47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_4036 on replicon NC_008320
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008320  Shewmr7_4036  initiator RepB protein  100 
 
 		 230 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.937889  n/a   
 
 
-
 
NC_011316  VSAL_p43_01  putative replication initiation protein  63.06 
 
 		 219 aa  287  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0001  initiator replication protein RepB  43.1 
 
 		 233 aa  194  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006298  HS_p03  replication protein  38.81 
 
 		 323 aa  161  6e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006298  HS_p02  replication protein  33.18 
 
 		 323 aa  138  7.999999999999999e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5391  initiator RepB protein  34.21 
 
 		 251 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4962  initiator RepB protein  34.21 
 
 		 251 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3588  initiator RepB protein  35.68 
 
 		 383 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.000000240112  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3452  initiator RepB protein  33.8 
 
 		 381 aa  119  6e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.892853  normal  0.996555 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2493  initiator RepB protein  30.4 
 
 		 315 aa  109  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.769372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5421  initiator RepB protein  29.68 
 
 		 404 aa  107  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0315  initiator RepB protein family protein  31.42 
 
 		 320 aa  103  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0136  plasmid replication protein  28.99 
 
 		 342 aa  99  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0001  plasmid replication protein  31.17 
 
 		 336 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.773057 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0036  plasmid replication protein  28.14 
 
 		 354 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3857  initiator RepB protein  28.32 
 
 		 274 aa  91.3  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  5.688790000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4178  initiator RepB protein  27.47 
 
 		 409 aa  82.8  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013736  Slin_7050  initiator RepB protein  31.88 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948666  n/a   
 
 
-
 
NC_013734  Slin_7015  initiator RepB protein  25.43 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000194269  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3407  initiator RepB protein  40 
 
 		 430 aa  70.1  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.835339 
 
 
-
 
NC_009796  CCC13826_1364  putative pNL871104_p1  25.21 
 
 		 319 aa  68.9  0.00000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1425  plasmid replication initiation protein  41.3 
 
 		 437 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.81076  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4214  initiator RepB protein  41.3 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3693  hypothetical protein  41.3 
 
 		 447 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.319003  normal  0.276461 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3494  plasmid replication initiation protein  41.3 
 
 		 437 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0939309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008503  LACR_A06  replication initiator protein  27.21 
 
 		 386 aa  61.2  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0201763  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C16  replication initiator protein  24.69 
 
 		 388 aa  60.5  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008504  LACR_B6  replication initiator protein  28.68 
 
 		 385 aa  58.9  0.00000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482836  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D23  replication initiator protein  24.6 
 
 		 384 aa  56.6  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000665285  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6850  initiator RepB protein  26.77 
 
 		 367 aa  53.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0436746  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7205  initiator RepB protein  38.37 
 
 		 433 aa  52.8  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.849181  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_008507  LACR_E8  replication initiator protein  26.36 
 
 		 443 aa  52.4  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3790  initiator RepB protein  31.91 
 
 		 399 aa  50.8  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.744533  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6661  initiator RepB protein  26.05 
 
 		 323 aa  49.7  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.486631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0120  PI protein  23.97 
 
 		 278 aa  48.9  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00157188  normal  0.651101 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3788  initiator RepB protein  28.57 
 
 		 440 aa  48.5  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.593501  n/a   
 
 
-
 
NC_013738  Slin_7066  initiator RepB protein  20.8 
 
 		 308 aa  45.8  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013737  Slin_7051  initiator RepB protein  27.61 
 
 		 320 aa  45.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3324  hypothetical protein  26.47 
 
 		 393 aa  43.9  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.709661  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08250  replication protein  23.5 
 
 		 358 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0022  truncated replication protein  27.78 
 
 		 214 aa  43.9  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004252  pDOJH10L_p01  hypothetical protein  31.43 
 
 		 303 aa  43.5  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3552  initiator RepB protein  26.21 
 
 		 223 aa  42.7  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.132106  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0015  replication initation protein Pi  24.64 
 
 		 290 aa  42.7  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0264408  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0567  initiator RepB protein  22.52 
 
 		 389 aa  42.7  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000593958  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0069  plasmid replication initiation protein  23.22 
 
 		 438 aa  42.4  0.006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0037  initiator RepB protein  29.21 
 
 		 438 aa  42  0.008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>