More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1482 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1482  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
398 aa  828    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.775538  normal  0.852697 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2531  FAD dependent oxidoreductase  42.08 
 
 
391 aa  280  2e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.58896  normal  0.0803699 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0369  FAD dependent oxidoreductase  37.59 
 
 
436 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0800  FAD dependent oxidoreductase  41.9 
 
 
413 aa  247  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3055  FAD dependent oxidoreductase  38.73 
 
 
391 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0816  FAD dependent oxidoreductase  38.46 
 
 
396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000210853 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3207  FAD dependent oxidoreductase  38.73 
 
 
396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.778755 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0836  FAD dependent oxidoreductase  40.38 
 
 
391 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3425  FAD dependent oxidoreductase  38.73 
 
 
391 aa  243  6e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3310  FAD dependent oxidoreductase  37.84 
 
 
396 aa  243  6e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3620  FAD dependent oxidoreductase  38.73 
 
 
391 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0867  FAD dependent oxidoreductase  38.46 
 
 
391 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0935  FAD dependent oxidoreductase  39.9 
 
 
391 aa  241  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3497  FAD dependent oxidoreductase  38.2 
 
 
391 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0978  FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase, family protein  38.2 
 
 
391 aa  238  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0752  FAD dependent oxidoreductase  37.67 
 
 
391 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0629  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  37.6 
 
 
404 aa  230  3e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.740103 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3913  FAD dependent oxidoreductase  34.99 
 
 
543 aa  211  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.490959  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1069  FAD dependent oxidoreductase  34.38 
 
 
556 aa  199  6e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0079  FAD dependent oxidoreductase  34.9 
 
 
545 aa  197  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.656011  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0085  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.7 
 
 
489 aa  188  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2221  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.54 
 
 
514 aa  187  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0185895 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2333  FAD dependent oxidoreductase  34.86 
 
 
546 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.489388  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1004  glycerol-3-phosphate dehydrogenase (aerobic)  35.14 
 
 
543 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.100601  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3314  FAD dependent oxidoreductase  34.07 
 
 
356 aa  182  9.000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.781376 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3314  FAD dependent oxidoreductase  33.16 
 
 
550 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000111517  normal  0.0618764 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0812  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.59 
 
 
502 aa  179  7e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0865  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.59 
 
 
502 aa  179  9e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2910  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.33 
 
 
502 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0293172  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3524  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  38.46 
 
 
493 aa  178  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.472556  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3269  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  35.14 
 
 
500 aa  176  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2133  putative FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.37 
 
 
526 aa  176  8e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0868  aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.17 
 
 
557 aa  175  9.999999999999999e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0953137  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2442  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  35.53 
 
 
502 aa  175  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0728  Glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.82 
 
 
530 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000166291 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0192  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  31.9 
 
 
514 aa  173  3.9999999999999995e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3955  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  31.85 
 
 
495 aa  173  5e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1198  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.77 
 
 
551 aa  171  1e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_004310  BR0200  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  31.9 
 
 
503 aa  171  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2327  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.25 
 
 
516 aa  171  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2088  FAD dependent oxidoreductase  34.55 
 
 
554 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0044542  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0808  FAD dependent oxidoreductase  35.23 
 
 
560 aa  171  2e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000105669  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4217  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.16 
 
 
513 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.285704 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3651  FAD dependent oxidoreductase  32.35 
 
 
522 aa  169  7e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.993987 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0269  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  32.31 
 
 
503 aa  169  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3436  FAD dependent oxidoreductase  31.9 
 
 
536 aa  169  9e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0404922  hitchhiker  0.0000473208 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0094  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  31.34 
 
 
516 aa  168  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1361  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.34 
 
 
516 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1386  aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase  32.14 
 
 
557 aa  167  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.806879  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4069  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.52 
 
 
513 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.961718  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1459  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.33 
 
 
507 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0526  FAD dependent oxidoreductase  34.94 
 
 
543 aa  167  4e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0189  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  35.43 
 
 
499 aa  167  4e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1360  aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.25 
 
 
573 aa  166  5e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000254105  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2819  FAD dependent oxidoreductase  35.53 
 
 
531 aa  166  5e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.158053  normal  0.100824 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5801  FAD dependent oxidoreductase  32.77 
 
 
567 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2903  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.25 
 
 
503 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1659  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.16 
 
 
491 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0674401  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1387  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.07 
 
 
507 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.693076  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2616  FAD dependent oxidoreductase  32.27 
 
 
527 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6470  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.68 
 
 
504 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.389192  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1196  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, aerobic  34.92 
 
 
560 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000405869  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5983  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.94 
 
 
504 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0527  FAD dependent oxidoreductase  35.05 
 
 
557 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2156  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.84 
 
 
517 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1126  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, aerobic  34.92 
 
 
560 aa  164  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000204459  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1364  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  35.16 
 
 
506 aa  164  3e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0939  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.85 
 
 
560 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000453053  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2699  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.86 
 
 
511 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.842303  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17930  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  32.96 
 
 
512 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3397  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  31.35 
 
 
557 aa  163  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505029  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1368  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  35.16 
 
 
506 aa  163  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0961  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, aerobic  34.58 
 
 
560 aa  162  7e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00186325  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0948  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.58 
 
 
560 aa  162  7e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  7.99901e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1027  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, aerobic  34.58 
 
 
560 aa  162  7e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000888189  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1107  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, aerobic  34.58 
 
 
560 aa  162  7e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.58319e-29 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0949  FAD dependent oxidoreductase  34.76 
 
 
560 aa  162  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000427543  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2521  FAD dependent oxidoreductase  32.43 
 
 
519 aa  162  1e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4895  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.43 
 
 
511 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481949  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1067  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, aerobic  35.09 
 
 
560 aa  162  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000136753  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4232  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, aerobic  34.76 
 
 
560 aa  161  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000159546  hitchhiker  0.000000074562 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1677  FAD dependent oxidoreductase  34.79 
 
 
516 aa  161  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000164822  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1975  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.58 
 
 
509 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1559  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  32.42 
 
 
547 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1591  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  31.82 
 
 
509 aa  160  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0800392  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2385  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.96 
 
 
513 aa  160  5e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.462359  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0329  FAD dependent oxidoreductase  32.26 
 
 
528 aa  159  7e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000174141  hitchhiker  0.00162584 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1013  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.15 
 
 
496 aa  159  8e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.537969  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0569  FAD dependent oxidoreductase  34.21 
 
 
536 aa  159  9e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2990  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.07 
 
 
524 aa  158  1e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6005  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.33 
 
 
507 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0493014  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3320  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.68 
 
 
509 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.435615  normal  0.419558 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1073  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.33 
 
 
514 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0471  FAD dependent oxidoreductase  31.52 
 
 
547 aa  157  3e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1143  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.15 
 
 
500 aa  157  3e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106577  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2412  FAD dependent oxidoreductase  32.83 
 
 
552 aa  157  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3531  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.38 
 
 
534 aa  156  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.959942  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1031  FAD dependent oxidoreductase  33.25 
 
 
529 aa  157  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334153  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1090  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  31.86 
 
 
514 aa  156  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45730  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.42 
 
 
510 aa  156  6e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>