More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0541 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0541  hypothetical protein  100 
 
 		 165 aa  342  1e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000782637  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3334  HxlR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1848  putative transcriptional regulator  37.75 
 
 		 149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510456  normal  0.252044 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4183  HxlR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4183  HxlR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0555  HxlR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 147 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.938313  normal  0.153039 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3999  transcriptional regulator, HxlR family  36 
 
 		 163 aa  104  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3886  transcriptional regulator, HxlR family  36 
 
 		 163 aa  104  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.321119 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0502  HxlR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0547  HxlR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 147 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660753  normal  0.959277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0537  HxlR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 147 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3823  HxlR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 156 aa  102  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4153  transcriptional regulator, HxlR family  34.06 
 
 		 160 aa  99.4  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4731  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 147 aa  99.4  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2395  transcriptional regulator, putative  34.81 
 
 		 178 aa  99  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3264  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 148 aa  99  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.811578  normal  0.0315072 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3325  putative transcriptional regulator  35.07 
 
 		 171 aa  99  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3351  putative transcriptional regulator  33.8 
 
 		 154 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.749409  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5126  HxlR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 152 aa  99  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2581  putative transcriptional regulator  33.8 
 
 		 154 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1172  putative transcriptional regulator  33.8 
 
 		 154 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3317  transcriptional regulatory protein  34.81 
 
 		 154 aa  98.6  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3584  HxlR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 149 aa  98.2  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.645738  normal  0.125361 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0311  putative transcriptional regulator  33.8 
 
 		 244 aa  98.2  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4908  HxlR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 156 aa  96.3  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.186551  hitchhiker  0.000216293 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3362  transcriptional regulatory protein  34.07 
 
 		 268 aa  95.5  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107485  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4532  HxlR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 156 aa  94.4  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.475295  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1125  HxlR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 152 aa  94.4  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2265  HxlR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 156 aa  94.4  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528926  normal  0.12289 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3693  HxlR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 172 aa  94.4  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.031643  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3831  HxlR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 172 aa  94.4  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.312681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3734  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 156 aa  92.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.847135  normal  0.540856 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1192  transcriptional regulator, HxlR family  31.69 
 
 		 149 aa  92.4  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.301983 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5216  transcriptional regulator, HxlR family  31.85 
 
 		 152 aa  92.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1513  HxlR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 179 aa  92.4  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.351588 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0718  transcriptional regulator, HxlR family  32.87 
 
 		 166 aa  92  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.360073  normal  0.543743 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2675  HxlR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 172 aa  92  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5557  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 156 aa  91.7  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.689933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43720  hypothetical protein  34.25 
 
 		 146 aa  91.7  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0705  helix-turn-helix HxlR type  35.16 
 
 		 150 aa  91.7  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.708221 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1643  HxlR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 155 aa  90.9  8e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0771001  normal  0.50601 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3667  hypothetical protein  34.93 
 
 		 146 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.452017  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0545  putative transcriptional regulator  31.65 
 
 		 179 aa  89.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3736  HxlR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 135 aa  89.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.406945  normal  0.0303641 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0413  transcriptional regulator, HxlR family  34.31 
 
 		 148 aa  89  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111874  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29060  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 159 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000757508 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0382  transcriptional regulator, HxlR family  36.3 
 
 		 150 aa  87.4  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.230955 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0191  hypothetical protein  34.81 
 
 		 157 aa  87  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0356  transcriptional regulator, HxlR family  33.59 
 
 		 148 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2492  transcriptional regulator family protein  33.58 
 
 		 212 aa  85.5  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.298829  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1705  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 151 aa  85.9  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188741  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01410  hypothetical protein  34.07 
 
 		 157 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1482  HxlR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 160 aa  84.7  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2035  HxlR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 154 aa  84.3  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.358691 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4116  HxlR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 163 aa  84.3  7e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.740581  normal  0.89012 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1651  HxlR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 160 aa  84  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.735344  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1224  transcriptional regulator, putative  32.12 
 
 		 158 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4858  hypothetical protein  33.81 
 
 		 165 aa  83.6  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2001  transcriptional regulatory protein  32.12 
 
 		 158 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1106  HxlR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1502  HxlR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0795  putative transcriptional regulator  32.12 
 
 		 158 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.1795  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1586  HxlR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0274  helix-turn-helix HxlR type  33.11 
 
 		 157 aa  83.2  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117164  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1709  putative transcriptional regulator  32.12 
 
 		 158 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.285108  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0366  putative transcriptional regulator  32.12 
 
 		 158 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1847  putative transcriptional regulator  32.12 
 
 		 158 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.881367  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1834  transcriptional regulator family  32.12 
 
 		 158 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1563  HxlR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2274  transcriptional regulator, HxlR family  33.57 
 
 		 161 aa  81.6  0.000000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2048  transcriptional regulator, HxlR family  32.62 
 
 		 147 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154982 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4724  HxlR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 162 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3217  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 		 170 aa  80.1  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4816  putative transcriptional regulator  32.61 
 
 		 165 aa  79.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.348008  normal  0.897664 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2705  HxlR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3652  HxlR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 164 aa  78.6  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.229501  hitchhiker  9.17925e-19 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5152  hypothetical protein  40.82 
 
 		 188 aa  78.2  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0727486 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3356  transcriptional regulator, HxlR family  35.94 
 
 		 150 aa  78.2  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0369377  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2987  hypothetical protein  34.11 
 
 		 187 aa  77.8  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.080358 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5358  HxlR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 149 aa  77  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.262931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0093  HxlR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 170 aa  77  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1171  HxlR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 149 aa  75.9  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3059  hypothetical protein  29.71 
 
 		 170 aa  76.3  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0185981  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0945  transcriptional regulator, HxlR family  30.77 
 
 		 160 aa  75.9  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5646  transcriptional regulator, HxlR family  34.38 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6614  transcriptional regulator, HxlR family  30.77 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.113914 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1663  transcriptional regulator, HxlR family  35.79 
 
 		 280 aa  75.5  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.10638 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0206  transcriptional regulator, HxlR family  32.85 
 
 		 153 aa  74.3  0.0000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6089  transcriptional regulator, HxlR family  42.11 
 
 		 166 aa  73.9  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.289609  normal  0.074311 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2388  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 148 aa  73.9  0.0000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501837  hitchhiker  0.00153924 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1756  transcriptional regulator, HxlR family  27.39 
 
 		 168 aa  73.6  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0278537  normal  0.0530387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5780  HxlR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 175 aa  73.2  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239726 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1750  HxlR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 175 aa  73.6  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000237098  decreased coverage  0.000000333009 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4546  transcriptional regulator HxlR family  29.03 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.013645  normal  0.292561 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1002  HxlR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 167 aa  72.8  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.263517  normal  0.892356 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0996  transcriptional regulator, HxlR family  30.77 
 
 		 150 aa  72.8  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5397  transcriptional regulator, HxlR family  35.16 
 
 		 290 aa  72  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236016  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0318  transcriptional regulator, HxlR family  32.41 
 
 		 165 aa  72  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.373076  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05541  hypothetical protein  27.01 
 
 		 183 aa  70.9  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0221  transcriptional regulator, HxlR family  36.73 
 
 		 106 aa  70.5  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000012384  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>