More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3397 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3397  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  100 
 
 		 557 aa  1138    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505029  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3664  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  66.98 
 
 		 526 aa  699    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0488098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3221  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  65.36 
 
 		 531 aa  613  9.999999999999999e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3327  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  62.75 
 
 		 525 aa  595  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0082196  normal  0.374558 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0620  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  63.73 
 
 		 507 aa  592  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2980  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  62.16 
 
 		 525 aa  591  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733731  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3045  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  62.57 
 
 		 525 aa  585  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.399591 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3320  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  62.55 
 
 		 509 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.435615  normal  0.419558 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0420  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  60.99 
 
 		 511 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.738036 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0639  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  62.55 
 
 		 509 aa  581  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2066  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  63.52 
 
 		 507 aa  571  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2677  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  63.52 
 
 		 507 aa  571  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435115  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2706  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  63.31 
 
 		 507 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.76503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6005  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  63.1 
 
 		 507 aa  567  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0493014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0600  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  63.08 
 
 		 510 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0907  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  62.47 
 
 		 510 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0241  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  62.47 
 
 		 510 aa  555  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.570878  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2453  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  62.47 
 
 		 510 aa  555  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.453717  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0740  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  62.27 
 
 		 510 aa  557  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2705  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  62.47 
 
 		 510 aa  555  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.859057  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2372  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  62.47 
 
 		 510 aa  555  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0726  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  62.27 
 
 		 510 aa  555  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.125098  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2602  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  63.52 
 
 		 507 aa  545  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.45691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2730  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  63.52 
 
 		 507 aa  544  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.31926  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2179  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  57.67 
 
 		 510 aa  534  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.873983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2327  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  54.9 
 
 		 516 aa  530  1e-149  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5335  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  56.58 
 
 		 504 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2221  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.33 
 
 		 514 aa  510  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185895 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1975  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  57.73 
 
 		 509 aa  504  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1387  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.57 
 
 		 507 aa  496  1e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.693076  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1459  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.57 
 
 		 507 aa  496  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2442  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.24 
 
 		 502 aa  496  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2156  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51 
 
 		 517 aa  498  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3531  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  54.24 
 
 		 534 aa  494  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.959942  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1073  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.47 
 
 		 514 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2385  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.79 
 
 		 513 aa  490  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.462359  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1090  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.2 
 
 		 514 aa  488  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1114  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.76 
 
 		 512 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.778652 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3955  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.61 
 
 		 495 aa  490  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2910  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.92 
 
 		 502 aa  486  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0293172  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4339  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.59 
 
 		 508 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.50517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3907  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.09 
 
 		 512 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1102  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.44 
 
 		 509 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.889292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5259  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  57.29 
 
 		 505 aa  482  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0192  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.73 
 
 		 514 aa  483  1e-135  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4792  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  57.09 
 
 		 505 aa  481  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  0.703258 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3348  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.29 
 
 		 509 aa  479  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0200  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.73 
 
 		 503 aa  479  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0865  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.72 
 
 		 502 aa  480  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2990  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.69 
 
 		 524 aa  481  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4534  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.2 
 
 		 512 aa  479  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.443601  normal  0.27831 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4217  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.33 
 
 		 513 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.285704 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1361  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.89 
 
 		 516 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4069  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.23 
 
 		 513 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.961718  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1591  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.51 
 
 		 509 aa  478  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0800392  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1559  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.83 
 
 		 547 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0269  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.05 
 
 		 503 aa  479  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0812  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.52 
 
 		 502 aa  478  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17930  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.63 
 
 		 512 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45730  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.76 
 
 		 510 aa  478  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4170  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50 
 
 		 512 aa  475  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.631546  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4895  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.42 
 
 		 511 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481949  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6470  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.18 
 
 		 504 aa  474  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.389192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5983  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.37 
 
 		 504 aa  473  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3233  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.5 
 
 		 502 aa  468  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.700391  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2903  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.49 
 
 		 503 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1827  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.63 
 
 		 513 aa  469  1.0000000000000001e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.17112  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2699  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.37 
 
 		 511 aa  467  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.842303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1659  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.23 
 
 		 491 aa  467  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0674401  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4221  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  54.45 
 
 		 510 aa  464  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.399565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3733  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.97 
 
 		 500 aa  463  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2574  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.96 
 
 		 495 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0094  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.12 
 
 		 516 aa  461  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1240  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  56.29 
 
 		 515 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0189  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.93 
 
 		 499 aa  457  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2206  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.98 
 
 		 526 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.440136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5324  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.88 
 
 		 503 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.575956  normal  0.50041 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0630  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.75 
 
 		 531 aa  449  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1143  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.28 
 
 		 500 aa  451  1e-125  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106577  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3684  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.41 
 
 		 515 aa  446  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2106  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.29 
 
 		 501 aa  445  1.0000000000000001e-124  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00244  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.28 
 
 		 512 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.887264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1013  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.45 
 
 		 496 aa  446  1.0000000000000001e-124  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.537969  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4642  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50 
 
 		 502 aa  446  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4129  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.65 
 
 		 500 aa  445  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199856  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0228  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.39 
 
 		 499 aa  442  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.279587  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1208  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.13 
 
 		 534 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.397297 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2670  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.71 
 
 		 539 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3269  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.93 
 
 		 500 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4393  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47 
 
 		 527 aa  440  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.124287 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0288  FAD dependent oxidoreductase  48.77 
 
 		 501 aa  437  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3623  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.47 
 
 		 501 aa  437  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3706  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.68 
 
 		 501 aa  438  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.166207 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1327  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.32 
 
 		 539 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4123  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.76 
 
 		 504 aa  436  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.469076 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4000  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.97 
 
 		 504 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0288  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.47 
 
 		 501 aa  437  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0152  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.97 
 
 		 504 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3808  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.27 
 
 		 501 aa  436  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.389691  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3902  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.47 
 
 		 501 aa  438  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>