55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_C0001 on replicon NC_010486
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010486  EcSMS35_C0001  initiator replication protein RepB  100 
 
 		 233 aa  478  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008320  Shewmr7_4036  initiator RepB protein  43.1 
 
 		 230 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.937889  n/a   
 
 
-
 
NC_011316  VSAL_p43_01  putative replication initiation protein  44.44 
 
 		 219 aa  189  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006298  HS_p03  replication protein  38.39 
 
 		 323 aa  162  4.0000000000000004e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006298  HS_p02  replication protein  38.12 
 
 		 323 aa  155  4e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3588  initiator RepB protein  32.41 
 
 		 383 aa  114  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.000000240112  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3452  initiator RepB protein  30.09 
 
 		 381 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.892853  normal  0.996555 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4962  initiator RepB protein  30.97 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5391  initiator RepB protein  30.97 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5421  initiator RepB protein  30.88 
 
 		 404 aa  99.4  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0136  plasmid replication protein  25.42 
 
 		 342 aa  95.1  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0001  plasmid replication protein  30.42 
 
 		 336 aa  94  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.773057 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2493  initiator RepB protein  29.02 
 
 		 315 aa  92.8  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.769372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3857  initiator RepB protein  27.19 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  5.688790000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0036  plasmid replication protein  25.85 
 
 		 354 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4178  initiator RepB protein  28.57 
 
 		 409 aa  81.3  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0315  initiator RepB protein family protein  25.81 
 
 		 320 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D23  replication initiator protein  23.22 
 
 		 384 aa  63.9  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000665285  n/a   
 
 
-
 
NC_008503  LACR_A06  replication initiator protein  21.76 
 
 		 386 aa  63.9  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0201763  n/a   
 
 
-
 
NC_008504  LACR_B6  replication initiator protein  22.69 
 
 		 385 aa  63.2  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482836  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0022  truncated replication protein  34.26 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3407  initiator RepB protein  32.98 
 
 		 430 aa  61.6  0.000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.835339 
 
 
-
 
NC_008507  LACR_E8  replication initiator protein  22.86 
 
 		 443 aa  60.8  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013736  Slin_7050  initiator RepB protein  30.92 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948666  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4214  initiator RepB protein  30.53 
 
 		 390 aa  59.3  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009796  CCC13826_1364  putative pNL871104_p1  23.87 
 
 		 319 aa  58.9  0.00000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004252  pDOJH10L_p01  hypothetical protein  33.64 
 
 		 303 aa  58.5  0.00000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C16  replication initiator protein  21.3 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013734  Slin_7015  initiator RepB protein  25.85 
 
 		 324 aa  55.8  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000194269  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3693  hypothetical protein  30.53 
 
 		 447 aa  55.5  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.319003  normal  0.276461 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3494  plasmid replication initiation protein  30.53 
 
 		 437 aa  55.5  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0939309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1425  plasmid replication initiation protein  30.53 
 
 		 437 aa  55.5  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.81076  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6850  initiator RepB protein  22.84 
 
 		 367 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0436746  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6661  initiator RepB protein  26.17 
 
 		 323 aa  52.8  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.486631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009713  CHAB381_A0002  putative RepE  35.53 
 
 		 376 aa  52  0.000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3790  initiator RepB protein  25.25 
 
 		 399 aa  50.4  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.744533  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3788  initiator RepB protein  25.52 
 
 		 440 aa  49.3  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.593501  n/a   
 
 
-
 
NC_008503  LACR_A10  replication initiator protein  25.93 
 
 		 296 aa  46.6  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00000639536  n/a   
 
 
-
 
NC_013737  Slin_7051  initiator RepB protein  24.82 
 
 		 320 aa  46.2  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5175  replication protein  33.72 
 
 		 435 aa  43.9  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1510  hypothetical protein  33.72 
 
 		 435 aa  43.9  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.446382 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4244  initiator RepB protein  28.89 
 
 		 433 aa  44.3  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0120  PI protein  24.64 
 
 		 278 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00157188  normal  0.651101 
 
 
-
 
NC_013738  Slin_7066  initiator RepB protein  26.12 
 
 		 308 aa  43.5  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5756  hypothetical protein  29.57 
 
 		 438 aa  43.5  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693457  normal  0.849034 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6672  hypothetical protein  29.57 
 
 		 438 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.629134 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6162  hypothetical protein  29.57 
 
 		 438 aa  43.5  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.026814 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6195  hypothetical protein  29.57 
 
 		 438 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.204681 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6000  hypothetical protein  29.57 
 
 		 438 aa  43.5  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588479  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5828  hypothetical protein  29.57 
 
 		 438 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7739  hypothetical protein  29.57 
 
 		 438 aa  43.5  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0027  RepE replication protein, putative  29.13 
 
 		 278 aa  43.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000188806  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7205  initiator RepB protein  27.47 
 
 		 433 aa  42.7  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.849181  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5034  initiator RepB protein  26.44 
 
 		 340 aa  42.7  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004252  pDOJH10L_p09  hypothetical protein  25.47 
 
 		 297 aa  42  0.009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>