69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4214 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009959  Dshi_4214  initiator RepB protein  100 
 
 		 390 aa  802    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3693  hypothetical protein  66.43 
 
 		 447 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.319003  normal  0.276461 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3494  plasmid replication initiation protein  65.77 
 
 		 437 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0939309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1425  plasmid replication initiation protein  65.77 
 
 		 437 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.81076  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3407  initiator RepB protein  59.09 
 
 		 430 aa  508  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.835339 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7205  initiator RepB protein  42.7 
 
 		 433 aa  261  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.849181  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0037  initiator RepB protein  38.74 
 
 		 438 aa  202  7e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0069  plasmid replication initiation protein  38.41 
 
 		 438 aa  202  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0004  hypothetical protein  35.31 
 
 		 429 aa  194  3e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.18508  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6162  hypothetical protein  31.7 
 
 		 438 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.026814 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6672  hypothetical protein  31.31 
 
 		 438 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.629134 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6195  hypothetical protein  31.31 
 
 		 438 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.204681 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5828  hypothetical protein  31.31 
 
 		 438 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7739  hypothetical protein  32.35 
 
 		 438 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6000  hypothetical protein  31.37 
 
 		 438 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588479  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5756  hypothetical protein  31.37 
 
 		 438 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693457  normal  0.849034 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5175  replication protein  34.22 
 
 		 435 aa  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1510  hypothetical protein  34.22 
 
 		 435 aa  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.446382 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0083  hypothetical protein  29 
 
 		 440 aa  122  9e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.690392  hitchhiker  0.00257174 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2373  plasmid replication protein, putative  27.84 
 
 		 484 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0755761  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2117  putative plasmid replication protein  27.81 
 
 		 483 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0976638  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1505  plasmid replication protein, putative  27.81 
 
 		 483 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3178  putative replication protein  27.81 
 
 		 446 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.29665  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3291  replication protein  27.81 
 
 		 446 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0254178  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1425  putative plasmid replication protein  26.98 
 
 		 458 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.47169  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1145  putative plasmid replication protein  27.81 
 
 		 446 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00334434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2412  putative replication protein  26.98 
 
 		 458 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0003  hypothetical protein  27.91 
 
 		 455 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4541  hypothetical protein  28.36 
 
 		 455 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0840872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5164  hypothetical protein  28.36 
 
 		 455 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5695  hypothetical protein  28.36 
 
 		 455 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18908  hitchhiker  0.00131536 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3160  hypothetical protein  28.18 
 
 		 454 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.356984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7009  putative replication protein  28.7 
 
 		 449 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.643395  normal  0.034808 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4967  hypothetical protein  28.35 
 
 		 487 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0131096  normal  0.129915 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3026  putative replication protein  28.61 
 
 		 460 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3108  hypothetical protein  28.35 
 
 		 454 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754423  normal  0.245569 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4153  putative replication protein  29.25 
 
 		 449 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4244  initiator RepB protein  25.15 
 
 		 433 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3790  initiator RepB protein  28.38 
 
 		 399 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.744533  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5084  initiator RepB protein  31.21 
 
 		 419 aa  106  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.192161 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2773  hypothetical protein  27.65 
 
 		 412 aa  99.8  7e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6107  putative replication protein  27.32 
 
 		 457 aa  90.1  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5513  initiator RepB protein  24.65 
 
 		 431 aa  89  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.319868 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5034  initiator RepB protein  30.77 
 
 		 340 aa  73.6  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008320  Shewmr7_4036  initiator RepB protein  41.3 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.937889  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6060  plasmid replication protein  26 
 
 		 445 aa  66.2  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4178  initiator RepB protein  26.53 
 
 		 409 aa  64.3  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3788  initiator RepB protein  23.13 
 
 		 440 aa  63.2  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.593501  n/a   
 
 
-
 
NC_011316  VSAL_p43_01  putative replication initiation protein  40.24 
 
 		 219 aa  62  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0001  initiator replication protein RepB  30.53 
 
 		 233 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4938  initiator RepB protein  25.56 
 
 		 471 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.213159  normal  0.519061 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1802  hypothetical protein  28.99 
 
 		 313 aa  58.5  0.0000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013734  Slin_7015  initiator RepB protein  23.23 
 
 		 324 aa  57.4  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000194269  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6574  hypothetical protein  27.14 
 
 		 465 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.478836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4694  initiator RepB protein  24 
 
 		 476 aa  57  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.251303  normal  0.0571299 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6161  hypothetical protein  28.06 
 
 		 468 aa  53.5  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1368  hypothetical protein  27.34 
 
 		 467 aa  50.8  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3552  initiator RepB protein  30.25 
 
 		 223 aa  49.7  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.132106  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0080  hypothetical protein  24.11 
 
 		 455 aa  48.9  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00491094 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3588  initiator RepB protein  21.56 
 
 		 383 aa  47.4  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.000000240112  n/a   
 
 
-
 
NC_006298  HS_p03  replication protein  21.07 
 
 		 323 aa  47.4  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4998  hypothetical protein  21.07 
 
 		 488 aa  47.8  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0036  plasmid replication protein  29.49 
 
 		 354 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006298  HS_p02  replication protein  27.21 
 
 		 323 aa  46.6  0.0007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6850  initiator RepB protein  28.35 
 
 		 367 aa  45.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0436746  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_013736  Slin_7050  initiator RepB protein  26.82 
 
 		 331 aa  44.3  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948666  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0001  plasmid replication protein  29.06 
 
 		 336 aa  44.3  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.773057 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3452  initiator RepB protein  20.82 
 
 		 381 aa  43.9  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.892853  normal  0.996555 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3857  initiator RepB protein  32.88 
 
 		 274 aa  43.5  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  5.688790000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>