More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2463 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2463  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  100 
 
 
415 aa  853    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.05 
 
 
550 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0833  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  31.84 
 
 
646 aa  193  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0228489 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1735  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  32.8 
 
 
640 aa  186  8e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5065  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  31.17 
 
 
675 aa  186  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.446679  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1518  nitrate/nitrite sensor protein NarX  32.8 
 
 
640 aa  186  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.233723  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2245  nitrate/nitrite sensor protein NarX  32.8 
 
 
640 aa  186  8e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.482228  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3073  nitrate/nitrite sensor protein NarX  32.8 
 
 
640 aa  186  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2685  nitrate/nitrite sensor protein NarX  32.8 
 
 
644 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2763  putative nitrate/nitrite sensor protein  32.8 
 
 
644 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.14936  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2629  nitrate/nitrite sensor protein NarX  32.8 
 
 
644 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189508  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1850  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  32.01 
 
 
644 aa  179  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3597  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 
651 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.495482  normal  0.378972 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4674  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 
651 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.681088  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0979  putative transmembrane nitrate/nitrite sensor kinase transcription regulator protein  31.69 
 
 
637 aa  169  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2086  signal transduction histidine kinase NarQ  30.16 
 
 
671 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1870  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  30.61 
 
 
636 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2631  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.65 
 
 
655 aa  158  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1105  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 
632 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.097468  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0423  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 
638 aa  155  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0432  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  29.75 
 
 
638 aa  152  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1400  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
644 aa  151  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.324076  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6191  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.9 
 
 
627 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0297171 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.12 
 
 
638 aa  145  9e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1670  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  30.29 
 
 
446 aa  142  8e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1687  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  28.57 
 
 
643 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461201  normal  0.659068 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1964  histidine kinase  28.02 
 
 
475 aa  134  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0341  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.96 
 
 
725 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0143238  hitchhiker  0.0051816 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4013  histidine kinase  28.27 
 
 
637 aa  127  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 
456 aa  125  9e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0444  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  36.19 
 
 
603 aa  125  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2261  nitrate/nitrite sensor protein NarX  31.76 
 
 
602 aa  123  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0999245  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5967  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.94 
 
 
605 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.37 
 
 
464 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2567  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.79 
 
 
623 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2407  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.8 
 
 
572 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2712  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.97 
 
 
572 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1005  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  30.83 
 
 
644 aa  120  4.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0664  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 
640 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3489  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.87 
 
 
560 aa  118  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0416624  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4599  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  27.37 
 
 
637 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1230  two-component sensor NarX  33.33 
 
 
622 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1201  histidine kinase  29.37 
 
 
566 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2673  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.42 
 
 
566 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03848  Signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific  29.62 
 
 
588 aa  117  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2624  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.42 
 
 
566 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3690  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.37 
 
 
566 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2748  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.37 
 
 
566 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.560652  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02360  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with NarP (NarL)  29.37 
 
 
566 aa  117  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2713  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.42 
 
 
566 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.774679 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2615  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.37 
 
 
566 aa  117  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.538567  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1208  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.37 
 
 
566 aa  117  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02322  hypothetical protein  29.37 
 
 
566 aa  117  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147876  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2739  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.42 
 
 
566 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13740  two-component sensor NarX  32.86 
 
 
622 aa  117  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.869934  normal  0.455278 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2598  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.37 
 
 
566 aa  117  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2846  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.42 
 
 
566 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3088  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
618 aa  116  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2899  nitrate/nitrite sensor protein NarX  32.2 
 
 
594 aa  116  8.999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05380  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.63 
 
 
562 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2838  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.37 
 
 
566 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2522  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.18 
 
 
380 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000510  nitrate/nitrite sensor protein  28.74 
 
 
578 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2964  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.62 
 
 
564 aa  113  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.551015 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2232  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.79 
 
 
593 aa  112  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2123  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.79 
 
 
593 aa  112  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1568  histidine kinase  27.65 
 
 
462 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38430  PAS domain S-box  31.05 
 
 
552 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0621  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.03 
 
 
571 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000745015  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1510  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.27 
 
 
573 aa  111  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1767  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.92 
 
 
604 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4896  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 
517 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0133704  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0647  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.08 
 
 
570 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.469097  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0930  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.7 
 
 
567 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000296832  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1952  two-component sensor NarX  26.35 
 
 
591 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.107015  normal  0.49675 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0603  signal transduction histidine kinase sensor  29.06 
 
 
707 aa  108  1e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0220625  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0971  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.84 
 
 
567 aa  109  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.630053  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2369  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.05 
 
 
563 aa  109  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2636  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.61 
 
 
583 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0761488  normal  0.0281081 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0843  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.91 
 
 
567 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00390352  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1308  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.39 
 
 
381 aa  107  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000110665  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0507  Histidine kinase  31.58 
 
 
373 aa  106  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2086  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.73 
 
 
372 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0443237  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1070  histidine kinase  29.48 
 
 
430 aa  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0830  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.33 
 
 
570 aa  105  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00637063  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0614  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.52 
 
 
583 aa  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.797988  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1204  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.25 
 
 
779 aa  104  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01200  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with NarL  28.85 
 
 
598 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2424  histidine kinase  28.85 
 
 
598 aa  103  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0527369  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1705  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.85 
 
 
598 aa  103  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.55706  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1331  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.85 
 
 
598 aa  103  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.150699  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01210  hypothetical protein  28.85 
 
 
598 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.678292  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0159  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
508 aa  103  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2401  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.85 
 
 
598 aa  103  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2300  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.71 
 
 
589 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1918  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.85 
 
 
598 aa  103  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0184147  normal  0.168413 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1372  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.85 
 
 
598 aa  103  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.497152  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1389  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.02 
 
 
598 aa  103  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0922186  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1894  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 
546 aa  103  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1849  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.81 
 
 
603 aa  103  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>