More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3010 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3010  hypothetical protein  100 
 
 		 319 aa  639    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1234  hypothetical protein  82.45 
 
 		 319 aa  522  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.484921 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2569  hypothetical protein  79.31 
 
 		 319 aa  505  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0034025 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2009  hypothetical protein  84.64 
 
 		 319 aa  501  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2072  hypothetical protein  84.01 
 
 		 319 aa  497  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.809751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1642  hypothetical protein  84.01 
 
 		 319 aa  497  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274465  normal  0.0446405 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0395  hypothetical protein  75.55 
 
 		 319 aa  498  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172909  normal  0.115036 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2518  hypothetical protein  80.88 
 
 		 319 aa  482  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.106324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3011  hypothetical protein  79.62 
 
 		 319 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655008 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3429  hypothetical protein  59.66 
 
 		 322 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196979  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3549  hypothetical protein  58.08 
 
 		 322 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4257  hypothetical protein  48.58 
 
 		 314 aa  298  7e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3313  hypothetical protein  49.01 
 
 		 314 aa  297  1e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159753  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3336  hypothetical protein  49.53 
 
 		 314 aa  296  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0828946 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3636  hypothetical protein  49.53 
 
 		 314 aa  295  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3917  hypothetical protein  48.44 
 
 		 316 aa  293  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0248233  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6185  hypothetical protein  50 
 
 		 328 aa  291  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3600  hypothetical protein  49.32 
 
 		 308 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0605544 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3134  hypothetical protein  47.39 
 
 		 311 aa  285  5e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0701575  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6110  hypothetical protein  47.88 
 
 		 314 aa  283  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3440  hypothetical protein  46.92 
 
 		 324 aa  281  9e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000394825  normal  0.952417 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1420  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  46.23 
 
 		 314 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0308  hypothetical protein  45.89 
 
 		 313 aa  266  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5905  hypothetical protein  42.86 
 
 		 325 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.339531 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3490  hypothetical protein  46.23 
 
 		 314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.970248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0833  hypothetical protein  44.3 
 
 		 315 aa  255  6e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000608571  normal  0.346803 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8066  hypothetical protein  42.47 
 
 		 325 aa  252  7e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4163  hypothetical protein  40.68 
 
 		 328 aa  249  4e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000721269  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2012  twin-arginine translocation pathway signal  37.54 
 
 		 341 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1237  hypothetical protein  38.53 
 
 		 337 aa  243  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.462545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0361  hypothetical protein  39.69 
 
 		 323 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.662417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0066  hypothetical protein  40.88 
 
 		 345 aa  236  3e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.909485 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5058  hypothetical protein  41.43 
 
 		 358 aa  236  5.0000000000000005e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.354156 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2148  hypothetical protein  43.12 
 
 		 330 aa  232  5e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.479572 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1829  hypothetical protein  37.06 
 
 		 329 aa  231  1e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.714313  normal  0.517051 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3075  hypothetical protein  41.76 
 
 		 323 aa  229  7e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.19179 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2509  hypothetical protein  40.13 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0752263  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3704  hypothetical protein  38.7 
 
 		 328 aa  212  4.9999999999999996e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3625  hypothetical protein  37.11 
 
 		 339 aa  210  3e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3102  hypothetical protein  37.58 
 
 		 338 aa  209  6e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.571018 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3004  hypothetical protein  34.42 
 
 		 332 aa  205  6e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.033569 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37830  hypothetical protein  36.08 
 
 		 374 aa  203  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.116398 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4958  hypothetical protein  37.72 
 
 		 319 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3502  hypothetical protein  34.59 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.819446  normal  0.192099 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0323  hypothetical protein  36.91 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.789559  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0998  hypothetical protein  34.02 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0596  hypothetical protein  35.57 
 
 		 336 aa  192  7e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479944 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1395  hypothetical protein  36.43 
 
 		 335 aa  191  1e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0574924  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3248  hypothetical protein  35.62 
 
 		 328 aa  189  4e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.273356  normal  0.639468 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3299  hypothetical protein  35.27 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0536538  normal  0.0349575 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3237  hypothetical protein  35.27 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.364087  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1042  hypothetical protein  34.13 
 
 		 329 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0336  hypothetical protein  34.15 
 
 		 330 aa  180  2e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00840  hypothetical protein  33.22 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0173913  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2741  hypothetical protein  34.64 
 
 		 321 aa  176  5e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0278237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2792  hypothetical protein  33.56 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1873  hypothetical protein  31.86 
 
 		 326 aa  166  5.9999999999999996e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797689  normal  0.0422931 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02414  hypothetical protein  31.66 
 
 		 325 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0950  hypothetical protein  29.87 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003384  putative tricarboxylic transport TctC  31.11 
 
 		 323 aa  162  9e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0861  hypothetical protein  33.33 
 
 		 322 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2192  hypothetical protein  29.91 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2732  hypothetical protein  31.03 
 
 		 326 aa  156  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1971  hypothetical protein  35.14 
 
 		 336 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.803745  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0872  hypothetical protein  32.65 
 
 		 322 aa  155  9e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0855  hypothetical protein  32.65 
 
 		 322 aa  155  9e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.769055  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3489  hypothetical protein  30.72 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2047  tricarboxylic transporter, periplasmic ligand binding protein, TctC  33.67 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334258  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2224  hypothetical protein  32.65 
 
 		 332 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3099  hypothetical protein  31.11 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0873  hypothetical protein  31.11 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0935  hypothetical protein  30.79 
 
 		 317 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.166254 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3123  hypothetical protein  30.95 
 
 		 326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0925  hypothetical protein  30.79 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.524752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0901  hypothetical protein  30.79 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1799  hypothetical protein  30.3 
 
 		 330 aa  143  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.841157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1453  hypothetical protein  31.08 
 
 		 329 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321026  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3435  hypothetical protein  30.79 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.636494  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2117  hypothetical protein  31.73 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.820451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0982  hypothetical protein  30.33 
 
 		 326 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0241  twin-arginine translocation pathway signal  27.34 
 
 		 332 aa  138  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.862974  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1457  hypothetical protein  32.32 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3342  hypothetical protein  34.51 
 
 		 326 aa  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.019229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1252  hypothetical protein  29.52 
 
 		 334 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.336107  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1058  hypothetical protein  32.21 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6270  putative tricarboxylic transport membrane protein  29.77 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0141318 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3856  hypothetical protein  28.96 
 
 		 331 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000269594 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2897  hypothetical protein  30.87 
 
 		 325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3085  tricarboxylic transport  32.3 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2982  tricarboxylic transport  32.3 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.672552 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4433  hypothetical protein  30.34 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1452  hypothetical protein  30.61 
 
 		 323 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.526573 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2965  tricarboxylic transport  32.3 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443141 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2898  tricarboxylic transport  31.96 
 
 		 325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4393  hypothetical protein  32.89 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2930  tricarboxylic transport  31.96 
 
 		 325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.559785  normal  0.181856 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1353  hypothetical protein  31.17 
 
 		 325 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0759073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1825  hypothetical protein  30.5 
 
 		 346 aa  129  7.000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1418  tricarboxylate transport protein TctC, putative  32.56 
 
 		 326 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4303  hypothetical protein  32.56 
 
 		 326 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>