More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4301 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4301  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
396 aa  774    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.555384  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4411  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
396 aa  774    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3322  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  71.21 
 
 
406 aa  500  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6406  major facilitator transporter  69.72 
 
 
410 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.671543  normal  0.868743 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5533  major facilitator transporter  69.92 
 
 
410 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.748731  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5897  major facilitator transporter  69.92 
 
 
410 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.733334 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4433  major facilitator transporter  65.23 
 
 
415 aa  443  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.944293  normal  0.4083 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4226  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.84 
 
 
465 aa  239  5.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.693691  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3211  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.19 
 
 
424 aa  232  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2456  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  40.77 
 
 
418 aa  224  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.202004  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3110  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  40.91 
 
 
418 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1536  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  40.24 
 
 
408 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5152  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.23 
 
 
413 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.600108 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1144  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.91 
 
 
395 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0855  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  43.45 
 
 
394 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1286  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.43 
 
 
415 aa  194  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000624071 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30 
 
 
405 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2331  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.59 
 
 
396 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.369879  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3320  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.59 
 
 
396 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0589131  normal  0.334809 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.41 
 
 
401 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.41 
 
 
399 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  28.53 
 
 
402 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.41 
 
 
399 aa  127  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2172  drug transport transmembrane protein  31.99 
 
 
407 aa  127  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.309598  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.08 
 
 
411 aa  126  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02112  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.85 
 
 
396 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0940614  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1475  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.85 
 
 
396 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122457  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02071  hypothetical protein  30.85 
 
 
396 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0947796  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2480  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.85 
 
 
396 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.138563  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1465  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.85 
 
 
396 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0013409  normal  0.810342 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2320  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.85 
 
 
396 aa  125  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.266963  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.84 
 
 
405 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  28.31 
 
 
396 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  31.27 
 
 
393 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4760  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.25 
 
 
399 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.579597  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.27 
 
 
393 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.03 
 
 
392 aa  124  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  36.23 
 
 
414 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.52 
 
 
393 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2415  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.84 
 
 
396 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0436595  normal  0.152549 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2370  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.84 
 
 
396 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00149864  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2461  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.84 
 
 
396 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.334321  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2139  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.96 
 
 
400 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.96 
 
 
400 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.6 
 
 
405 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.61 
 
 
393 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.96 
 
 
411 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2572  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.84 
 
 
396 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2458  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.84 
 
 
396 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000150098 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0772  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.96 
 
 
400 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.96 
 
 
411 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2605  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.96 
 
 
400 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.43 
 
 
394 aa  122  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2625  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.32 
 
 
403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2778  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.89 
 
 
398 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.276165  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  34.56 
 
 
402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1103  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.23 
 
 
399 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.278959  decreased coverage  0.00752766 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  36.52 
 
 
411 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.97 
 
 
405 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2375  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.25 
 
 
394 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.525477 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1560  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.75 
 
 
401 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1975  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.62 
 
 
394 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.9 
 
 
412 aa  119  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.6 
 
 
458 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.97 
 
 
434 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.6 
 
 
405 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2509  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.02 
 
 
389 aa  119  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.6 
 
 
405 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2001  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.9 
 
 
412 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0443671  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2692  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.34 
 
 
411 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3344  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.34 
 
 
411 aa  117  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0616341 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.67 
 
 
409 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2897  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.51 
 
 
396 aa  117  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151649  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.74 
 
 
405 aa  117  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1796  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.04 
 
 
395 aa  117  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.174211  normal  0.0404664 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.6 
 
 
398 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  29.84 
 
 
392 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0571  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.59 
 
 
399 aa  116  7.999999999999999e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0910669  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.61 
 
 
413 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.18 
 
 
401 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  29.84 
 
 
392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1761  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.02 
 
 
411 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.57 
 
 
409 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5334  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.38 
 
 
410 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3595  putative membrane transport protein  31.78 
 
 
404 aa  114  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0049  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.73 
 
 
400 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.414965 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.89 
 
 
393 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1045  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.25 
 
 
461 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1640  bicyclomycin/multidrug efflux system  28.42 
 
 
396 aa  113  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0598  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.82 
 
 
402 aa  112  8.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003780  permease  29.56 
 
 
400 aa  112  9e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.142338  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_3948  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.12 
 
 
402 aa  112  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0254  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.41 
 
 
400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.662405 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0297  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.54 
 
 
401 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.169159  n/a   
 
 
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NC_008752  Aave_1867  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.47 
 
 
406 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.960562  normal 
 
 
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NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.91 
 
 
398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_2049  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.61 
 
 
435 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_004347  SO_4555  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  30.68 
 
 
402 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_6143  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.11 
 
 
420 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_32370  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily protein  29.39 
 
 
426 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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