More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2300 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2224  nitrate/nitrite sensor protein NarX  98.64 
 
 
589 aa  1201    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.129909  normal  0.0788983 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2300  nitrate/nitrite sensor protein NarX  100 
 
 
589 aa  1216    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2261  nitrate/nitrite sensor protein NarX  46.3 
 
 
602 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0999245  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2567  nitrate/nitrite sensor protein NarX  46.19 
 
 
623 aa  508  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2899  nitrate/nitrite sensor protein NarX  44.91 
 
 
594 aa  492  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1849  nitrate/nitrite sensor protein NarX  45.66 
 
 
603 aa  485  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1767  nitrate/nitrite sensor protein NarX  42.73 
 
 
604 aa  457  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2317  nitrate/nitrite sensor protein NarX  40.92 
 
 
598 aa  453  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.797915 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01200  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with NarL  40.7 
 
 
598 aa  442  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2424  histidine kinase  40.7 
 
 
598 aa  442  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0527369  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1389  nitrate/nitrite sensor protein NarX  40.87 
 
 
598 aa  445  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0922186  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1331  nitrate/nitrite sensor protein NarX  40.87 
 
 
598 aa  443  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.150699  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1705  nitrate/nitrite sensor protein NarX  40.7 
 
 
598 aa  442  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.55706  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1372  nitrate/nitrite sensor protein NarX  40.7 
 
 
598 aa  442  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.497152  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2401  nitrate/nitrite sensor protein NarX  40.7 
 
 
598 aa  442  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1918  nitrate/nitrite sensor protein NarX  40.7 
 
 
598 aa  442  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0184147  normal  0.168413 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01210  hypothetical protein  40.7 
 
 
598 aa  442  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.678292  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1902  nitrate/nitrite sensor protein NarX  40.7 
 
 
598 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1557  nitrate/nitrite sensor protein NarX  40.52 
 
 
598 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1374  nitrate/nitrite sensor protein NarX  40.52 
 
 
613 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0573196  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1897  nitrate/nitrite sensor protein NarX  40.52 
 
 
598 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.149462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1961  nitrate/nitrite sensor protein NarX  40.52 
 
 
598 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.68817 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2123  nitrate/nitrite sensor protein NarX  42.83 
 
 
593 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2232  nitrate/nitrite sensor protein NarX  42.83 
 
 
593 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3088  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
618 aa  315  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2522  nitrate/nitrite sensor protein NarX  44.3 
 
 
380 aa  301  3e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1005  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  31.28 
 
 
644 aa  265  1e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1400  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.9 
 
 
644 aa  251  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.324076  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2636  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.14 
 
 
583 aa  244  5e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0761488  normal  0.0281081 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03848  Signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific  29.29 
 
 
588 aa  240  5.999999999999999e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1230  two-component sensor NarX  30.28 
 
 
622 aa  236  7e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13740  two-component sensor NarX  30.14 
 
 
622 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.869934  normal  0.455278 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1952  two-component sensor NarX  30.65 
 
 
591 aa  229  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.107015  normal  0.49675 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0664  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
640 aa  206  1e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000510  nitrate/nitrite sensor protein  30.23 
 
 
578 aa  204  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4013  histidine kinase  29.33 
 
 
637 aa  203  7e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0971  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.04 
 
 
567 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.630053  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05380  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.35 
 
 
562 aa  197  4.0000000000000005e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0603  signal transduction histidine kinase sensor  27.44 
 
 
707 aa  195  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0220625  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0658  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.44 
 
 
598 aa  195  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00020013  normal  0.301061 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3364  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.44 
 
 
598 aa  195  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000476716  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0621  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.24 
 
 
571 aa  195  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000745015  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2369  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.04 
 
 
563 aa  192  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3981  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30 
 
 
585 aa  191  4e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2712  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.36 
 
 
572 aa  190  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0843  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.57 
 
 
567 aa  189  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00390352  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0657  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.98 
 
 
598 aa  189  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000696082  normal  0.197274 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2407  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.06 
 
 
572 aa  189  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3835  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.73 
 
 
611 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000336468  normal  0.0335499 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0930  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.4 
 
 
567 aa  185  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000296832  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3712  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.93 
 
 
610 aa  185  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000811522  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3653  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.65 
 
 
611 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000268368  hitchhiker  0.0000153258 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0647  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.55 
 
 
570 aa  184  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.469097  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2713  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.84 
 
 
566 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.774679 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0830  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.7 
 
 
570 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00637063  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2739  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.84 
 
 
566 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2846  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.84 
 
 
566 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0793  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.97 
 
 
611 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000132706  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2624  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.84 
 
 
566 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2673  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.84 
 
 
566 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3489  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.14 
 
 
560 aa  179  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0416624  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0684  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.36 
 
 
600 aa  177  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000102033  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1510  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.24 
 
 
573 aa  174  5e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2964  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.03 
 
 
564 aa  173  7.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.551015 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2615  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.25 
 
 
566 aa  171  4e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.538567  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02360  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with NarP (NarL)  28.72 
 
 
566 aa  170  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1208  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.72 
 
 
566 aa  170  5e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02322  hypothetical protein  28.72 
 
 
566 aa  170  5e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147876  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2598  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.72 
 
 
566 aa  170  5e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1201  histidine kinase  28.72 
 
 
566 aa  170  8e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2748  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.72 
 
 
566 aa  169  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.560652  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3690  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.37 
 
 
566 aa  168  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2838  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.72 
 
 
566 aa  169  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5065  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  25.99 
 
 
675 aa  159  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.446679  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0444  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  38.6 
 
 
603 aa  158  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0614  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.56 
 
 
583 aa  155  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.797988  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.49 
 
 
638 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1687  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  23.88 
 
 
643 aa  154  4e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461201  normal  0.659068 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1870  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  26.89 
 
 
636 aa  151  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2086  signal transduction histidine kinase NarQ  26.07 
 
 
671 aa  150  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2631  GAF sensor signal transduction histidine kinase  23.46 
 
 
655 aa  143  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0833  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  25.24 
 
 
646 aa  143  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0228489 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0979  putative transmembrane nitrate/nitrite sensor kinase transcription regulator protein  24.8 
 
 
637 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0432  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  25.21 
 
 
638 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5967  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 
605 aa  140  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3597  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.68 
 
 
651 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.495482  normal  0.378972 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4674  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.68 
 
 
651 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.681088  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6191  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.36 
 
 
627 aa  139  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0297171 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4599  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  26.12 
 
 
637 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0423  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.08 
 
 
638 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2629  nitrate/nitrite sensor protein NarX  24.08 
 
 
644 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189508  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2763  putative nitrate/nitrite sensor protein  24.08 
 
 
644 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.14936  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2685  nitrate/nitrite sensor protein NarX  24.08 
 
 
644 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1735  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  23.8 
 
 
640 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1518  nitrate/nitrite sensor protein NarX  23.8 
 
 
640 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.233723  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3073  nitrate/nitrite sensor protein NarX  23.8 
 
 
640 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2245  nitrate/nitrite sensor protein NarX  23.8 
 
 
640 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.482228  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1850  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  23.95 
 
 
644 aa  120  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
550 aa  107  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2463  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  27.71 
 
 
415 aa  103  8e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>