More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1103 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1103  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  100 
 
 
399 aa  744    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.278959  decreased coverage  0.00752766 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  37.81 
 
 
392 aa  192  9e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3110  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  40.61 
 
 
418 aa  187  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2456  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  40.36 
 
 
418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.202004  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4226  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  40.06 
 
 
465 aa  181  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.693691  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3211  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.67 
 
 
424 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1144  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  39.32 
 
 
395 aa  177  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.74 
 
 
405 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.39 
 
 
394 aa  163  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3852  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.78 
 
 
407 aa  162  6e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.64308  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1536  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.07 
 
 
408 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0109  conserved hypothetical protein, putative drug resistance transporter, Bcr/CflA family  29.64 
 
 
413 aa  160  5e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000456469  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  33.7 
 
 
420 aa  159  9e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5152  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.14 
 
 
413 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.600108 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3668  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.89 
 
 
411 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3322  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  39.04 
 
 
406 aa  158  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0855  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  37.32 
 
 
394 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.12 
 
 
429 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.175256  normal  0.467375 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32370  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily protein  32.04 
 
 
426 aa  150  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4760  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.56 
 
 
399 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.579597  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0749  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.15 
 
 
498 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.471391  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.08 
 
 
398 aa  146  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2067  multidrug resistance protein D  31.14 
 
 
409 aa  146  6e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0252383  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0115  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.14 
 
 
391 aa  145  8.000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395955  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33 
 
 
405 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3595  putative membrane transport protein  35.41 
 
 
404 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.21 
 
 
413 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.236916  hitchhiker  0.00655505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.95 
 
 
393 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.25 
 
 
405 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3271  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.16 
 
 
411 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.638949 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5459  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.13 
 
 
389 aa  143  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.243673  normal  0.330218 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0774  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.59 
 
 
403 aa  143  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0782  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  33.42 
 
 
393 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0683  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.07 
 
 
403 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.8441  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.61 
 
 
401 aa  143  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.42 
 
 
393 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.49 
 
 
405 aa  142  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1975  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.56 
 
 
394 aa  142  9e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.25 
 
 
405 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1560  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.61 
 
 
401 aa  142  9e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2375  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.56 
 
 
394 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.525477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.25 
 
 
458 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33 
 
 
434 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.25 
 
 
405 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2049  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.26 
 
 
435 aa  142  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1774  Bcr/CflA family drug resistance transporter  33.59 
 
 
395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1058  Bcr/CflA family drug resistance transporter  33.59 
 
 
403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3292  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.25 
 
 
430 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.330767  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3380  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.24 
 
 
444 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.27624  decreased coverage  0.00175601 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.59 
 
 
403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.356599  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  34.75 
 
 
426 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2033  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.59 
 
 
403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  33.77 
 
 
392 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  33.77 
 
 
392 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.53 
 
 
405 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4246  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.89 
 
 
411 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381159  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4433  major facilitator transporter  38.08 
 
 
415 aa  140  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.944293  normal  0.4083 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.69 
 
 
393 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0034  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.65 
 
 
400 aa  139  7.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0011  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.22 
 
 
400 aa  139  7.999999999999999e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.461677  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.65 
 
 
403 aa  139  1e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2059  putative transporter protein  33.33 
 
 
403 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.233611  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.54 
 
 
414 aa  138  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4173  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.54 
 
 
400 aa  138  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6143  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.58 
 
 
420 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1763  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.96 
 
 
407 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.599795  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0216  transport transmembrane protein  32.32 
 
 
409 aa  136  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.55 
 
 
411 aa  136  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.55 
 
 
396 aa  137  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2172  drug transport transmembrane protein  34.81 
 
 
407 aa  136  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.309598  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2373  inner membrane transport protein YdhC  30.11 
 
 
403 aa  136  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00231291  normal  0.112493 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  38.62 
 
 
414 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  32.97 
 
 
398 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1915  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.14 
 
 
411 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4159  MFS permease  30.85 
 
 
392 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4120  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.63 
 
 
411 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174908  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2187  hypothetical protein  29.3 
 
 
407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1948  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.76 
 
 
393 aa  134  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0211544  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1286  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.24 
 
 
415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000624071 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6161  Bcr/CflA family drug resistance transporter  34.21 
 
 
422 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.245445  normal  0.0414342 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2160  hypothetical protein  29.3 
 
 
407 aa  134  3e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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CP001509  ECD_01631  predicted transporter  29.83 
 
 
403 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1874  inner membrane transport protein YdhC  29.83 
 
 
403 aa  133  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1740  inner membrane transport protein YdhC  29.83 
 
 
403 aa  133  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.41176e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01620  hypothetical protein  29.83 
 
 
403 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1969  inner membrane transport protein YdhC  29.83 
 
 
403 aa  133  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000225757 
 
 
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CP001637  EcDH1_1980  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.08 
 
 
403 aa  132  9e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00451664  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_1537  inner membrane transport protein YdhC  29.56 
 
 
403 aa  132  9e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0900835  normal  0.0201427 
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.48 
 
 
411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2605  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.48 
 
 
400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.48 
 
 
411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2139  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.48 
 
 
400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
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NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  35.48 
 
 
411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A0772  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.48 
 
 
400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008254  Meso_3222  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.53 
 
 
417 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  37.72 
 
 
402 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009080  BMA10247_2008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.48 
 
 
400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E1858  inner membrane transport protein YdhC  30.89 
 
 
403 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141458  n/a   
 
 
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NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.83 
 
 
412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
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NC_011992  Dtpsy_2482  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.34 
 
 
405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.245428  n/a   
 
 
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