3856  hypothetical protein  30.77 
 
 		 331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000269594 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3784  hypothetical protein  30.36 
 
 		 327 aa  126  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2741  hypothetical protein  32.27 
 
 		 321 aa  124  3e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0278237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0336  hypothetical protein  28.43 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0861  hypothetical protein  32.86 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2792  hypothetical protein  27.67 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0872  hypothetical protein  32.51 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0855  hypothetical protein  32.51 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.769055  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2047  tricarboxylic transporter, periplasmic ligand binding protein, TctC  31.16 
 
 		 332 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334258  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2224  hypothetical protein  28.67 
 
 		 332 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0395  hypothetical protein  29.14 
 
 		 319 aa  109  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172909  normal  0.115036 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2009  hypothetical protein  28.39 
 
 		 319 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1234  hypothetical protein  29.14 
 
 		 319 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.484921 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2569  hypothetical protein  27.49 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0034025 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3010  hypothetical protein  28.48 
 
 		 319 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8066  hypothetical protein  29.25 
 
 		 325 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1642  hypothetical protein  26.92 
 
 		 319 aa  99  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274465  normal  0.0446405 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2072  hypothetical protein  26.92 
 
 		 319 aa  99  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.809751  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1971  hypothetical protein  30.8 
 
 		 336 aa  98.6  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.803745  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3429  hypothetical protein  31.67 
 
 		 322 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196979  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3549  hypothetical protein  31.67 
 
 		 322 aa  98.2  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2148  hypothetical protein  29.39 
 
 		 330 aa  97.1  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.479572 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4257  hypothetical protein  28.48 
 
 		 314 aa  95.5  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2192  hypothetical protein  27.12 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0596  hypothetical protein  28.09 
 
 		 336 aa  95.5  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479944 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2518  hypothetical protein  25.96 
 
 		 319 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.106324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3123  hypothetical protein  28.64 
 
 		 326 aa  93.6  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003384  putative tricarboxylic transport TctC  25.91 
 
 		 323 aa  92.8  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1829  hypothetical protein  29.12 
 
 		 329 aa  92  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.714313  normal  0.517051 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1873  hypothetical protein  26.46 
 
 		 326 aa  92.4  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797689  normal  0.0422931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3336  hypothetical protein  27.69 
 
 		 314 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0828946 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3636  hypothetical protein  27.69 
 
 		 314 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02414  hypothetical protein  25.42 
 
 		 325 aa  90.1  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6110  hypothetical protein  28.2 
 
 		 314 aa  90.1  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3299  hypothetical protein  27.76 
 
 		 328 aa  90.1  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0536538  normal  0.0349575 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3237  hypothetical protein  27.76 
 
 		 328 aa  90.1  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.364087  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0308  hypothetical protein  27.42 
 
 		 313 aa  89.7  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4211  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 324 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352553 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3313  hypothetical protein  27.36 
 
 		 314 aa  89.4  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159753  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03721  conserved hypothetical protein  27.54 
 
 		 324 aa  89.4  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03670  hypothetical protein  27.54 
 
 		 324 aa  89.4  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1395  hypothetical protein  27.76 
 
 		 335 aa  88.6  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0574924  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3248  hypothetical protein  27.46 
 
 		 328 aa  89  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.273356  normal  0.639468 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2732  hypothetical protein  25.85 
 
 		 326 aa  89  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0833  hypothetical protein  27.36 
 
 		 315 aa  87  4e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000608571  normal  0.346803 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1042  hypothetical protein  30.85 
 
 		 329 aa  86.7  6e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0950  hypothetical protein  26.1 
 
 		 323 aa  86.3  7e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5327  hypothetical protein  27.48 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3102  hypothetical protein  27.54 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.571018 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3917  hypothetical protein  27.05 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0248233  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3134  hypothetical protein  26.52 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0701575  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5765  hypothetical protein  34.5 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0241  twin-arginine translocation pathway signal  27.46 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.862974  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3502  hypothetical protein  26.01 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.819446  normal  0.192099 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0925  hypothetical protein  29.52 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.524752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3435  hypothetical protein  29.52 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.636494  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0901  hypothetical protein  29.52 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00840  hypothetical protein  27.21 
 
 		 335 aa  82.8  0.000000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0173913  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3004  hypothetical protein  25.42 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.033569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0873  hypothetical protein  29.05 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0935  hypothetical protein  29.05 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.166254 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3011  hypothetical protein  26.2 
 
 		 319 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655008 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3099  hypothetical protein  29.05 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>