More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3597 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009076  BURPS1106A_2685  nitrate/nitrite sensor protein NarX  60.31 
 
 
644 aa  722    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0979  putative transmembrane nitrate/nitrite sensor kinase transcription regulator protein  84.93 
 
 
637 aa  1085    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1735  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  60.44 
 
 
640 aa  718    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5065  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  59.11 
 
 
675 aa  699    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.446679  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2763  putative nitrate/nitrite sensor protein  60.31 
 
 
644 aa  722    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.14936  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1850  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  60.47 
 
 
644 aa  714    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1518  nitrate/nitrite sensor protein NarX  60.44 
 
 
640 aa  718    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.233723  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2086  signal transduction histidine kinase NarQ  57.84 
 
 
671 aa  686    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4674  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
651 aa  1315    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.681088  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2245  nitrate/nitrite sensor protein NarX  60.44 
 
 
640 aa  718    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.482228  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3073  nitrate/nitrite sensor protein NarX  60.44 
 
 
640 aa  718    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3597  GAF sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
651 aa  1315    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.495482  normal  0.378972 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2629  nitrate/nitrite sensor protein NarX  60.31 
 
 
644 aa  722    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189508  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2631  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41 
 
 
655 aa  442  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0833  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  37.73 
 
 
646 aa  404  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0228489 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.05 
 
 
638 aa  396  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4599  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  37.78 
 
 
637 aa  372  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1870  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  35.65 
 
 
636 aa  353  5e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6191  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.42 
 
 
627 aa  348  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0297171 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0423  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.06 
 
 
638 aa  344  2.9999999999999997e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0432  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  35.66 
 
 
638 aa  341  2.9999999999999998e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1105  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.32 
 
 
632 aa  331  3e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.097468  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1687  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  35.6 
 
 
643 aa  317  4e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461201  normal  0.659068 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.87 
 
 
550 aa  210  7e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1400  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  28.39 
 
 
644 aa  197  7e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.324076  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1005  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  29.88 
 
 
644 aa  187  6e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2463  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 
415 aa  176  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3088  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 
618 aa  174  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1961  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.46 
 
 
598 aa  163  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.68817 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1557  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.46 
 
 
598 aa  163  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1897  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.46 
 
 
598 aa  163  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.149462 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1374  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.46 
 
 
613 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0573196  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1902  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.3 
 
 
598 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1849  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.42 
 
 
603 aa  158  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2567  nitrate/nitrite sensor protein NarX  26.23 
 
 
623 aa  157  7e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1767  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.29 
 
 
604 aa  156  9e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2317  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.52 
 
 
598 aa  156  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.797915 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2261  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.74 
 
 
602 aa  155  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0999245  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01200  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with NarL  27.53 
 
 
598 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2424  histidine kinase  27.53 
 
 
598 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0527369  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1372  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.53 
 
 
598 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.497152  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1705  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.53 
 
 
598 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.55706  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1918  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.53 
 
 
598 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0184147  normal  0.168413 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01210  hypothetical protein  27.53 
 
 
598 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.678292  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1670  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  31.97 
 
 
446 aa  155  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2401  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.53 
 
 
598 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1389  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.53 
 
 
598 aa  154  5e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0922186  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4013  histidine kinase  29.64 
 
 
637 aa  154  5.9999999999999996e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1331  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.37 
 
 
598 aa  153  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.150699  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2899  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.66 
 
 
594 aa  153  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13740  two-component sensor NarX  26.83 
 
 
622 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.869934  normal  0.455278 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1230  two-component sensor NarX  26.4 
 
 
622 aa  150  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2712  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  25.66 
 
 
572 aa  147  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2407  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.11 
 
 
572 aa  146  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1964  histidine kinase  33 
 
 
475 aa  145  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2369  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  24.12 
 
 
563 aa  144  6e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2224  nitrate/nitrite sensor protein NarX  24.92 
 
 
589 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.129909  normal  0.0788983 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0664  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.29 
 
 
640 aa  141  3e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000510  nitrate/nitrite sensor protein  24.14 
 
 
578 aa  141  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2232  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.84 
 
 
593 aa  140  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2123  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.84 
 
 
593 aa  140  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0930  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.9 
 
 
567 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000296832  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2612  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 
391 aa  138  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2300  nitrate/nitrite sensor protein NarX  24.68 
 
 
589 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.97 
 
 
456 aa  137  5e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05380  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.73 
 
 
562 aa  137  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0603  signal transduction histidine kinase sensor  23.1 
 
 
707 aa  136  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0220625  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03848  Signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific  23.62 
 
 
588 aa  135  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3489  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.54 
 
 
560 aa  132  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0416624  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2673  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.9 
 
 
566 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2624  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.9 
 
 
566 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2964  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  25.95 
 
 
564 aa  125  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.551015 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.95 
 
 
464 aa  124  8e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02360  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with NarP (NarL)  26.2 
 
 
566 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2838  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.2 
 
 
566 aa  123  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2598  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.2 
 
 
566 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2713  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.74 
 
 
566 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.774679 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1208  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.2 
 
 
566 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02322  hypothetical protein  26.2 
 
 
566 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1201  histidine kinase  26.28 
 
 
566 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2615  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.2 
 
 
566 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.538567  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0830  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  25.66 
 
 
570 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00637063  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2748  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.2 
 
 
566 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.560652  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3690  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  25.87 
 
 
566 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0658  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.95 
 
 
598 aa  120  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00020013  normal  0.301061 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3364  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.95 
 
 
598 aa  120  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000476716  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0621  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.42 
 
 
571 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000745015  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3981  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.14 
 
 
585 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0657  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.44 
 
 
598 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000696082  normal  0.197274 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1952  two-component sensor NarX  34.2 
 
 
591 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.107015  normal  0.49675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2636  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
583 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0761488  normal  0.0281081 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5967  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 
605 aa  110  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1308  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.53 
 
 
381 aa  109  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000110665  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1385  sensor histidine kinase  25.56 
 
 
377 aa  101  6e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00939681  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0444  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  30.08 
 
 
603 aa  99.4  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1510  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.3 
 
 
573 aa  99  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2522  nitrate/nitrite sensor protein NarX  26.95 
 
 
380 aa  96.3  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0971  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  33.64 
 
 
567 aa  95.9  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.630053  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.73 
 
 
1648 aa  95.5  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0647  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  33.33 
 
 
570 aa  94.7  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.469097  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>