More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0085 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_0085  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  100 
 
 
489 aa  974    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2442  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  56.24 
 
 
502 aa  483  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1659  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  53.97 
 
 
491 aa  462  1e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0674401  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1975  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  55.96 
 
 
509 aa  437  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2221  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.89 
 
 
514 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0185895 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0189  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.69 
 
 
499 aa  424  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3684  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.9 
 
 
515 aa  416  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1361  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.3 
 
 
516 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3269  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.93 
 
 
500 aa  411  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2385  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.35 
 
 
513 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.462359  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4217  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.59 
 
 
513 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.285704 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0228  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.72 
 
 
499 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.279587  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4069  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.9 
 
 
513 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.961718  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1090  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.1 
 
 
514 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1591  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.59 
 
 
509 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0800392  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3955  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  44.31 
 
 
495 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2699  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.3 
 
 
511 aa  404  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.842303  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3932  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.56 
 
 
500 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0200  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50 
 
 
503 aa  401  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0192  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.79 
 
 
514 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0094  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.3 
 
 
516 aa  401  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4642  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.43 
 
 
502 aa  399  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4129  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.35 
 
 
500 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199856  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2903  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.7 
 
 
503 aa  399  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2990  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.5 
 
 
524 aa  398  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2670  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.06 
 
 
539 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5983  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.6 
 
 
504 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6470  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.8 
 
 
504 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.389192  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0630  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.7 
 
 
531 aa  394  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146837  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1327  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.87 
 
 
539 aa  395  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4895  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.11 
 
 
511 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3907  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.03 
 
 
512 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0269  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.22 
 
 
503 aa  389  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4393  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.2 
 
 
527 aa  391  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2327  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.69 
 
 
516 aa  389  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03277  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase, aerobic, FAD/NAD(P)-binding  47.05 
 
 
501 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0288  FAD dependent oxidoreductase  47.05 
 
 
501 aa  385  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2808  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  51.31 
 
 
509 aa  388  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.711115 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0865  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.18 
 
 
502 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5335  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.6 
 
 
504 aa  386  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3623  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.05 
 
 
501 aa  385  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0288  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.05 
 
 
501 aa  385  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03229  hypothetical protein  47.05 
 
 
501 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3902  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.84 
 
 
501 aa  385  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1208  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.77 
 
 
534 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.397297 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1559  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.71 
 
 
547 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17930  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.92 
 
 
512 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2910  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.18 
 
 
502 aa  386  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0293172  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0812  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.49 
 
 
502 aa  387  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0288  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.22 
 
 
499 aa  386  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4734  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.84 
 
 
501 aa  383  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3808  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.84 
 
 
501 aa  383  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.389691  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3706  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.84 
 
 
501 aa  384  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.166207 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4170  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  45.08 
 
 
512 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.631546  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2980  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.76 
 
 
525 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733731  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3896  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.07 
 
 
502 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.758553 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3397  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.5 
 
 
557 aa  375  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505029  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0387  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.33 
 
 
515 aa  376  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3320  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50 
 
 
509 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.435615  normal  0.419558 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4123  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.63 
 
 
504 aa  378  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.469076 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0152  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.63 
 
 
504 aa  378  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3793  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.07 
 
 
502 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.3143  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0639  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.59 
 
 
509 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3727  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.07 
 
 
502 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4000  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.63 
 
 
504 aa  378  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3834  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.07 
 
 
502 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.867048 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3718  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.07 
 
 
502 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3348  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.17 
 
 
509 aa  372  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1459  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.89 
 
 
507 aa  374  1e-102  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03315  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  45.32 
 
 
519 aa  374  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4534  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.8 
 
 
512 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.443601  normal  0.27831 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3835  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.84 
 
 
502 aa  372  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0230057  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4339  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.19 
 
 
508 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.50517  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2206  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  45.82 
 
 
526 aa  374  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.440136  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3327  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.41 
 
 
525 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0082196  normal  0.374558 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1387  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.89 
 
 
507 aa  372  1e-102  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.693076  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45730  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.7 
 
 
510 aa  375  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1827  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.43 
 
 
513 aa  373  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.17112  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0620  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.9 
 
 
507 aa  369  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2106  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.27 
 
 
501 aa  370  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2179  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.3 
 
 
510 aa  371  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.873983  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1240  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  52.97 
 
 
515 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1073  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.38 
 
 
514 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3045  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.79 
 
 
525 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.399591 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00244  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  41.94 
 
 
512 aa  369  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.887264  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1102  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.28 
 
 
509 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.889292  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3531  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  50.89 
 
 
534 aa  367  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.959942  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3664  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.11 
 
 
526 aa  368  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0488098  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5324  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  46.93 
 
 
503 aa  364  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.575956  normal  0.50041 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0601  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  43.87 
 
 
512 aa  364  2e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2574  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.1 
 
 
495 aa  364  2e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1114  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.99 
 
 
512 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.778652 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0420  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.98 
 
 
511 aa  362  8e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.738036 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002673  aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase  44.95 
 
 
502 aa  362  1e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.813039  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3221  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.47 
 
 
531 aa  359  5e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4221  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.48 
 
 
510 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.399565  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3233  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.98 
 
 
502 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.700391  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5259  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  49.8 
 
 
505 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0600  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  48.72 
 
 
510 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0907  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  47.63 
 
 
510 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>