32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5391 on replicon NC_012851
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012851  Rpic12D_5391  initiator RepB protein  100 
 
 		 251 aa  513  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4962  initiator RepB protein  99.6 
 
 		 251 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3857  initiator RepB protein  42.62 
 
 		 274 aa  178  5.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  5.688790000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008320  Shewmr7_4036  initiator RepB protein  34.21 
 
 		 230 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.937889  n/a   
 
 
-
 
NC_011316  VSAL_p43_01  putative replication initiation protein  34.38 
 
 		 219 aa  126  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006298  HS_p02  replication protein  33.63 
 
 		 323 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006298  HS_p03  replication protein  30.63 
 
 		 323 aa  109  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0001  initiator replication protein RepB  30.97 
 
 		 233 aa  101  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3588  initiator RepB protein  27.68 
 
 		 383 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.000000240112  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5421  initiator RepB protein  27.8 
 
 		 404 aa  99  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2493  initiator RepB protein  26.48 
 
 		 315 aa  97.4  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.769372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3452  initiator RepB protein  26.82 
 
 		 381 aa  96.3  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.892853  normal  0.996555 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0136  plasmid replication protein  25.79 
 
 		 342 aa  82.4  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0036  plasmid replication protein  26.58 
 
 		 354 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0001  plasmid replication protein  24.26 
 
 		 336 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.773057 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0315  initiator RepB protein family protein  26.18 
 
 		 320 aa  75.1  0.0000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013734  Slin_7015  initiator RepB protein  26.9 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000194269  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4178  initiator RepB protein  27.62 
 
 		 409 aa  67.4  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013736  Slin_7050  initiator RepB protein  29.66 
 
 		 331 aa  63.5  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948666  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6850  initiator RepB protein  29.84 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0436746  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3790  initiator RepB protein  40.96 
 
 		 399 aa  62.8  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.744533  n/a   
 
 
-
 
NC_013738  Slin_7066  initiator RepB protein  25.51 
 
 		 308 aa  55.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0022  truncated replication protein  31.96 
 
 		 214 aa  53.1  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009796  CCC13826_1364  putative pNL871104_p1  22.92 
 
 		 319 aa  50.1  0.00003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0120  PI protein  22.05 
 
 		 278 aa  45.8  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00157188  normal  0.651101 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D23  replication initiator protein  22.44 
 
 		 384 aa  45.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000665285  n/a   
 
 
-
 
NC_004252  pDOJH10L_p09  hypothetical protein  30.59 
 
 		 297 aa  44.7  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C16  replication initiator protein  19.9 
 
 		 388 aa  43.9  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4214  initiator RepB protein  31.58 
 
 		 390 aa  42.7  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008507  LACR_E8  replication initiator protein  20.53 
 
 		 443 aa  42.7  0.006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008504  LACR_B6  replication initiator protein  18.22 
 
 		 385 aa  42.4  0.007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482836  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6060  plasmid replication protein  29.63 
 
 		 445 aa  42  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>